Если учреждение оплачивает коммунальные услуги за счет бюджетных ассигнований, выделенные коммунальные затраты учреждения, произведенные в интересах арендаторов, будут классифицированы контрольно-ревизионными органами как нецелевое использование бюджетных средств, а при оплате за счет доходов от коммерческой деятельности учреждения - не приняты налоговыми органами к уменьшению облагаемой базы по налогу на прибыль с соответствующей корректировкой налоговой базы по НДС.

Устранить данные противоречия, на наш взгляд, можно путем заключения между организациями-арендаторами и бюджетным учреждением договоров на выполнение последним функций платежного агента по перечислению коммунальных платежей прикрепленных к нему сторонних организаций энергоснабжающей организации. При этом суммы по счетам, выставляемым учреждению энергоснабжающей организацией, делятся между собственными затратами учреждения (агента) и расходами, произведенными в интересах организаций-арендаторов (принципалов), в порядке, определенном заключенными с ними договорами (т.е. пропорционально либо занимаемым площадям, либо потребляемой мощности используемых ими электроприборов).

Таким образом, поступающие и перечисляемые учреждением коммунальные платежи не подлежат налогообложению и не относятся на исполнение его бюджетных обязательств. Кроме того, в данном случае порядок перевыставления учреждением счетов-фактур арендаторам за оплаченные в их интересах коммунальные услуги прямо определен Постановлением Правительства Российской Федерации от 2 декабря 2000 г. N 914 и введенное Письмом Минфина России от 3 марта 2006 г. N 03-04-15/52 запрещение на проведение таких операций в части возмещения коммунальных затрат не действует.