Нерезиденты, осуществляющие деятельность в Казахстане через постоянное учреждение, вправе произвести исчисление и уплату налога на чистый доход в соответствии с положениями международных договоров без применения административных процедур, за исключением представления с налоговой отчетностью документа, подтверждающего резидентство.

С целью упрощения процедуры администрирования международных договоров Налоговым кодексом предусмотрен порядок уплаты подоходного налога через условные банковские вклады. Согласно данному порядку суммы подоходного налога у источника выплаты, удерживаемые налоговым агентом с доходов нерезидентов, осуществляющих деятельность в Казахстане в пределах временных ограничений, предусмотренных международными договорами, подлежат перечислению на условные банковские вклады в казахстанских банках на основании заключаемых трехсторонних договоров об условном банковском вкладе до рассмотрения налоговыми органами Республики Казахстан заявления нерезидента на применение положений соответствующего международного договора.

В целях упрощения порядка исчисления и уплаты индивидуального подоходного налога иностранной компанией, осуществляющей деятельность в Республике Казахстан через постоянное учреждение (филиал, представительство), являющейся налоговым агентом, предоставлено такому налоговому агенту право производить исчисление и уплату индивидуального подоходного налога путем внесения авансовых платежей в случае, если выплата доходов физическим лицам-нерезидентам от работы по найму в Республике Казахстан производится за ее пределами.

Необходимо отметить, что в целях совершенствования взаимоотношений между налогоплательщиками и налоговыми органами, а также с учетом международного опыта, упрощены административные процедуры по применению международных договоров об избежании двойного налогообложения в отношении освобождения от налогообложения в Республике Казахстан доходов физических лиц-нерезидентов, а также прочих доходов юридических лиц - нерезидентов, полученных из источников в Республике Казахстан, при выполнении условий соответствующих международных договоров.

Недропользователи, желающие осуществлять добычу природных ресурсов в Казахстане, могут заключить с Компетентным органом Республики Казахстан (Министерством энергетики и минеральных ресурсов) контракты на недропользование на основе двух моделей налогового режима, определенных Налоговым Кодексом. Первая модель, на основании лицензии, построена на режиме налогообложения "налоги + роялти", а вторая на основании соглашения о разделе продукции.

В зависимости от типа модели налогового режима недропользователи уплачивают специальные платежи, такие как:

1) бонусы – единовременные платежи, подразделяющиеся на:

а) подписной – за право осуществления деятельности по недропользованию; и

б) коммерческого обнаружения – при обнаружении запасов полезных ископаемых, разработка которых является экономически эффективной;

2) роялти – платеж за право пользования недрами в процессе добычи полезных ископаемых;

3) доля Республики Казахстан по разделу продукции – часть прибыльной нефти (Profit-Oil), определяемая в точке раздела как принадлежащая Республике Казахстан;

4) налог на сверхприбыль – налог на часть чистого дохода недропользователя, превышающая нормативы, установленные Налоговым Кодексом.

При этом, основными целями изменений, внесенных в Налоговый кодекс, вступивший в силу с 1 января 2004 года, являются:

максимальное упрощение методики исчисления специальных платежей недропользователей;

уход от практики договорного установления размеров специальных платежей недропользователей в контрактах;

стремление к максимальной транспарентности механизма налогообложения недропользователей;

обеспечение гарантированного объема поступления денежных средств в бюджет с начала добычи нефти на месторождениях.

Так, новая редакция Налогового кодекса четко закрепляет методику исчисления доли Республики Казахстан по разделу продукции и базируется на пороговых значениях коэффициентов (триггеров). Триггеры настроены таким образом, чтобы адекватно увеличивать доходы государства при росте доходности, рентабельности предприятия, а также при росте цен на нефть. Следует отметить, что при настройке пороговых значений триггеров основной целью было найти баланс между интересами инвестора и государства.

Вместе с тем, на основе мирового опыта и в целях получения стабильных доходов от нефтяного сектора для налогового режима по соглашениям о разделе продукции, вводится минимальный порог доли поступлений Республики Казахстан.

В первой модели налогового режима, для целей достижения транспарентности и ухода от практики договорного установления размеров специальных платежей недропользователей в контрактах, четко закреплены ставки роялти и других специальных платежей недропользователей.

Для первой модели налогового режима на основе лицензии вводится новый рентный налог на экспортируемую нефть. Объект обложения данного налога привязан к мировой рыночной цене на экспортируемую нефть, что, помимо увеличения налоговой нагрузки, направлено на решение проблемы трансфертного ценообразования, в частности реализации нефти на экспорт в страны с льготным налогообложением (оффшорные зоны).

В целях максимального упрощения методики исчисления специальных платежей недропользователей в новой редакции Налогового Кодекса полностью переработана методика исчисления налога на сверхприбыль. Новый механизм прост и понятен как налогоплательщику, так и контролирующим органам, что позволяет значительно упростить налоговое администрирование.

Также, для первой модели налогового режима не предусмотрены гарантии стабильности, что соответствует мировой практике, в соответствии с которой, в развитых странах лицензионная модель налогообложения также нестабильна и государства, в зависимости от сложившейся ситуации, могут оперативно менять свою налоговую политику в отношении недропользователей.

Проводимая в настоящее время Казахстаном политика на снижение налоговой нагрузки позволяет на данном этапе развития ввести общепринятые в мировой практике модели налогообложения нефтяных операций. При этом для крупных месторождений с высокой степенью риска, которые будут разрабатываться на условиях раздела продукции, положения стабильности сохраняются.

Следует отметить, что вносимые изменения в Налоговый Кодекс, путем расчетного моделирования, были применены к ранее заключенным контрактам. Проведенные расчеты показали, что, несмотря на увеличение налоговой нагрузки на недропользователей, что являлось одной из основных целей законопроекта, новые модели налогообложения сохраняют инвестиционную привлекательность Республики Казахстан.

Для малого бизнеса Налоговый кодекс предусматривает несколько видов упрощенных специальных налоговых режимов, которые применяются в зависимости от величины получаемых доходов и организационно правовой формы субъекта малого бизнеса. Специальные налоговые режимы предусматривают особый порядок уплаты корпоративного (индивидуального) подоходного налога, за исключением удержанного у источника выплаты, социального налога и в некоторых случаях НДС и местных налогов.