Лето 2005 – Виктору Ющенко приходится урегулировать конфликты между союзниками по «Оранжевой революции» и вмешиваться в экономические решения правительства Тимошенко. Заявленная масштабная реприватизационная кампания оборачивается отменой результатов одного крупного приватизационного конкурса (по «Криворожстали»), однако в реальности не принимает массовый характер. «Газпром» предупреждает о готовящемся резком повышении цен на газ.[27]

Осень-зима 2005 – Ющенко отправляет в отставку правительство Юлии Тимошенко. Для того, чтобы обеспечить утверждение кандидатуры Юрия Еханурова на пост премьер-министра, Ющенко приходится заключить меморандум с лидером Партии регионов Виктором Януковичем, который предусматривает также и вопросы, связанные с освобождением сторонников Януковича от уголовной ответственности. Тем временем переговоры с «Газпромом» заходят в тупик. Украина не в состоянии платить по предъявленным счетам, а Россия отказывается продолжать «субсидировать украинскую экономику». В Новый год Украина входит, не подписав контрактов на закупку российского газа. Во внешней политике – создаётся так называемое Содружество демократического выбора.[28]

Зима 2006 – Новый год начинается с международного скандала – Россия обвиняет Украину в несанкционированном отборе российского газа из транзитных газопроводов. Достигнутое в спешном порядке соглашение по газу приводит к скандалу внутри страны. Давние противники и бывшие союзники Ющенко, объединившись в Верховной раде, принимают постановление об отставке правительства. Ющенко не уступает давлению и действующий кабинет министров превращается во «временное правительство». Во внешней политике – Украина заявляет о намерении заменить Россию в роли миротворца на постсоветском пространстве.

Весна 2006 – Пропрезидентский блок партий приходит лишь третьим на парламентских выборах.[37] Начинаются переговоры о создании «оранжевой коалиции» (БЮТ – НСНУ – СПУ).

Лето 2006 – В самый последний момент СПУ переходит на сторону Партии регионов и КПУ, что приводит к созданию так называемой «антикризисной коалиции». Ющенко долго сопротивляется перед лицом неизбежного и пытается «расширить» правительственную коалицию за счёт «Нашей Украины». Всё, что ему удаётся сделать, – убедить оппонентов подписать «Универсал национального единства», который, по его мысли, заставит правительство продолжить президентскую линию во внешней и внутренней политике. Юлия Тимошенко отказывается ставить свою подпись под документом, Симоненко подписывает с оговорками.[5, с. 40]

Осень-зима 2006 – Переговоры о «расширении» правительственной коалиции завершаются провалом. Виктор Янукович делает заявления о неготовности Украины к вступлению в НАТО и (в декабре 2006) проводит в Верховной раде решение об отставке прозападного главы украинского МИДа Бориса Тарасюка, а также главы МВД Юрия Луценко. Российские руководители идут Януковичу навстречу в вопросе о цене на газ. В ситуации, когда правительство, опирающееся на большинство в Верховной раде, начало проводить свою собственную политическую линию, Ющенко принимает ряд кадровых решений, способных, по его мнению, переломить ситуацию и укрепить его позиции. В сентябре он заменяет руководителя своего Секретариата Виктором Балогой, назначает руководителем Совета национальной безопасности и обороны донецкого миллиардера Виталия Гайдука и поручает Арсению Яценюку курировать силовые ведомства.[4, с. 27]

В октябре Виктор Ющенко принимает участие в III съезде Народного союза «Наша Украина», на котором подвергает руководство партии жёсткой критике и предлагает сформировать новые руководящие органы партии. 7 декабря политсовет НСНУ партии избрал главой совета Виктора Балогу.

12 января 2007 депутаты «антикризисной коалиции» и оппозиционной фракции БЮТ смогли преодолеть вето президента на закон «О Кабинете министров» и приняли в первом чтении закон «О парламентской оппозиции». 11 января президент вернул в парламент принятый 21 декабря 2006 закон «О Кабинете министров», некоторые положения которого, по мнению Виктора Ющенко, «искажают суть и содержание Конституции Украины». Вступление в силу закона «О Кабинете министров» привело к тому, что влияние президента на действия органов исполнительной власти существенно уменьшилось.[20, с. 16]

2 апреля 2007 года, Ющенко своим указом распустил Верховную раду и назначил новые выборы на 27 мая, что привело к новому обострению затянувшегося политического кризиса. В результате длительной политической борьбы досрочные парламентские выборы были назначены на 30 сентября 2007 года.

23 августа 2008, Ющенко: «Украина нарастит военный бюджет и вступит в НАТО для защиты от России». Украина сделает все от нее зависящее, и не будет следующей жертвой в списке Кремля, подчеркивает Ющенко. Обеспокоенность украинского лидера вызвана вторжением российских войск в Грузию. «Впервые в истории Европы со времен „холодной войны“ армия вторгается на территорию суверенной страны без международных санкций», цитирует Times заявление Ющенко. Защищаться от России Киев намерен не только наращиванием собственного военного бюджета.

29 ноября 2008 единогласным решением Виктор Ющенко был избран председателем партии «Народный союз «Наша Украина» (НСНУ). К концу 2008 года по опросу ФОМ-Украина президентский рейтинг Ющенко составлял 3,3 %.

19 декабря 2008 года премьер-министр Украины Юлия Тимошенко призвала Виктора Ющенко подать в отставку.

1 января 2009, Президент Ющенко и Премьер-министр Тимошенко сделали совместное заявление относительно поставок и транзита российского газа.

13 января 2009 года с требованием импичмента Ющенко выступили Пётр Симоненко и Виктор Янукович.

14 января 2009 года премьер-министр Украины Юлия Тимошенко заявила, что переговоры с Россией по поставкам газа на Украину по цене $235 были сорваны в том числе и по вине Президента Украины Виктора Ющенко. Основной причиной срыва Тимошенко назвала попытку украинских политиков сохранить «Росукрэнерго» как теневого криминального коррупционного посредника. По версии премьера, кроме Президента Украины в сохранении Росукрэнерго заинтересованы депутаты от Партии Регионов Бойко и Лёвочкин, а также «всем известный» Дмитрий Фирташ. Переговоры, по словам премьера, были умышленно сорваны на завершающей стадии. Позже премьер заявит, что появление «Росукрэнерго» на украинском газовом рынке произошло именно под патронатом Ющенко, подчёркивая, однако, что «время его правления «чистыми руками» прошло».[28]

21 января 2009 года Премьер-министр Украины Юлия Тимошенко потребовала отчёта Президента Виктора Ющенко в парламенте по поводу злоупотреблений и коррупционных действий Нацбанка в пользу «Надра-банка» и Дмитрия Фирташа.

22 января 2009 года Тимошенко вновь вернулась к теме связи Ющенко и Фирташа, выразив возмущение тем, что президент планирует наградить Фирташа орденом «За заслуги» III степени. С её точки зрения, вручение этой награды «коррупционеру № 1» Фирташу унижает и дискредитирует государственные награды, равно как и вручение их таким людям, как Бойко и Кивалов, которое Ющенко произвёл ранее. Премьер считает, что такое унижение и цинизм демонстрируют, что президент страну и государственные награды ни во что не ставит. Позже, после этого заявления, стало известно, что Ющенко не вручил орден Фирташу, хотя он и был в предварительном списке награждаемых, который раздали журналистам.