Актуальной задачей остается поиск и реализация путей преодоления острых противоречий в межбюджетных отношениях на уровнях: федеративный центр - субъекты Федерации и субъекты Федерации - органы местного самоуправления.

В первой половине 90-х годов наряду с законодательным укреплением позиций бюджетов субъектов Федерации и местного самоуправления, с повышением управляемости этими бюджетами со стороны местных администраций и их финансовых органов движение средств федерального бюджета нередко ускользало из поля зрения высших органов представительной власти, Министерства финансов, и, следовательно, Правительства России. Получалось так: федеральный бюджет, разработанный и утвержденный в Москве, исполнялся на территориях субъектов федерации, но управление исполнением этого бюджета как бы «зависало» в столице и практически не доходило до территорий.

Это главная причина, обусловившая необходимость создания в субъектах федерации такого органа, который был бы уполномочен управлять процессами расходования и пополнения средств государственной казны, а также оказывал бы положительное воздействие на движение всей массы финансовых ресурсов на той или иной территории, обеспечивая при этом гармоничность интересов бюджетов всех уровней. Приняв на себя эти функции, Федеральное Казначейство заполнило брешь, образовавшуюся в государственной системе финансового управления, восстановили в полном объеме контроль за расходованием государственных средств и их поступлением в федеральный бюджет, а также наладили эффективное управление этими процессами.

Исполнение Российского бюджета и контроль за расходованием государственных средств в Российском государстве традиционно осуществлялись казначейскими учреждениями. С середины 20-х годов с 1917 по 1991г.г. функции казначейства были, в основном, переданы Госбанку.

Действовавшая в нашей стране банковская система исполнения бюджета прежде вполне обеспечивала контроль за поступлением и использованием бюджетных средств. В последние годы, счета бюджетных организаций, состоящих на федеральном бюджете, распылены по огромному количеству коммерческих банков.

В этих условиях Центробанк Российской Федерации, сохранив за собой роль методологического центра в вопросах организации банковского дела и ведения счетов, не имеет возможности и средств для осуществления полного и достоверного учета средств Федерального Бюджета в сфере деятельности коммерческих банков. Иначе говоря, стало попросту невозможно определить, на какие цели расходуются бюджетные деньги, экономично ли ими распоряжаются. Слишком долго доходы не поступают на федеральные бюджетные счета.

Однако действовавшая в СССР система исполнения бюджета приводила к наращиванию информационных процессов в стране, так как финансирование расходов производилось без учета реально поступающих доходов и носили эмиссионный характер.

В начале проведения экономических реформ изменения в процессе исполнения федерального бюджета позволили решить главную задачу - ликвидировать практику автоматического и бесконтрольного кредитования Центробанком бюджетного дефицита. В то же время, с развитием рыночных процессов в Российской экономике, сопровождавшихся разрушением централизованной государственной банковской системы и образованием разрозненной массы коммерческих банков, Центробанк России, сосредоточив усилия на вопросах организации денежно-кредитного обращения, значительно снизил приоритетность вопросов исполнения Федерального бюджета: был серьезно ослаблен банковский учет бюджетных средств, а коммерческие банки на местах не только устранились от контроля за использованием государственных федеральных средств, но и заинтересованы в отсутствии такого контроля. Наряду с этим, законодательное закрепление самостоятельности бюджетов национально-государственных и административно-территориальных образований в рамках единой бюджетной системы России освободило местные финансовые органы от обязательного контроля за правильностью и целевым характером использования средств федерального бюджета.

В области исполнения федерального бюджета по доходам существующий порядок характеризуется не только низкой оперативностью зачисления доходов на счета федерального бюджета, длительными задержками, запаздыванием, неполнотой и расхождениями представляемой Центробанку информации, но также и отсутствием единого порядка распределения поступающих доходов между федеральным бюджетом и бюджетами других уровней, а так же передачи в местные бюджеты отчислений от поступлений по федеральным налогам и доходам.

Вытекающие из этого дискретность процесса финансирования расходов из федерального бюджета, а также невозможность составления полноценных прогнозов на краткосрочную и среднесрочную перспективу снижает эффективность бюджетного исполнения.

В сфере расходов федерального бюджета до настоящего времени действующая система носит отпечаток предельно централизованной директивной экономики, поскольку допускает их финансирование лишь на стадии платежа, то есть на стадии, когда возможность маневрирования государственными финансовыми ресурсами уже практически упущена.

Постановка учета бюджетных средств в банках не позволяет оперативно получить информацию о кассовых расходах и перечислении этих средств по назначению, а значит эффективно контролировать данные операции.

Вследствие раздельного учета рублевых и валютных позиций нарушается принцип кассового единства бюджета.

Практически бесконтрольно осуществляется использование средств многочисленных общегосударственных внебюджетных фондов.

Утрата государственного контроля за поступлением и расходованием средств федерального бюджета, отсутствие детального учета этих средств породило безответственное отношение к ним на всех уровнях власти, привело к ослаблению бюджетной дисциплины, а отсутствие объективной информации в условиях острой недостаточности бюджетных средств не позволяет перегруппировать финансовые ресурсы для наиболее рационального их использования в период осуществления рыночных преобразований в экономике.

С развитием рынка федеральный бюджет становиться основным элементом, обеспечивающим управляемость экономикой. Значительный спад производства и высокий уровень инфляции требует жесткого контроля за распределением и расходованием бюджетных средств.

Путь реформирования межбюджетных отношений в России чрезвычайно труден. Резкие повороты на этом пути чреваты тяжелыми последствиями. Необходима очень гибкая, взвешенная политика, осторожное введение новых бюджетных инструментов и методов, терпеливое приспособление действующих механизмов к новым условиям функционирования.

Среди множества бюджетных проблем следует, прежде всего, выделить три:

1. формирование доходов бюджетов всех уровней;

2. вертикальная несбалансированность бюджетной системы;

3. неопределенность положения бюджетов местных органов власти.

Формирование бюджетных доходов осуществляется во многом еще традиционно для унитарной бюджетной системы. Подавляющий объем доходов всех трех уровней образуют одни и те же виды налогов: на прибыль, подоходный, НДС и акцизы.