«Уложение» 1649 года отменило порядок прямой подачи челобитных царю, что сократило функции этого приказа и привело к его фактическому упразднению. Указом 1685 года Челобитный приказ был присоединён к Владимирскому судному.

Челобитные, недовольных решениями Поместного и Холопьего приказов, передавались в специально созданный в 1619 году Приказ сыскных дел, который являлся высшим судом по земельным и холопьим делам.

В 1625 году из Приказа сыскных дел был выделен приказ Приказных дел - орган особых поручений в области управления, финансов и т.д. Располагая значительными средствами, этот приказ выдавал жалованье ратным людям, укреплял города, осуществлял надзор за деятельностью дозорщиков, выполнял ряд других более мелких поручений, вплоть до реставрации икон Успенского собора.

Рядовые провинциальные служилые люди были недовольны засильем думных чинов и высшей приказной бюрократии в первые годы правления царя Михаила Фёдоровича.

Идя навстречу пожеланиям этой части господствующего класса, правительство создало в 1619 году «Приказ, что на сильных бьют челом». Во главе этого приказа за всё время его существования (он был упразднён в 1639 году вскоре после смерти Филарета) правительство ставило влиятельных лиц (князя И.Б. Черкасского, боярина Б.М. Лыкова и других; в 1631-1632 годах судьёй этого приказа был Д.М. Пожарский).

С ликвидацией наместников по земской реформе 1555-1556 годов платимый тяглым населением в их пользу налог («кормовой оброк») стал поступать государству. В связи с этим приём «кормового оброка» ещё до земской реформы в Москве от земских старост и целовальников поручался по совместительству дьякам уже существовавших приказов. Эти дьяки назывались «кормленными». По мере возрастания налоговых поступлений и усложнения задач казённой, посольской и поместной «изб» взимание кормленного оброка в 60-70-е годы 16 века обособляется в приходные кассы - «избы», называемые четвертями («четями»).

Несмотря на то, что во главе четей иногда по-прежнему стоят дьяки других приказов, в 70-90-х годах 16 века они являлись самостоятельными финансовыми приказами с более постоянной подведомственной им территорией, которая подчинялась им не только в финансовом, но и в административно-судебном отношении.

Деньги, собранные четвертными приказами, выдавались служилым людям в форме жалования раз в четыре года.

С начала 17 века четвертные приказы носят территориальные названия: Новгородская или Нижегородская (1601 год), Галицкая (1606 год), Устюжская (1611 год), Владимирская (1629 год) и Костромская (1629 год) четверти.

Четвертные приказы были не только финансовыми, но и территориальными. Они ведали населением городов и уездов, управлением и судом. Новгородской четверти были подведомственны 65 городов, Галицкой и Устюжской - по 22 города, Владимирской - 26 городов, Костромской - 21 город.

Ещё в 1597 году для заведования кабацким делом и кабацкими сборами на территории всего государства была учреждена новая четверть (Приказ новой четверти).

В тесной связи с возросшими задачами Русского государства (увеличением войска, усложнением государственного управления) находилось и учреждение финансовых приказов. В середине 16 века был введён ряд общегосударственных налогов, преимущественно военного назначения: на городовое, засечное, ямчужное (пороховое) дело. Сбор этих налогов был поручен созданному примерно в 1533-1534 годах финансовому Приказу Большого прихода. Кроме прямых налогов, впоследствии приказ заведовал сбором таможенных пошлин, а иногда и ямских денег.

В 17 веке Приказ Большого прихода ведал сбором прямых и косвенных налогов с большей части государства. Он же сдавал на откуп бани, лавки, гостиные дворы и погреба, взимал плату с клеймения товаров, с мер «чем всякие товары и питья меряют», ведал таможенными сборами. Иногда этому приказу передавались даже ямские сборы.

В отличие от других финансовых приказов Приказ Большого прихода был чисто финансовым, не управляющим никакой территорией. В 1680 году дела этого приказа были переданы в Приказ Большой казны. Этот приказ возник в 1622 году и ведал он сборами налогов с городского населения, занятого торговлей и ремеслами. В отношении к этому населению приказ выполнял административные и финансовые функции. В ведении Приказа Большой казны находился и Денежный двор, который распоряжался чеканкой монеты.

Для сбора различных чрезвычайных налогов, главным образом на содержание администрации, создавались специальные приказы. По решению Земского собора 1616-1618 годов был создан Приказ сбора пятинных и запросных денег, действовавший с большими перерывами (1616-1618, 1632-1637 года), а затем передавший свои полномочия чисто военному Приказу сбора ратных людей. В 1659 году Приказ сбора ратных людей был преобразован в Приказ денежного сбора, которому был поручен сбор особого чрезвычайного налога (десятой деньги). Этот приказ просуществовал до 1680 года. В 60-х годах существовал Приказ денежной раздачи.

Иногда на содержание армии производились натуральные сборы продовольствия. С 1655- по 1683 года существовал Хлебный приказ, а в 1672-1696 годах - Приказ сбора стрелецкого хлеба.

Условно к группе финансовых приказов можно причислить Печатный приказ. Начальник этого приказа - думный дьяк-печатник, у которого печать висела на шее, прикладывал её к документам. Со всех предъявленных в приказ документов взимались печатные пошлины.

Скрепляя государственной печатью и регистрируя каждый попавший в него документ, Печатный приказ был важным звеном в системе бюрократического государственного аппарата России 17 века с его развитым бумажным делопроизводством.

Расширение территории государства вызвало образование группы чисто территориальных приказов.

В 1637 году управление Сибирью, находившееся в ведении Казанского приказа, обособилось в ведомство особого Сибирского приказа. Сибирский приказ назначал и смещал сибирских воевод, дьяков и других служилых людей; ему подчинялись размещённые по сибирским городам стрельцы и другие ратные люди; приказ заведовал сбором ясака с нерусских народов, денег, хлеба и соли с русского населения, размещением ссыльных и надзором за ними.

Активная внешняя политика 50-70-х годов 17 века вызвала образование ряда территориальных приказов по управлению присоединённых земель. Временно оккупированные русскими войсками земли Литвы и Прибалтики управлялись территориальными приказами княжества Литовского (1655-1667 года) и Лифляндских дел (1660-1666 года). Присоединённые к России смоленские земли управлялись Приказом княжества Смоленского (Смоленского приказа), созданным в 1637 году и подчинённым в 1680 году Посольскому приказу.

Воссоединённая с Россией Украина получила в составе Русского государства автономное управление. Сношение с Украиной осуществлял созданный в 1662 году Малороссийский приказ; ему же подчинялись московские воеводы и русские отряды на Украине. В 1687 году Малороссийский приказ был подчинён Посольскому приказу и находился в его составе до начала 18 века.