Все важнейшие решения по вопросам внешней политики по-прежнему принимали царь, «поговоря с братьею и бояры», т.е. местом общего руководства внешней политикой была Боярская дума. Переговоры с послами вела специальная комиссия из бояр и посольского дьяка, который вскоре стал думным дьяком. Посольский дьяк выступал посредником между Боярской думой и послами. Он вёл дипломатическую переписку и присутствовал на заседаниях Боярской думы. Для переписки первоначально использовался канцелярский аппарат Казённого двора, где происходили заседания думской комиссии и посольского дьяка с послами.

Впервые Посольская изба упоминается в 1549 году, впоследствии она именуется Посольским приказом. В 16 веке в нём находились подьячие, переводчики (для письменного перевода) и толмачи (для устного перевода).

В 17 веке аппарат Посольского приказа значительно вырос. В приказе появились структурные части - повытья, возглавляемые старшими подьячими. Три повытья ведали сношениями с Западной Европой, а два - с Азией. Кроме того, в составе приказа числились площадные подьячие, золотописцы (для росписи дипломатических грамот), переводчики, толмачи, приставы, сторожа. Посольский приказ имел несколько степеней: великие послы, лёгкие послы ( посланники ), гонцы, посланцы.

Однако Посольский приказ оставался в основном исполнительным органом царя и Боярской думы, которым принадлежало решающее слово во всех вопросах внешней политики.

Во второй половине 17 века во гл окрестное население обязано было поставлять определённое количество лошадей, подвод, корма; оно же осуществляло и ямскую гоньбу. Каждым «ямом» заведовал ямщик, при котором был особый ямской двор.

С образованием централизованного русского государства значение ямской службы возросло: по дорогам, идущим от Новгорода, Смоленска, с юга от «яма» к «яму» ехали к царскому двору иностранные послы. От Москвы по этим же дорогам пробирались великокняжеские и царские воеводы и чиновники.

Уже в 1490 году упоминается ямской дьяк Тимофей Маклаков. Ямские дьяки заведовали ямщиками и ямской службой, разрешали споры между ямщиками и населением, утверждали выборы ямщиков, посылали учреждать новые «ямы».

В централизованном государстве ямская служба значительно усложнилась. Население выбирало для ямской службы особых ямских охотников, которые селились при ямских дворах слободами.

Первоначально при ямских дьяках не было специального учреждения, и они, как и некоторые другие дьяки, заведовавшие отдельными отраслями управления, пользовались канцелярским аппаратом Казённого приказа. В 1550 году впервые упоминается Ямская изба, а с 1574 года- Ямской приказ.

В 17 веке Ямской приказ сохранил значение одного из важнейших приказов государства. В его ведении находилась ямская служба, управление ямскими землями, сбор денег на подмогу ямщиков, выписка подорожных и надзор за дорогами в государстве.

Недовольство широких масс усилением феодального гнёта, возрастание значения в государстве поместного служилого дворянства повлекло за собой создание группы судебно-полицейских приказов: Разбойного, Земского, Холопьего и Судных.

Со времени введения повсеместно губных учреждений Судебником 1550 года возникла необходимость постоянного центрального государственного учреждения, осуществлявшего руководство губными органами и надзор за их деятельностью. В 1555 году была составлена Уставная книга Разбойного приказа.

Разбойный приказ утверждал в должности губных старост, целовальников и дьяков во всём государстве, санкционировал приговоры губных органов, являлся второй инстанцией для рассмотрения разбойных и татиных дел на территории всего государства, кроме Москвы и Московского уезда.

В 17 веке Разбойному приказу принадлежало общее руководство полицейской расправой по разбойным, татиным и приводным делам. Во главе приказа стояла следственно-судебная коллегия из боярина (окольничего), дворянина (стольника) и двух дьяков. Приказ имел разветвлённую сеть местных органов - губных старост и губ, осуществлял надзор за содержанием тюрем во всём государстве. В чрезвычайных случаях приказ посылал надельщиков и сыщиков из центра. Приказ существовал до 1701 года.

Разбойные и татиные дела по Москве и Московскому уезду велись Земским приказом. Первое упоминание о нём относится к 1564 году.

Земский приказ в Москве осуществлял полицейские функции: наблюдал за безопасностью и порядком, вёл борьбу с корчемством и пожарами, следил за содержанием в чистоте улиц и за городским благоустройством, собирал налоги с московского тяглового населения и судил его. Земский приказ проводил переписи дворов и церквей. В конце 17 века он был объединён со Стрелецким приказом, с которым разделял полицейские функции по Москве.

С усилением феодального гнёта к середине 16 века связано появление Приказа холопьего суда (Холопьего приказа), ведавшего делами о поступлении в холопство, судом о кабальном холопстве и т.п. В связи с ограничением крестьянских переходов от одного феодала к другому (заповедные годы) с 80-х годов 16 века и введением срока сыска беглых (урочных лет) в 1597 году приказ стал принимать челобитные от бояр и служилых людей о беглых холопах, вести переписку о розыске беглых с местными властями (воеводами).

В 17 веке приказ осуществлял юридическое оформление индивидуального закрепления крестьян, регистрацию дворовых всех вотчинников и помещиков, всякого рода кабал и крепостей. В Холопьем приказе писались кабальные на холопов, оформлялись на них «крепости», рассматривались тяжбы бояр и служилых людей из-за холопов. Сюда же подавались заявления («явки») о беглых. В приказ с челобитными с просьбой освободить их от холопства обращались и холопы.

В тесной связи с реформами 60-х годов 16 века находилось создание группы судных (судебных) приказов в 90-е годы: Московского (1598 год), Владимирского (1593 год), Дмитровского (1595 год), Казанского (1591 год). Каждый из этих приказов заведовал судом служилых людей определённой территории государства, неподсудных местным властям по указу 1549 года.

Судебная обособленность дворян и детей боярских в особых судебных приказах являлась одним из проявлений возросшего значения помещиков и поместного землевладения в Русском государстве.

В 17 веке из четырёх территориальных судных приказов продолжали действовать Владимирский и Московский, которые являлись привилегированными судами для представителей всех групп господствующего класса феодалов. Указом 1699 года оба эти приказа были объединены в один под названием «Судный».

Несколько особо от этой группы стоял Челобитный приказ, возникновение которого тесно связано с возвышением поместного дворянства и усилением власти московского царя. По решению Земского собора 1549 года дворяне и дети боярские получили право обращаться к суду самого царя. Это решение было закреплено в 64 статье Судебника 1550 года. Для приёма и разбора потока челобитных, поступавших на имя царя в 1550 году, был учреждён Челобитный приказ во главе с видным деятелем «Избранной рады» А.Ф. Адашевым. В этот приказ поступали все челобитные на имя царя. Часть жалоб направлялась на рассмотрение царя, а другая передавалась в соответствующие учреждения. Приказ принимал апелляционные жалобы на решения должностных лиц и государственных учреждений и, следовательно, являлся своеобразным контрольным органом государства.