С 1555 года губные органы были введены повсеместно. В каждом губном округе (волости, а в последствии уезда) из дворян или детей боярских выбирался губной староста. Для утверждения в должности избранный являлся в Разбойный приказ, где получал соответствующий наказ. Аппарат губного старосты, состоящий из старост, десятских и «лучших» людей, вскоре был заменён несколькими «целовальниками», избираемыми из крестьянской и посадской верхушки и утверждаемыми на месте «целования креста» с обещанием верной службы. При каждом губном старосте во второй половине 16 века появилась губная изба, делопроизводство в которой вёл губной дьяк.

В 16 веке губные органы появились даже в вотчинах привилегированных землевладельцев (например, в землях Троице-Сергиевского монастыря). Для общих обысков устраивались съезды губных старост всего уезда. Первоначально губные старосты выбирались бессрочно, а затем - погодно. Компетенция губных старост расширилась. Кроме разбойных дел в их ведение попали дела о татях, убийствах, заведовании тюрьмами.

Таким образом, институт губных старост вслед за городовыми приказчиками способствовал упразднению кормленщиков.

Этого требовало и поместное дворянство, заинтересованное в увеличении государственных средств и ликвидации произвола кормленщиков-бояр.

В феврале 1551 года крестьяне Плесской волости Владимирского уезда получили уставную земскую грамоту, согласно которой они могли с помощью выбранных ими «излюбленных голов» и «целовальников» собирать дважды в году (на Покров и Пасху) оброк - «кормленный откуп» и отвозить его в Москву. Должность наместника для них упразднялась. Грамота подробно перечисляла все поборы с населения, поступавшие теперь в ведение государства. В 1552 году такая же грамота была дана населению Важского уезда.

Повсеместно земская реформа была проведена в государстве лишь в 1555-1556 годах.

С этого времени в уездах и волостях, где ещё отсутствовало помещичье землевладение, крестьяне черносошных и дворцовых земель, а также посадские люди в городах получили право выбирать из своей среды «излюбленных голов» (старост), а также «лучших людей» (целовальников или земских судей). Делопроизводство земского старосты и целовальников вёл выборный земский дьяк. Округом каждого земского старосты чаще всего была волость или город.

В осуществлении своих функций земский староста и целовальники опирались на ранее выборные должности крестьянской общины - сотских, пятидесятских, десятских.

Все должностные лица земского самоуправления выбирались на неопределённый срок и население их могло «переменить». Позднее для них были введены ежегодник выборы.

В ведении земских органов находились сбор подати - «откупа», а также разбор гражданских и второстепенных уголовных дел (крупными уголовными делами ведали губные органы) среди черносошных крестьян и посадских людей.

В центральных уездах с развитым землевладением, где население было уже несвободным, земские органы нередко отсутствовали и управление осуществлялось городовыми приказчиками и губными старостами, выполнявшими административно-полицейские и финансовые функции.

Кроме этих местных органов управления, существовали и другие - таможенные и кабацкие выборные головы и целовальники, осуществлявшие сбор косвенных налогов. При них находились соответствующие дворы (таможенные и кружечные) и избы (таможенные и кабацкие).

С конца 16 века появились местные органы, заведовавшие ратными людьми,- разрядные избы, а в некоторых городах - стрелецкие и казачьи избы.

Крестьянская война и польско-шведская интервенция в начале 17 века потребовали создания твёрдой власти на местах. По росписи городов и уездов в 1614 году видно, что в 103 городах с уездами были уже назначены воеводы, в 1616 году - в 138, а в 1625 году - в 146 городах. Воевода стал основным звеном местного управления.

Претенденты на место воевод - бояре, дворяне и дети боярские - подавали на имя царя челобитную, в которой просили назначить на воеводство, чтобы «покормиться». Однако официально воевода за свою службу получал, помимо вотчин, поместные денежные оклады. Воевода назначался Разрядным приказом, утверждался царём и Боярской думой и подчинялся тому приказу, в ведении которого находился соответствующий город с уездом.

Срок службы воеводы длился обычно 1-3 года.

В большие города назначали нескольких воевод; один из них считался главным. В небольших городах был один воевода. В слободах и волостях воевода осуществлял свою власть с помощью приказчиков.

Воевода имел приказную или съезжую избу, в которой производились все дела по управлению городом и уездом. Приказная изба возглавлялась дьяком. Здесь хранились государевы грамоты и печать, приходные и расходные книги и росписи разных податей и сборов, сами сборы (государева казна). В крупных городах приказные избы разделялись на столы, находящиеся в ведении подьячих. Число подьячих в съезжих избах было различно. В приказной избе были также приставы, надельщики, рассыльщики и сторожа, которые приводили в исполнение приказания воеводы.

При смене воевод сдавались все дела и казённое имущество по описям и книгам (сдаточным описям или росписным спискам).

Каждый воевода получал из приказа наказ, определявший круг его деятельности.

Воевода управлял вверенной ему территорией. Он осуществлял охрану феодальной собственности, боролся с укрывательством беглых, с нарушением казённого интереса (корчемства), со всяким несоблюдением порядка вообще (бой, пожар, мор), ведал городовым и дорожным делом, надзирал за судом губных и земских старост. Административно-полицейский надзор воеводы простирался и на личную жизнь местного населения. В крупных городах полицейский надзор за населением, укреплениями и караулами осуществлял подчинённый воеводе городничий (бывший городовой приказчик).

Широкими были финансовые полномочия воеводы. В писцовые книги, которые составлялись для финансовых отчётов, заключали описание земель по количеству и качеству, доходность земель (урожайность), повинности в пользу землевладельца-феодала. Там, где за основу исчисления брались дворы (в городах), в писцовые книги заносились сведения о них.

После окончания польско-шведской интервенции из Москвы во все концы государства для определения платежеспособности населения посылались дозорщики, составлявшие дозорные книги. Воеводы обязаны были оказывать этим финансовым агентам из центра всяческое содействие.

Сборы государственных налогов проводили выборные лица: прямых - старосты и целовальники, косвенных (таможенных и кабацких сборов) - головы и целовальники. Воеводы осуществляли финансовый контроль за деятельностью этих выборных властей. В съезжую избу обычно свозились все собранные деньги.

Воевода обладал большими военно-административными функциями. Он набирал на службу служилых людей - дворян и детей боярских, вёл их списки с указанием имения, жалованья, исправности службы каждого, производил периодические смотры и отправлял их на службу по первому требованию Разрядного приказа.