В то время в Японии распространился не только буддизм, на эксплуататорскую верхушку раннефеодального общества оказали определенное влияние и конфуцианские идеи. Они нашли практическое воплощение на японской почве, когда Сётоку-тайси ввел в 603 году табель о рангах.[15] Введение табели о рангах преследовало цель создать более широкою социальную базу пополнения чиновничьего аппарата. Отныне чиновниками могли быть не только выходцы из влиятельных домов центрального, Кинайского районов, но и способные люди независимо от семейной группы и социального ранга.

Господство буддизма как государственной религии Японии продолжалось вплоть до 1868 г.[16] Однако в отдельные периоды истории, когда возникала угроза единству нации, роль синто возрастала. Это произошло, например, в XIII в., когда Японии угрожало монгольское нашествие. Усиление позиций синто в религиозной жизни страны началось после её объединения военным диктатором Токугавой Иэясу в 1603 г. Он положил конец длительному периоду феодальной раздробленности. Возрождение мифа о божественности и непрерывности императорской династии способствовало укреплению целостности государства. При этом считалось, что императоры перепоручали власть правителям из дома Токугава. Император – «живой бог» - царствовал, но не управлял, почитание его было связано с религиозным культом – синтоизмом, реальной же властью обладал сёгун.

В конце XVII - начале XVIII в. система военно-феодальной диктатуры исчерпала свои исторические возможности, и назрела необходимость перемен в обществе. Сторонники преобразований выступили под лозунгом восстановления законной власти императора. Синтоистские теоретики получили новый импульс для развития императорского мифа. Многие из них были приверженцами конфуцианского учения, ставшего популярным в Японии в период правления дома Токугава. Формирование догматики синто теперь происходило путём соединения синтоистской мифологии и конфуцианских этических принципов, выражавшихся в подчинении вышестоящим и сыновней почтительности. Разработкой синтоистской доктрины занималась в то время и "школа национальной науки" - ещё одно идейное направление синтоизма. Её последователи призывали к возрождению основ религии синто, изложенных в "Кодзики" и "Нихонги". Ослабление влияния императорского двора представители этой школы связывали с тлетворным влиянием иноземных учений - буддизма и конфуцианства.

В результате деятельности всех этих школ появился целый комплекс новых идей, который впоследствии получил название кокутай (буквально - "тело государства"). Основные положения нового учения кокутай можно свести к следующему: небесные боги продолжают жить во всех японцах и действовать через них. Этим определяются такие особые качества японского народа, как преданность подданных своему правителю и сыновняя почтительность. Император - живое воплощение богини Аматэрасу - почитается наравне с богами. Япония рассматривается как государство-семья, в котором император и подданные связаны родственными узами и взаимной любовью. Непрерывность императорской династии, божественный дух японского народа определяют особое назначение Японии и превосходство её над другими странами.

Однако догматика, создаваемая отдельными учёными и богословами, была ещё слабо связана с культами местных синтоистских святилищ.

После того как императорская власть была восстановлена в результате незавершённой буржуазной революции Мэйдзи (1867-1868 гг.), один из первых указов нового правительства провозгласил возврат к древнему принципу синто - принципу "единства отправления ритуала и управления государством"[17]. Произошло официальное признание императора живым богом. Правительственным указом буддизм был отделён от синто и подвергнут официальным гонениям. Все синтоистские храмы вошли в единую иерархическую систему. В зависимости от их роли в пропаганде императорского культа синтоистские святилища подразделялись на разряды: императорский, государственный, префектурный, уездный, деревенский и др. Главным святилищем стал храм Исэ, посвящённый богине Аматэрасу.

Некоторое время синто было государственной религией Японии. В 1882 г. правительство страны провозгласило свободу вероисповедания. При этом государственное синто сохранило за собой статус официального ритуала и идеологии. Учение о национальной исключительности отныне стало обязательным для преподавания во всех учебных заведениях Японии. Повсеместно был введён ритуал поклонения императору. Появился целый ряд новых официальных праздников, таких, как День вступления императора Дзимму на престол, День рождения правящего императора, День сошествия на землю божественного внука Ниниги, День памяти императора Комэй (отца правящего императора), День памяти императора Дзимму и т. д.

В начале 30-х гг. XX в., с приходом к власти в стране ультранационалистических и фашистских группировок, официальное синто способствовало укреплению агрессивной политики государства. Религиозную основу имели призывы к созданию восточноазиатской сферы совместного процветания во главе с Японией.

К примеру в период Второй мировой войны 1939-1945 гг. японская военщина объявила японцев "нацией богов" и широко использовала синто для разжигания шовинистических и милитаристских настроений и насаждало народу беспрекословное подчинение императору и всем, кто выступает от его имени. Поражение Японии в войне резко подорвало авторитет синтоизма. В декабре 1945 г. все синтоистские учреждения были отделены от государства, духовенство лишено государственного статуса, а часть синтоистской литературы была даже запрещена. 1 января 1946 г. японский император Хирохито публично отрекся от своего "божественного" происхождения.

Однако неоднократно предпринимались попытки восстановить синтоизм в статусе государственной религии. Уже в 1952 обрядность императорского двора приобрела характер официальных государственных церемоний. Не менее важным этапом укрепления позиций синтоизма стало возрождение обараи — обряда великого очищения всей японской нации. Символическое участие в обряде высшего религиозного лица государства подчёркивает единство национальной религии и императорской власти.[18]

В 1969 на основе Ассоциации синтоистских святилищ (основана в 1946) была создана Синтоистская политическая лига — организация, которая впервые после ликвидации государственного статуса синтоизма открыто поставила вопрос о своём участии в управлении государством. Начиная с 60-х гг. ХХ в. синтоизм начал постепенно восстанавливать свое влияние и несколько модернизировал свое учение. В 1966 г. правительство Японии восстановило в качестве национального праздника прежний "День основания империи" (кигэнсэцу), посвященный восшествию на престол легендарного императора Дзимму-тэнно. Демократическая общественность страны выступает против попыток определенных кругов вновь использовать синтоизм для разжигания национализма, и особенно осуждает ежегодное посещение официальными лицами государства храма Ясукуни-дзиндзя, построенного в память военных- участников Второй мировой войны, многие из которых были осуждены за совершение тяжких военных преступлений.[19]