В Голландии его труды высоко оценили, местные ботаники безоговорочно приняли его систему. Книги и статьи Карла издавались так много и быстро, как он и не мог мечтать в Швеции. Заманчивые предложения лились на него как из рога изобилия: участие в экспедициях, руководство ботаническим садом, профессорские должности в университетах. Голландские ученые даже почтили его титулом – и в шутку и всерьёз – князя ботаников. Но Линней не хотел навсегда расставаться со своей родиной. Его желанием было трудиться на благо Швеции, даже если условия научной работы там были гораздо сложнее. Он покинул радушную Голландию в 1738 году и отправился в Париж познакомиться с французскими ботаниками и побывать в знаменитом Королевском Саду. В нем тогда работал знаменитый ученый Бернар Жюсье. Как-то Жюсье читал лекцию студентам и попросил слушателей назвать родину одного из экзотических растений, только что присланного, и еще никем и никогда не виданного в Европе. Все были в затруднении, и лишь один ученый громко произнес: "это растение американское". На что пораженный Жюсье воскликнул: "а это Линнеус". Во Франции к реформам Линнея отнеслись сдержанно, но, несмотря на это, избрали в королевскую академию в качестве иностранного корреспондента. Он надеялся, что теперь на родине все пойдет по-другому, и происки недоброжелателей отныне ему не страшны.

Однако прибытие на родину вовсе не открыло молодому ученому радужных перспектив. В университете в Упсале по-прежнему царил его давний недруг Розен, и устроиться туда Линней не смог. Князю ботаников снова не хватало средств на жизнь, так что о женитьбе нечего было и думать. Он отправился в Стокгольм. Снова никому не известный, нищий молодой доктор искал себе врачебную практику. "Пошли мне небо, первого больного. Готов лечить за ничтожную плату. Пусть только этот пациент скажет обо мне своим знакомым: это хороший врач, обратитесь к нему", – так думал Линней. Успех в чужой стране, успех повсюду еще не залог благополучия на родине. В Линнее можно было увидеть пример истинного патриотизма, готовности служить отечеству вплоть до самоотречения. Наконец Линнею улыбнулось счастье, и он нашел первого пациента, а затем еще, и еще. Постепенно слава о нем, как об искусном лекаре, разнеслась по столице, составив ему обширную практику и материальное благополучие. Вот только о ботанике пришлось пока забыть. Но и тогда Господь ему послал (в который раз!) высокого покровителя – председателя сейма и известного мецената графа Тессина. Для начала он устроил Карла на высокооплачиваемую должность адмиралтейского врача, а потом медицинскую кафедру в Упсальском университете. Одновременно с этими событиями происходило и учреждение шведской академии наук: Линней стал ее первым президентом.

Признательность Тессину, как и другим своим покровителям, Линней пронес через всю жизнь. "Несомненно, я обязан Господу Богу и графу Тессину всем своим счастьем", - писал он. И это была не лесть, а слова, идущие из глубины сердца. Когда Тессин попал в немилость у шведского короля и был сослан, князь ботаников продолжал писать ему такие же восторженные письма и даже посвятил ему свой труд.

С тех пор как Линней поселился в Упсале, его жизнь стала непрерывным восхождением к мировой славе. Во-первых, он проявил себя блестящим педагогом. Уже первая лекция "О необходимости путешествий по отечеству" 25 октября 1741 года в Упсальском университете произвела огромное впечатление на слушателей. Обычно вступительная речь профессора перед началом курса содержала в себе какой-либо отвлеченный философский вопрос, который лектор растягивал на целую лекцию. А Линней говорил о будущих исследованиях самих студентов. Его слушателям предстояла яркая, полная захватывающего интереса жизнь исследователя родной земли. Помимо чтения лекций он проводил для своих студентов загородные ботанические экскурсии. Одни искали минералы, другие исследовали водную растительность, третьи изучали птиц. Дома ученики обрабатывали собранные материалы, определяли их, составляли коллекции. Эти занятия были настолько популярны, что студенты с восторгом стремились на них, ведь ничего подобного до Линнеуса в Упсале не было. Число учащихся у него скоро достигло 20-25% от общего числа студентов в университете. В 1759 году их было 1500 человек, тогда как обычно количество не превышало 500. Ни до, ни после Линнея Упсальский университет не имел стольких слушателей. Стали появляться и иностранные студенты, приехавшие послушать знаменитого профессора. Под его руководством был реорганизован ботанический сад при университете. Один из биографов знаменитого ученого писал: "ботанический сад достиг необыкновенных размеров и богатства, сделался истинной столицей всемирной флоры . Из Лондона, Парижа, Петербурга, Мадрида и почти всех германских дворов ему присылали знаки отличия. Князья наук, знаменитейшие ученые мира добивались чести сделаться его друзьями".

В тот период своей жизни Линней так писал о себе: "у него есть дело, для которого он рожден, он имеет деньги, у него есть любимая жена, прекрасные дети и славное имя". В 1753 году король дал Карлу дворянский титул, и Линней изменил написание своей фамилии на аристократичный манер: фон Линне. Наконец он мог полностью оставить врачебную практику и целиком посвятить себя ботанике.

Возможно ли классифицировать растения по одному – двум признакам? Ведь вся система Линнеуса построена на основании одного только органа растения – цветка. А корень, стебель, лист? Достаточно взглянуть на лист дуба, чтобы узнать это растение, а цветки его как раз малозаметны. А сколько растений имеют совершенно одинаковые цветки по числу тычинок, но различные по всем другим своим свойствам? Неужели их следует поместить в один класс? Эти вопросы смущали многих современников Линнея. Сам создатель системы лучше других понимал ее искусственность, но считал, что "искусственные системы необходимы, если нет естественной". Линней искал естественные классы и порядки, то есть такие группировки растений, которые были созданы Творцом. Линней говорил, что не признаки определяют род, а род признаки. Для него найти естественную систему означало понять и отразить план Творца, проникнуть в божественный замысел.

Система Линнея, простая и изящная, вызвала громадный интерес к исследованию и описанию растений. Благодаря ему за несколько десятилетий число известных видов увеличилось с 7 до 100 тысяч. Он сам открыл и описал около 1500 ботанических видов.

Стоит сказать, что система Линнея таила в себе еще один подводный камень. В те времена заявлять о существовании и четко определять пол у растений считалось аморальным. Да еще строить на его основании классификацию казалось в высшей степени неприличным. Даже в 70х годах 19 столетия в лекциях по ботанике на врачебных женских курсах в Петербурге научный термин тайнобрачные (относящийся к растениям, не имеющим цветков) был исключен из программы как безнравственный. На лекции про систему Линнея девушек вообще не пускали.