Среди больших религиозных композиций несомненным шедевром является "Алтарь св.Варнавы", написанный тотчас же по возвращении из Рима. Благодаря силе исполнения некоторые образы этой композиции выглядят поистине великолепными. Таковы св.Екатерина - образ, полный затаенной страсти и потому гораздо более живой, чем образ Венеры; св.Варнава - ангел с лицом мученика и особенно Иоанн Креститель - одно из наиболее глубоких и наиболее человечных изображений в искусстве всех времен.

Большое произведение Боттичелли "Венчание Богоматери" (1490) проникнуто уже иным духом. Если в 1484-1489 годах Боттичелли, кажется, доволен самим собой и безмятежно переживает период славы и мастерства, то "Венчание" свидетельствует уже о смятении чувств, о новых тревогах и надеждах. В изображении ангелов много взволнованности, клятвенный жест св.Иеронима дышит уверенностью и достоинством. В то же время здесь ощущается некоторый отход от "совершенства пропорций" (возможно, как раз поэтому это произведение и не имело большого успеха), нарастает напряженность, относящаяся, впрочем, исключительно к внутреннему миру персонажей и потому не лишенная величия, усиливается резкость цвета, становящегося все более независимым от светотени.

Стремление к большей глубине и драматизму, явственно проявляется и в других произведениях Боттичелли. Одно из них - "Покинутая"(1490). Его сюжет, несомненно, взят из Библии: Фамарь, изгнанная Аммоном. Но этот единичный исторический факт в его художественном воплощении приобретает вечное и общечеловеческое звучание: тут и ощущение слабости женщины, и сострадание к ее одиночеству и подавляемому отчаянию, и глухая преграда в виде закрытых ворот и толстой стены, напоминающей стены средневекового замка. Человек, раздавленный безнадежностью в этой бездушной, безжизненной среде, несомненно, духовный автопортрет самого Боттичелли.

«Клевета» - последняя картина на светскую тему. Можно удивляться, что в такой небольшой картине (62 х 91) заключено столько смысла и таланта. Картина была предназначена не для стены, а для хранения и рассматривания вблизи, как драгоценность. Изображение напоминает об утерянной картине Апеллеса, известного в древности художника, описанной поэтом Лусианом. Лусиан сообщает, что живописец Антифилос, от зависти к более талантливому коллеге Апеллесу, обвинял его в вовлечении в заговор против египетского короля Птолеми IV, при дворе, которого находились оба художника. Невинный Апеллес был брошен в тюрьму, но один из реальных заговорщиков заявил о его невиновности. Kороль Птолеми реабилитировал живописца и отдал ему Антифилоса, как раба. Апеллес, все еще наполненный ужасом от несправедливости, которая была, написал вышеупомянутую картину. Боттичелли выполнил сюжет по описанию.

Король сидит на троне в зале, украшенном скульптурами(на картине -справа) . Рядом - аллегорические фигуры Невежества, Подозрения и Подлости, которые нетерпеливо шепчут слухи в ослиные уши (символ глупости) короля . Его глаза опущены, он ничего не видит вокруг, рука протянута к Злости, стоящей перед ним.

Злость в чёрном, пристально смотрит на короля, протянув к нему левую руку. Правой рукой Злость тянет вперёд Клевету.

Клевета левой рукой держит факел, огонь неправды, сжигающий истину. Правой рукой она тянет за волосы свою жертву, обнажённого юношу- Невиновность.

Невиновность, своей наготой, показывает, что ничего не скрывает, но напрасно, Невиновность молит разобраться.

Зависть и Мошенничество стоят за спиной Клеветы., вплетая ей в волосы белые ленты и осыпая розами. Внешне прекрасные, женщины коварно используют символы чистоты, чтобы украсить Клевету.

Раскаяние, старуха в чёрном, стоит в стороне. С горечью она смотрит на Правду, стоящую слева, желая помочь Невиновности.

Правда, похожая на статую классической богини совершенной красоты, указывает вверх, к Тому, от кого зависит последнее суждение о правде и лжи. "Голая" Правда и Раскаяние отдалены от короля и остальных, не обращающих на них внимания. Правде нечего скрывать, в то время как другие скрывают намерения чёрной или цветной, яркой одеждой.

Действие происходит в большом зале со сводчатыми окнами, в стиле шестнадцатого столетия. Вдоль стен - ниши с фигурами классической старины и Священного писания. Смешивание классических и библейских элементов наводит на мысли, что истины, почитаемые древними (язычниками), почитаются и христианами. Фигуры как бы отброшены сильным ветром, замирающим перед монументальным образом Правды.

Несколько поколений исследователей и художников пытались понять почему и для кого написал Боттичелли эту картину. Это до сих пор неясно.

В 90-е годы возникает еще одна значительная работа Боттичелли – его иллюстрации к «Божественной комедии» Данте. Это единственный большой графический цикл Боттичелли, так как его подготовительные рисунки, поражающие одухотворенной трепетностью линий, блестящей виртуозностью, очень немногочисленны. Рисунки к «Божественной комедии» не всегда находят подобающую оценку. Обычно историки указывают на то, что фантазия Данте была чужда самому существу творчества Боттичелли. Но лучшие листы поражают своеобразием и яркостью образного звучания. Рисунки, иллюстрирующие песни «Ада», заполненные маленькими, мечущимися фигурками грешников полны тревожной сумятицы линий; некоторые из них, где повторяется мотив грандиозной лестницы-свода, соединяющей круги ада, есть подлинное суровое величие. В листах, посвященных «Чистилищу», сложно разработанный фон заменяет звонкая пустота, весь рисунок становится более легким, прозрачным, ритм, объединяющий вереницы обреченных «Ада» словно рассыпаются на наших глазах. В последних листах чистилища фигуры начинают трепетно и радостно тянуться вверх, появляются тонкие деревца; легкий и хрупкий ритм их веточек и листьев, намеченных каллиграфически изящной линией, создает атмосферу еще неуверенной радости. И, наконец, в иллюстрациях к «Раю» почти всю плоскость листа заполняют фигуры Данте и Беатриче, и их бесконечно повторяющемся диалоге раскрываются тончайшие оттенки чувства: радостный порыв, вера, смущение, укор, восхищение; живые, порывистые росчерки линий на ничем не заполненном белом фоне создают ощущение радостной вибрации, заполненности светом всего пространства.

В 1493 году, когда вся Флоренция была потрясена смертью Лоренцо Великолепного, в личной жизни Боттичелли произошли важные события: умер и был похоронен рядом с отцом на кладбище Оньисанти брат Джованни, а из Неаполя приехал другой брат, Симоне, вместе с которым художник приобрел "господский дом" в местечке Сан Сеполькро а Беллозгуардо.

Во Флоренции в то время гремели пламенные, революционные проповеди фра Джироламо Савонаролы. И пока на городских площадях сжигали "суету" (драгоценную утварь, роскошные одеяния и произведения искусства на сюжеты языческой мифологии), воспламенялись сердца флорентийцев и разгоралась революция, скорее духовная, чем социальная, поразившая в первую очередь те самые чувствительные, искушенные умы, что были творцами элитарного интеллектуализма времен Лоренцо. Переоценка ценностей, спад интереса к умозрительным иллюзорным построениям, искренняя потребность в обновлении, стремление опять обрести прочные, истинные моральные и духовные устои были признаками глубокого внутреннего разлада, переживаемого многими флорентийцами (в том числе и Боттичелли) уже в последние годы жизни Великолепного и достигшего апогея 9 ноября 1494 года - в праздник Спасителя и день изгнания Медичи.