Первые годы процесса преобразований происходили на фоне общей либерализации общественной жизни, в ходе которого деформировались и исчезали интересы и стимулы, заставлявшие работать административную систему управления. В результате в стране наблюдалось нарастание материально-финансовых диспропорций, связанных с воспроизводством дефицита продукции и ресурсов, ускорением роста инфляции и обесцениванием доходов населения. В то же время откладывание радикальных преобразований с каждым месяцем увеличивало социальную напряженность и придавало будущим масштабным преобразованиям потенциально все более болезненный характер.

В целях предотвращения негативных последствий командно-административной системы управления народным хозяйством и перехода к рыночным отношениям правительство республики начало осуществлять комплекс мер по реформированию всего социально-экономического устройства, в том числе и налогового.

С 1992 года началась работа над совершенствованием налоговой системы. Снижение налогового бремени, сокращение количества налогов, приближение налоговой системы Казахстана к мировым стандартам – основной перечень требований, которым отвечал Закон Республики Казахстан от 24 апреля 1995 года "О налогах и других обязательных платежах в бюджет".

Основными принципами Закона "О налогах и других обязательных платежах в бюджет" явились принцип справедливости, который рассматривается в двух аспектах. Первый из них – достижение так называемого "горизонтального равенства", которое требует, чтобы все доходы налогоплательщиков, независимо от того, как они зарабатываются и тратятся, облагались единообразно на равных условиях. Второй – соблюдение "вертикального равенства" перед законом обязательств налогоплательщиков, имеющих разный уровень доходов и находящихся в разных, с точки зрения соответствия социальным нормам в данном обществе, ситуациях. Практически это означает, что в настоящее время обложение доходов физических лиц производится с применением дифференцированных ставок по прогрессивной шкале.

Следующими по значимости основополагающими принципами реформирования налоговой системы являлась ее максимальная простота, экономическая нейтральность налогообложения, минимизация и сопоставимость налоговых ставок. Введением в действие Закона "О налогах и других обязательных платежах в бюджет" был сделан первый важный шаг к созданию действительно цивилизованной и эффективной налоговой системы. Так, вместо действовавших в Республике Казахстан 45 видов налогов и сборов и еще 6 видов отчислений в, так называемые целевые фонды, осталось 19 видов налогов и сборов.

Во избежание уклонения от налогов при применении предприятиями трансфертных цен был введен механизм корректировки облагаемого дохода налогоплательщика на разницу в этих ценах. Для стимулирования процессов акционирования предприятий было установлено окончательное налогообложение у источника выплаты дивидендов по единой льготной ставке 15 процентов, а их сумма учитывалась как в составе совокупного дохода предприятия, так и в составе вычетов. В целях повышения инвестиционных стимулов, заинтересованности в обновлении парка основных средств и совершенствовании производства было предусмотрено увеличение норм амортизации и сокращение затрат, упрощенный порядок их расчета.

Казахстан первым из стран СНГ разработал и ввел прогрессивное налоговое законодательство. Важным отличительным нововведением стала отмена с июля 1997 года кассового метода в налоговом учете и переход на метод начислений. Данный переход был обусловлен тем, что существовавший кассовый метод приводил к искажению данных в налоговом учете и, соответственно, к искажению налогооблагаемой базы, так как доходы исчислялись по кассовому методу, а вычеты формировались по методу начислений. Введение метода начислений способствовало усилению финансовой дисциплины и созданию условий для сокращения доли зачетных схем расчетов с бюджетом, а затем – и для отказа от них. Так, если в 1997 году доля неденежных расчетов с бюджетом по налоговым и неналоговым поступлениям составляла 8,43%, в 1998 году – уже 0,16 %, то, начиная с 1999 года, все расчеты с бюджетом в республике производятся "живыми деньгами".

Социальный налог, введенный с 1 января 1999 года, заменил целую систему уплачиваемых платежей во внебюджетные фонды, такие как Государственный центр по выплате пенсий в размере 15 процента от фонда оплаты труда, накопительный пенсионный фонд в размере 10 процентов от фонда оплаты труда, фонд обязательного медицинского страхования в размере 3 процентов от фонда оплаты труда, фонд социального страхования в размере 1,5 процента и фонд занятости в размере 2 процентов от фонда оплаты труда. В целом отчисления во внебюджетные фонды производились в размере 31,5 процентов от фонда оплаты труда.

Введение социального налога, заменившего отчисления в ряд внебюджетных фондов, было вызвано необходимостью систематизации и эффективного использования средств на социальные нужды, поступавшие ранее в многочисленные внебюджетные фонды.

Социальный налог был установлен в размере 26 процентов, а с 1 июля 2001 года был снижен до 21%. При этом база исчисления социального налога существенно не отличалась от базы исчисления взносов в вышеназванные Фонды.

Максимальная ставка подоходного налога с физических лиц была снижена с 40 % до 30 %.

С целью поддержания и развития субъектов малого бизнеса Законом установлена упрощенная система налогообложения.

Для физических и юридических лиц, преимущественно работающих с наличными денежными средствами или имеющих ограниченное число занятых в них работников, был установлен порядок уплаты налога на основе патентов или упрощенной системы определения налоговой базы и ведения налогового учета.

Для крестьянских (фермерских) хозяйств, имеющих земельные участки на праве землепользования, был введен единый земельный налог, заменивший для данной категории налогоплательщиков другие налоги.

Из Закона были исключены дорожный налог, сбор за регистрацию эмиссии ценных бумаг и присвоение национального идентификационного номера эмиссии акций, не подлежащей государственной регистрации, сборы на социальное обеспечение, за покупку физическими лицами наличной иностранной валюты.

Изменения в экономике Казахстана, произошедшие с момента проведения налоговой реформы 1 июля 1995 года, множество подзаконных актов диктовали необходимость дальнейшего реформирования налоговой системы.

В связи с чем, в июле 2001 года был подписан Кодекс Республики Казахстан "О налогах и других обязательных платежах в бюджет" (Налоговый кодекс), который введен в действие с 1 января 2002 года. При этом сохранилась экономическая основа, заложенная в Законе Республики Казахстан "О налогах и других обязательных платежах в бюджет".

Налоговый кодекс – единый кодифицированный документ, включивший в себя все положения о налоговой системе. В нем четко определены права и обязанности участников налоговых правоотношений, регламентирован процесс исполнения налогового обязательства, установлены правила осуществления налогового контроля, определен ограниченный перечень налогов и других обязательных платежей в бюджет, а также все важнейшие понятия и инструменты, необходимые для функционирования всей налоговой системы Казахстана.