В 1988 г. Был создан Исламский рабочий кружок в Германии, который позже в 1994 г. был переименован в Центральный совет мусульман в Германии. Совет был создан для представления немецкой общественности общей позиции ислама, а также для получения разрешений на введение мусульманского обряда умерщвления животных. Ядро Центрального совета составили как крупные турецко-исламские союзы, так и исламские центры в Гамбурге, Ахене, Мюнхене.

Согласно уставу, основная деятельность Центрального совета заключается в защите перед немецкой общественностью интересов организаций, входящих в его состав, по вопросам, касающимся ислама. Для этого совет координирует всю деятельность входящих в него организаций, а также содействует их взаимному сотрудничеству. В своей деятельности совет основывается на положениях Корана и сунны, а также на Основном Законе и нормах правовой системы Германии.

Центральный совет является объединением крупных исламских организаций, отдельные объединения или мечети не могут получить членства в совете. В настоящее время в состав совета входят 17 крупных организаций, объединяющих в свою очередь сотни общин мечетей и, соответственно, большое количество мусульман. Совет представляет интересы турецких, немецких, албанских, арабских, боснийских и персидских мусульман. Благодаря эффективной стратегии связи с широкой публикой совет получил официальное признание в германском обществе. По мнению представителей совета, он стал неотъемлемой частью немецкого общества, партнером в организации социальной, религиозной и культурной жизни мусульман Германии. Центральный совет мусульман занимается проблемами женщин-мусульманок, вопросами экологии, защитой животных, созданием исламских детских садов и религиозных классов в школах. Центральному совету присущ учет национального многообразия входящих в него организаций, широкий спектр общественно политической направленности. Деятельность Совета сосредоточена преимущественно на защите и сохранении мусульманской веры и культуры.

Исламское общество Джамаат ун-Нур - суфийская организация, объединяющая сторонников учения Бедиуззамана Саида Нурси (умершего в 1960 г.). В составе общества около 30 центров в Германии, которые развивают активную публичную деятельность, выступая за реформирование религии с целью примирения ее с наукой и с современным миром.

Исламское общество в Германии - объединение исламских центров Мюнхена, Франкфурта, Вупперталя, Штутгарта, Трира, Дармштадта, Кельна, Марбурга и Нюрнберга. Общество владеет мечетями и учебными заведениями, устраивает ежегодные встречи мусульман ФРГ. Центр в Мюнхене издает журнал "Аль-Ислам".

Европейская федерация турецких демократических союзов идеалистов - основанная в 1978 г. во Франкфурте пантюркистская организация, синтезирующая идеи ислама и турецкий национализм. Подозревается в связях с экстремистской организацией "Серые волки". В 1996 г. от нее отделилась Германская федерация турецких союзов идеалистов.

Турецко-исламский культурный союз Европы (или Турецко-исламский союз Европы) основан в 1987 г. как отделение Европейской федерации турецких демократических союзов идеалистов. Союз является более либерально-ориентированным, чем его националистический предшественник, и входит в Центральный Совет мусульман Германии.

Немецко-мусульманская лига Бонна появилась в 1989 г. в результате отделения от Немецко-мусульманской лиги Гамбурга. Лига является одним из учредителей Центрального совета мусульман в Германии, заявляет одной из своих целей диалог с христианами, поэтому ее членами могут быть и немусульмане.

Немецко-мусульманская лига Гамбурга, основанная в 1952 г. (зарегистрирована в 1954 г.), - старейшая мусульманская организация послевоенной Германии.

Общество мусульманских общественных и духовных наук объединяет мусульман различного происхождения и ставит своей целью взаимодействие с другими научными и общественными организациями, в том числе немусульманскими.

Несмотря на различия в деятельности, мусульманские организации преследуют главным образом одну цель - добиться официального признания ислама немецким государством в качестве равноправного с другими религиями субъекта государственно-конфессиональных отношений.

На территории Европы, в частности в Германии, скрываются многие исламисты. Некоторые называют себя специалистами по исламу, работают в мусульманских культурных центрах. Именно они зачастую призывают своих слушателей дистанцироваться от принявшего их общества, а не интегрироваться в него, отвергать европейскую культуру и систему ценностей, а не перенимать их привлекательные стороны. По предварительным подсчетам спецслужб, в стране находится 300 членов "ХАМАС", 900 - "Хизбаллы", 1200 - "Братьев-мусульман".

В рамках проводимой властями Германии программы "Диалог между исламом и Западом" на конференции, организованной Министерством иностранных дел Германии после терактов в Мадриде в 2004 г., обсуждались вопросы по противодействию терроризму. По информации спецслужб Германии, в стране идет подготовка терактов, которые затем совершаются в Европе и на Ближнем Востоке (от 150-200 случаев). Другими целями проведения конференции была попытка сокращения того разрыва между исламской общиной и немецким обществом, который начал образовываться после 11 сентября 2001 г., и укрепление через крупных арабских, турецких, иранских бизнесменов связей с мусульманским миром, который является огромным привлекательным рынком сбыта для товаров немецкой промышленности, одним из путей установления связей.

В Германии действует так называемая этническая модель, при которой национальная принадлежность основывается на общности исторических корней или общности судьбы, проявляющейся в единых языке, культуре и в принадлежности к единой этнической общности. По определению этот тип исключает иммигрантов с самобытной культурой и иными родовыми корнями из числа полноправных членов нации. Германия, по крайней мере, до последнего времени, была самым характерным представителем этого типа. Это проявлялось прежде всего в отказе немцев наделять гражданским статусом тех, кто не имел хотя бы одного родителя с немецким происхождением (так называемый jussanguinis - "закон крови" или "закон происхождения" определял подобного рода политику). Принятие в гражданство предполагало здесь абсолютную ассимиляцию, не допускающую никаких уступок. С недавних пор немецкое правительство начало процесс натурализации иммигрантов. Тем не менее число мусульман, получивших гражданство Германии, остается самым низким в сравнении с другими странами Западной Европы. Политика, основанная на идее "Германия - не страна иммиграции", означала полное принятие немецкой светско-христианской культуры. По различным подсчетам, численность мусульман в Германии составляет около 3,5 млн. человек из общей численности населения страны в 82 млн. Приблизительно лишь 500 тыс. мусульман являются гражданами страны.

Сложность получения гражданства объясняет довольно низкий уровень участия мигрантов в политике Германии.