Рудбек доверил часть лекций читать Линнею. В 1731 г., когда Линнею было всего 24, он прочитал первую свою лекцию. Линней оказался талантливым лектором. Вскоре у него в аудитории было 400 слушателей - в то время как ко многим профессорам, в том числе и самому Рудбеку редко когда приходило более 60 студентов. Кроме чтения лекций Линней изучает функции цветка у растений и публикует свою первую работу с замысловатым названием: "Введение к помолвкам у растений". Здесь впервые Линней подходит к мысли о том, что цветки играют ключевую роль в жизнедеятельности растений, а значит именно признаки цветка нужно использовать в систематике.

После окончания обучения почти все натуралисты совершали путешествие. Выпускники университетов как врачи или инженеры на торговых и военных судах отправляется в экспедиции в самые удаленные уголки мира. Карл тоже хотел совершить такое путешествие - он очень большую роль придавал наблюдениям в природе и где же, как ни в путешествии, можно лучше всего познакомиться с растениями и животными? Кроме того, успехи Линнея как лектора и ученого, близость его к Рудбеку вызывали зависть у многих молодых профессоров: они сами хотели занять кафедру ботаники, а дорогу им перебежал обычный студент! Обстановка накалялась - на Линнея часто поступали жалобы и доносы, особенно усердствовал Розен. Здесь тоже могло помочь путешествие: Линней надеялся, что за время его отсутствия страсти поулягутся. Но где было взять деньги на поездку? Тогда Рудбек предложил написать Карлу проект по изучению малоисследованной части Швеции - Лапландии. Действительно, как это иногда бывает, дальние страны были изучены неплохо, а на территории своего отечества оставались белые пятна. Линней последовал совету и составил скромный по финансам, но масштабный по замыслу план экспедиции. Вот что писал Линней в проекте: "Швеция известна миру как культурная страна, она славится своими университетами, библиотеками, музеями и ботаническими садами. Но Лапландия настолько неизвестна, что кажется наиболее варварской во всем свете. Путешествие обещает быть трудным — это не прогулка для кавалера. Это должен быть молодой швед, здоровый, неутомимый, располагающий временем, не связанный семьей — чтобы не бояться сделать своих детей сиротами. Он должен быть натуралистом или врачом, разбирающемся в трех царствах природы: растениях, животных и минералах. Знать все три царства труднее, чем поймать райскую птицу, так как среди ботаников мало кто ориентируется в двух царствах, и едва ли есть хоть один, кто разбирается во всех трех. Причем знает их практически, а не только в теории, потому что знания о природе из книг еще не есть настоящее знание. И, наконец, кандидат должен уметь рисовать. Что касается меня — я швед, молодой, здоровый, незанятый, независимый, студент натуральной истории и медицины, с детства восхищающийся природой". В действительности путешествие оказалось еще труднее: многие районы Швеции в летнее время для конного всадника становятся просто непроходимыми. Линнею приходилось идти пешком, он нес тяжелый груз: научные материалы и сделанные им сборы, денег почти не оставалось, очень донимал гнус. Нередко Линнею приходилось ночевать прямо в лесу. Тогда он вырезал кусок мохового ковра и накрывался им как одеялом. Жизнь Карла была несколько раз под угрозой: он сплавлялся по горным речкам на плоту. Бродяга стрелял в Линнея с целью ограбления, раненный Линней с одним ножом бросился за грабителем, попал в яму для ловли зверей и пролежал в ней несколько дней, пока его не нашли местные жители.

Собрав большой материал по ботанике, зоологии и геологии Линней вернулся в Упсалу. Но козни Розена не прекратились, а лишь усилились. Работы Линнея не публиковались, защитить докторскую диссертацию было очень трудно. Многие молодые ученые уезжали из Швеции в Англию или Голландию, чтобы получить степень доктора, некоторые так и оставались за рубежом. Карл не хотел покидать родную Швецию, своей целью он ставил изучение природы своей страны на пользу отечества. Но добавилось еще одно обстоятельство — Линней познакомился с Сарой-Лизой, дочерью известного врача. Карл сделал ей предложение. Отец Сары-Лизы не возражал против брака, но поставил единственное условие: прежде чем обвенчаться Линней должен получить степень. Выбора не оставалось. Сразу после обручения Линней отправляется в один из крупнейших научных центров того времени - в Голландию. Именно там, помимо получения докторской степени, он надеялся напечатать свои рукописи. Дело в том, что у себя на родине пробиться в печать было очень трудно. Продолжение работы о лапландской флоре не выходило в свет. А у него уже были подготовлены другие материалы, где он излагал взгляды на систему растений и реформы, без которых, по его мнению, ботаника не могла успешно развиваться.

Линней получил докторскую степень в Голландии, в Гардервике, уже в начале лета 1735 года. Можно было поехать домой, заняться врачебной практикой, обзавестись семьей, но Линней решил воспользоваться случаем и побывать у знаменитых голландских ботаников.

Он посетил Лейденский университет, славившийся как крупнейший научный центр, и Амстердам, познакомился с выдающимися голландскими учеными Бурманом, Бургавом, Гроновиусом.

В Голландии он возглавлял несколько ботанических садов, и, в частности сад Клиффорта. Клиффорт был бургомистром Амстердама и имел обширный ботанический сад. Однако он долгое время находился в запустении, и бургомистр мечтал найти ботаника, который бы привел его в порядок. Поэтому он с радостью пригласил к себе на службу Линнея, предоставив ему жилье, стол, право пользоваться своей богатейшей библиотекой, а также значительное содержание. Конечно, Линней, которому еще недавно не хватало денег даже на свечи, согласился и рьяно принялся за дело. В саду Клиффорта он впервые применил свою систему природы, опробовал ее на практике и показал ее наглядные преимущества другим ботаникам.

В Голландии же Линней напечатал труд под названием "Система природы". Именно там он впервые заговорил о реформе в систематике трех царств природы: растений, животных, минералов. Это было решением уже давно назревшей проблемы. Ко времени Линнея ученые ощущали острую необходимость разработать удобную классификацию растений и животных. Невозможно было дальше только собирать и описывать отдельные объекты. В средние века, пока люди знали 500-600 видов растений, еще можно было как-то в них разобраться и без всякой системы. Но в 15 веке за двадцать лет в результате великих морских путешествий были открыты южная оконечность Африки, Вест-Индия, Северная и Южная Америки, множество островов. На каждом острове, в каждой стране – тысячи новых видов. Неслучайно ботанические сады и музеи возникали повсеместно именно в 15-16 веках. Сюда притекали все заморские новинки, но как в них не запутаться? Случалось, что одно и то же растение относили к разным видам. Надо было создать единую общепризнанную точную номенклатуру растений и животных. Именно ее предложил в своей книге Карл Линней. В чем же заключалась его система, его "нить Ариадны" среди хаоса фактов? За основу классификации растений Линнеус принял тычинки и пестики цветка. Пользуясь этим ключом, он разделил весь растительный мир на 24 четко отграниченных друг от друга класса: по числу, признаку срастания и длине тычинок, а также по полу цветков. У Линнея определенно были страсть и талант к наведению порядка. Вскоре он привел в систему животных, почвы и минералы, человеческие расы и болезни, лекарства и яды, публикации коллег, даже самих ученых ботаников — в полном соответствии с их научными заслугами!