Замкнутая экологическая система природы, действующая как безотходное производство, в начале справлялась с вносимыми человеком изменениями, но со временем в её работе всё чаще и чаще случаются перебои. Если в прошлом равновесие нарушалось лишь в сфере земельных и лесных ресурсов, то теперь затронуты все ресурсы. Воздействие человека происходит уже не на отдельные объекты и экосистемы, а на всю сферу в целом, вызывая в ней глубокие, порой необратимые изменения. Влияние антропогенных факторов на лесные сообщества стало предметом пристального изучения уже с момента создания Зейского заповедника. Пожары на большей части его территории существенно повлияли на ход естественного развития лесных массивов. Часть уничтоженных огнём лиственничных и еловых лесов в заповеднике возобновилась березняками. Лесные пожары являются наболевшей проблемой в районе. Выгорают большие площади лесов. Пожары возникают как правило из-за халатного обращения с огнём. Большинство коренных лиственничников уничтожено пожарами, охватившими этот район в конце XIX- начале XX в. В 2006 году от воздействия лесных пожаров погибло свыше 30 тыс. га лесов. Максимальные площади погибших насаждений- в Зейском, Свободнемском и Шимановском лесхозах. По сравнению с 2005 годом количество пожаров увеличилось в 1,4 раза.

Охрана лесов от пожаров является одним из основных направлений ведения лесного хозяйства и обеспечивается наземными и авиационными силами и средствами пожаротушения. Объёмы противопожарных мероприятий показаны в таблице .

Таблица 6-Сравнительные объёмы выполненных работ по охране лесов от пожаров в 2006 году

Наземные силы и средства обнаружения представлены оборудованными наблюдательными постами на высотных местах и объектах, наблюдательными вышками и пожаро-химическими станциями со специализированной лесопожарной техникой и оборудованием. Численность государственной лесной охраны составляет 633 человека.

Десятилетиями на северные территории Амурской области смотрели лишь как на источник золота, пушнины и леса. Сформировался потребительский тип мышления, в котором преобладало мнение о неисчерпаемости природных ресурсов.

В Зейском районе как и в других районах, большой проблемой на сегодняшний день является вырубка лесов. Вырубаются как хвойные, так и лиственные породы деревьев. Рубки проводят сплошные, не учитывая правила рубок. Наряду с этим подрост молодых деревьев повреждается техникой. Верхушки и ветки спиленных деревьев не собираются в кучи, а их оставляют на местах в неразмельченном виде, что приводит к большой захламлённости и заселению вредителей. Главной задачей является контроль за вырубками лесов иностранными фирмами из таких стран как Корея и Китай. После них остаются большие обрезки древесины, которая является непригодной, остаётся гнить на земле. Для изменения сложившейся ситуации необходимо установить жёсткий контроль по заготовке древесины.

Ещё одной проблемой является Зейское водохранилище, заполнение которого началось в 1974 году, стало первым крупным водохозяйственным объектом Дальнего Востока. Ранее долина р. Зеи представляла важнейшее экологическое русло, по которому теплолюбивые виды растений и животных проникали далеко на север. Но была перегорожена и затоплена речная долина, характеризовавшаяся большим разнообразием местообитаний. В результате здесь практически перестали встречаться барсук, енотовидная собака, кабан, длиннохвостый суслик, уйгурская полёвка, мышь- малютка и другие «южане».

Водохранилище перерезало магистральные миграционные пути косули и лося. Уже в 1976 году основные места их переходов в устье р. Гилюй были перекрыты заливом заполняющегося Зейского водохранилища, а на территории заповедника животные тонули в полыньях, рвали связки на скользком льду. Выжившие при переправах косули становились легкой добычей охотников. Ведь отстрел на неохраняемых территориях тогда не ограничивался. В результате, к концу 70-х годов мигрирующие популяции косуль Верхнезейской равнины практически прекратили своё существование. Сезонные кочёвки на много лет прекратились, а численность косуль на севере Амурской области, в Зейском районе, снизились почти на порядок. Через полтора десятилетия, в первой половине девяностых годов, миграции косуль в Зейском заповеднике возобновились. Осенью часть животных стала переплывать Гилюйский залив до начала ледостава, преодолевая завалы брёвен по берегам водохранилища. Другая переходит залив уже по льду, покрытому свежим снегом. Научились косули точно оценивать состояние ледового покрова водохранилища и весной. Зейские популяции мигрирующих косуль так и не смогли окончательно оправиться от ударов, нанесённых человеком. Хотя их численность после катастрофической депрессии несколько возросла, но далеко отстаёт от исходного уровня. Интенсивность миграций сейчас в 5-7 раз ниже, чем до создания водохранилища. В результате численность косуль снизилась примерно в 10 раз. Лоси без особого труда могут переплывать заливы водохранилища, но обширные пространства ровного льда, почти лишённого снега, для них непреодолимы.

Зейское водохранилище оказывает воздействие на микроклимат прилегающих территорий: понизились среднелетние температуры, повысилась влажность воздуха и почвы, возросло число дней с туманами и осадками. Красно-серая полевка, как ксеро- мезофильный вид, оказалась более чувствительной к подобным воздействиям, что привело к снижению ее численности. Водохранилище стало постоянно действующим фактором, определяющим повышенную влажность, что привело к изменению многолетних тенденций в динамике обилия фоновых видов грызунов. Второй возможной причиной изменения обилия фоновых видов грызунов могут являться естественные закономерности аспектов населения.

Появление водохранилища привело к нарушению путей пролёта водоплавающих и околоводных птиц, для которых долина р.Зея служила основным миграционным коридором. После создания искусственного моря сроки освобождения водоёма ото льда отодвинулись на 20-35 суток. Там, где раньше весной струилась речная вода, где было достаточно пойменных озёр, птиц ожидали безжизненные ледяные поля. Не удивительно, что массовый весенний пролёт птиц здесь практически прекратился.

Для многих видов наземных позвоночных водохранилище стало изоляционным барьером, раздробившим популяции. Наибольшие негативные последствия этого испытали виды, находящиеся на границе ареала. Появление водохранилища привело к разобщению кормовых и защитных местообитаний, что стало одной из основных причин значительного снижения численности оленей на его побережьях. Другая причина- гибель изюбря и кабарги на льду водохранилища. Во время пастьбы или местных переходов эти животные нередко оказываются вблизи верхней части ледяных склонов, образовавшихся в результате зимней сработки уровня водохранилища (5-15 метров). Дикие копытные часто попадают в трещины или срываются с ледяных склонов, травмируя конечности и медленно затем погибая на льду. Причём это явление носит массовый характер, ежегодно регистрируются десятки подобных случаев.