Федеральный закон от 01.04.1996 № 27-ФЗ «Об индивидуальном (персонифицированном) учете в системе обязательного пенсионного страхования» установил правовую основу и принципы организации индивидуального (персонифицированного) учета сведений о гражданах. Вступил в силу с 1 января 1996 г. на территории отдельных административно-территориальных единиц пяти субъектов Российской Федерации, определяемых Правительством Российской Федерации, а с 1 января 1997 года - на всей территории Российской Федерации.

Федеральным законом от 05.05.1997 № 77-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в Положение о Пенсионном фонде Российской Федерации (России), порядок уплаты страховых взносов работодателями и гражданами в Пенсионный фонд Российской Федерации (России) и в Закон Российской Федерации «О государственных пенсиях в Российской Федерации» на Пенсионный фонд Российской Федерации возложена обязанность по организации и ведению индивидуального (персонифицированного) учета застрахованных лиц в соответствии с Федеральным законом «Об индивидуальном (персонифицированном) учете в системе государственного пенсионного страхования», а также по организации и ведению государственного банка данных по всем категориям плательщиков страховых взносов.

Указом Президента Российской Федерации от 09.07.1997 № 710 "О признании утратившими силу некоторых указов Президента Российской Федерации и внесении изменений в структуру федеральных органов исполнительной власти, утвержденную Указом Президента Российской Федерации от 14 августа 1996 г. № 1177" Указ Президента Российской Федерации от 29.05.1993 № 787 признан утратившим силу, за исключением п. 3 ("Считать недопустимым вмешательство Пенсионного фонда Российской Федерации и его отделений в оперативную деятельность органов социальной защиты населения и передачу ему функций по назначению и выплате пенсий, возложенных на органы исполнительной власти законодательством Российской Федерации" – п. 3 Указа от 29.05.1994 № 787).

Бюджетный кодекс Российской Федерации (Федеральный закон от 31.07.1998 № 145-ФЗ) в статье 13 "Государственный внебюджетный фонд" определил государственный внебюджетный фонд как фонд денежных средств, образуемый вне федерального бюджета и бюджетов субъектов Российской Федерации и предназначенный для реализации конституционных прав граждан на пенсионное обеспечение, социальное страхование, социальное обеспечение в случае безработицы, охрану здоровья и медицинскую помощь. Кроме того, положения, касающиеся деятельности Пенсионного фонда Российской Федерации, содержатся в главе 17 "Государственные внебюджетные фонды" (в частности, в ст. 143 "Общие принципы и правовой статус государственных внебюджетных фондов", ст. 144 "Состав государственных внебюджетных фондов Российской Федерации"; ст. 145 "Порядок составления, представления и утверждения бюджетов государственных внебюджетных фондов"; ст. 146 "Доходы государственных внебюджетных фондов"; ст. 147 "Расходы государственных внебюджетных фондов"; ст. 148 "Исполнение бюджетов государственных внебюджетных фондов"; ст. 149 "Отчет об исполнении бюджета государственного внебюджетного фонда"; ст. 150 "Контроль за исполнением бюджетов государственных внебюджетных фондов").

Федеральный закон от 16.07.1999 № 165-ФЗ "Об основах обязательного социального страхования" был принят с целью урегулирования отношений в системе обязательного социального страхования, определения правового положения субъектов обязательного социального страхования, оснований возникновения и порядка осуществления их прав и обязанностей, ответственности субъектов обязательного социального страхования, а также установления основ государственного регулирования обязательного социального страхования. Законом дано определение обязательного социального страхования, частью которого является обязательное пенсионное страхование.

Федеральным законом от 02.01.2000 № 38-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в порядок уплаты страховых взносов работодателями и гражданами в Пенсионный фонд Российской Федерации (России)» определены категории плательщиков страховых взносов и сроки регистрации в органах Пенсионного фонда Российской Федерации, а также сроки уплаты страховых взносов.

Федеральным законом от 05.08.2000 № 117-ФЗ "Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)" было предусмотрено, что страховые взносы на обязательное пенсионное страхование, уплачиваемые в составе ЕСН, перечисляются в Пенсионный фонд Российской Федерации.

Федеральным законом от 05.08.2000 № 118-ФЗ «О введении в действие части второй налогового кодекса Российской Федерации и внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации о налогах» введена в действие часть вторая Налогового кодекса РФ, в т.ч. с 1 января 2001 года введена в действие глава 24 «Единый социальный налог (взнос)». Утратил силу п. 1 постановления Верховного Совета Российской Федерации от 27.12.1991 № 2122-1 "Вопросы Пенсионного фонда Российской Федерации (России)" в части утверждения Порядка уплаты страховых взносов работодателями и гражданами в Пенсионный фонд Российской Федерации (России). С 1 января 2001 г. контроль за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в Пенсионный фонд Российской Федерации взносов, уплачиваемых в составе единого социального налога (ЕСН), осуществляется налоговыми органами Российской Федерации (ст. 9).

Указом Президента Российской Федерации от 27.09.2000 № 1709 «О мерах по совершенствованию управления государственным пенсионным обеспечением в Российской Федерации» за Пенсионным фондом Российской Федерации закреплены полномочия по выплате государственных пенсий (п. 1). Органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации рекомендовано в течение 2001 года заключить с Пенсионным фондом Российской Федерации соглашения о передаче территориальным органам ПФР полномочий по назначению и выплате государственных пенсий, материально-технической базы, обеспечивающей реализацию указанных полномочий, а также о переводе лиц, занимающихся вопросами назначения и выплаты государственных пенсий, на работу в территориальные органы Пенсионного фонда Российской Федерации. Признан утратившим силу Указ Президента Российской Федерации от 29.05.1993 № 787.

Постановлением Конституционного Суда Российской Федерации от 25.06.2001 № 9-П «По делу о проверке конституционности Указа Президента Российской Федерации от 27 сентября 2000 г. № 1709 «О мерах по совершенствованию управления государственным пенсионным обеспечением в Российской Федерации» в связи с запросом группы депутатов Государственной Думы» признано, что Пенсионный фонд Российской Федерации наделен публично-властными полномочиями по обеспечению конституционного права на государственные пенсии, в том числе полномочием по назначению, именно законом, а такие полномочия относятся к сфере функционирования исполнительной власти и ее органов.