Принцип единства бюджетной системы означает единство бюджетного законодательства, принципов организации и функционирования бюджетной системы, форм бюджетной документации и отчетности, бюджетной классификации, санкций за нарушение бюджетного законодательства, единый порядок установления и исполнения расходных обязательств, формирования доходов и осуществления расходов бюджетов, ведения бюджетного учета и отчетности.

Принцип разграничения доходов и расходов между бюджетами разных уровней означает закрепление доходов и расходов за соответствующими бюджетами, а также определение полномочий органов государственной власти по формированию доходов, установлению и исполнению расходных обязательств. На практике достаточно сложно оптимально реализовать этот принцип. С 1 января 2005 г. его воплощение более чётко определено в Бюджетном кодексе РФ.

Принцип самостоятельности бюджетов означает право и обязанность органов государственной власти и органов местного самоуправления на соответствующем уровне бюджетной системы самостоятельно осуществлять бюджетный процесс; право органов государственной власти и органов местного самоуправления в соответствии с налоговым законодательством устанавливать налоги и сборы, подлежащие зачислению в соответствующие бюджеты; право органов государственной власти и органов местного самоуправления самостоятельно определять формы и направления расходования средств бюджетов; недопустимость изъятия дополнительных доходов, экономии по расходам бюджетов, полученных в результате эффективного исполнения бюджетов. Самостоятельность бюджетного процесса "низовых" бюджетов несколько условна, ибо органы власти муниципальных образований не могут, как правило, сформировать бюджет, не имея данных о выделенной финансовой помощи на бюджетный год.

Принцип равенства бюджетных прав субъектов Российской Федерации, муниципальных образований означает определение бюджетных полномочий органов государственной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления, установление и исполнение расходных обязательств, формирование налоговых и неналоговых доходов бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов, определение объема, форм и порядка предоставления межбюджетных трансфертов в соответствии с едиными принципами и требованиями, установленными Бюджетным кодексом РФ. Такой принцип постепенно реализуется на практике посредством механизмов бюджетного выравнивания бюджетной обеспеченности.

Принцип полноты отражения доходов и расходов бюджетов означает, что все доходы и расходы бюджетов подлежат отражению в бюджетах в обязательном порядке и в полном объеме. Все государственные и муниципальные расходы подлежат финансированию за счет бюджетных средств, аккумулированных в бюджетной системе Российской Федерации. Действие этого принципа предполагает совершенствование методов прогнозирования, планирования бюджетных доходов и расходов.

Принцип сбалансированности бюджета означает, что объем предусмотренных бюджетом расходов должен соответствовать суммарному объему доходов бюджета и поступлений из источников финансирования его дефицита. При составлении, утверждении и исполнении бюджета уполномоченные органы должны исходить из необходимости минимального размера дефицита бюджета. Такая формулировка означает зависимость расходов от доходов, что нельзя признать вполне обоснованным из-за противоречия с принципом равенства. Выравнивание бюджетной обеспеченности должно производиться по критерию расходов на душу населения, на единицу бюджетного финансирования, а не по уровню доходов.

Принцип эффективности и экономности использования бюджетных средств означает, что при составлении и исполнении бюджетов уполномоченные органы и получатели бюджетных средств должны исходить из необходимости достижения заданных результатов с использованием наименьшего объема средств или достижения наилучшего результата с использованием определенного бюджетом объема средств.

Принцип общего (совокупного) покрытия расходов означает, что все расходы бюджета должны покрываться общей суммой доходов бюджета и поступлений из источников финансирования его дефицита. Доходы бюджета и поступления из источников финансирования его дефицита не могут быть увязаны с определенными расходами бюджета, за исключением доходов целевых бюджетных фондов, средств целевых иностранных кредитов, а также в случае централизации средств из бюджетов других уровней бюджетной системы Российской Федерации.

Принцип достоверности бюджета означает надежность показателей прогноза социально-экономического развития соответствующей территории и реалистичность расчета доходов и расходов бюджета.

Принцип адресности и целевого характера бюджетных средств означает, что бюджетные средства выделяются в распоряжение конкретных получателей бюджетных средств с обозначением направления их на финансирование конкретных целей.

Принцип гласности означает обязательное опубликование в открытой печати утвержденных бюджетов и отчетов об их исполнении, обязательную открытость для общества и средств массовой информации процедур рассмотрения и принятия решений по проектам бюджетов. Секретные статьи могут утверждаться только в составе федерального бюджета.

Следует отметить, что для эффективности бюджетного процесса важное значение имеет обеспечение прозрачности в бюджетно-налоговой сфере. Это означает открытость и гласность в отношении структуры и функций государственного аппарата, целей налоговой политики, бюджетных прогнозов. На практике это предполагает доступ заинтересованных лиц к достоверной, полной, актуальной по времени информации о государственных финансовых операциях. Соблюдение этого принципа позволит реально оценивать перспективное финансовое положение государства, проводить обоснованную экономическую политику и корректно сравнивать плановые и фактические бюджетные показатели.

Кроме федерального бюджета, бюджетов субъектов федерации, местных бюджетов существуют внебюджетные фонды и, соответственно, их бюджеты - финансовые планы.

Государственный внебюджетный фонд - фонд денежных средств, образуемый вне федерального бюджета и бюджетов субъектов Российской Федерации и предназначенный для реализации конституционных прав граждан на пенсионное обеспечение, социальное страхование и обеспечение, охрану здоровья и медицинскую помощь. Правовой статус и порядок деятельности государственных внебюджетных фондов определяются федеральными законами. Государственными внебюджетными фондами Российской Федерации являются:

1) Пенсионный фонд Российской Федерации;

2) Фонд социального страхования Российской Федерации;

3) Федеральный фонд обязательного медицинского страхования.

Бюджеты государственных внебюджетных фондов утверждаются федеральными законами одновременно с принятием закона о федеральном бюджете на очередной финансовый год. Доходы государственных внебюджетных фондов формируются за счет обязательных платежей, добровольных взносов физических и юридических лиц и других доходов.

Расходование средств государственных внебюджетных фондов носит исключительно целевой характер. Исполнение бюджетов этих фондов осуществляется Федеральным казначейством Российской Федерации. Отчет об исполнении бюджета государственного внебюджетного фонда составляется органом управления соответствующего фонда и также представляет собой федеральный закон. Исполнение бюджетов контролируется органами государственного финансового контроля.