В последующие два года ООН предприняла ряд безуспешных попыток собрать вместе участников конфликта. Лишь в июле 1996 г. новый Специальный представитель Генерального секретаря ООН по Западной Сахаре смог организовать встречу делегаций Марокко и Фронта ПОЛИСАРИО, которая прошла в Женеве в обстановке полной секретности. Примечательно, что, несмотря на покровительство этой международной организации, ее официальные лица не принимали участия во встрече. Круг участников ограничивался только официальными лицами обеих сторон, реально уполномоченными на принятие решений. Кроме того, с целью обеспечения климата доверия и условий для конструктивной работы данные переговоры изначально не предусматривали какого-либо обязательного перечня вопросов для обсуждения. Итоги встречи были вполне оптимистичными и намечали проведение новой встречи в том же составе в Марокко в сентябре того же года. Как и планировалось, она прошла в установленные сроки, а ее участники решили встретиться вновь спустя несколько дней. Однако на ней глава делегации Фронта поднял вопрос о независимости Западной Сахары, перечеркнув ранее согласованную повестку дня, предполагавшую обсуждение возможности предоставления Западной Сахаре автономии в рамках Королевства Марокко. В этих обстоятельствах официальный Рабат дал понять руководителям ПОЛИСАРИО, что их встреча с марокканским монархом, на которую они рассчитывали, не может состояться до тех пор, пока Фронт не осознает, что в основу любых мирных инициатив о будущем этой части пустыни Сахара должно лечь только признание суверенитета Марокко над спорной территорией.

Джеймс Бейкер попытался придать новый импульс прямым переговорам между конфликтующими сторонами, взяв эти контакты под свое покровительство. Очередная после почти годичного перерыва личная встреча членов делегаций Марокко и Фронта ПОЛИСАРИО состоялась 11–12 июня 1997 г. в Лондоне. В качестве ее организаторов выступили МИД Великобритании и лондонское представительство ООН, хотя действительным вдохновителем этой встречи был Джеймс Бейкер. Важно, что в качестве наблюдателей в ней участвовали Алжир и Мавритания. Бейкер, выступая на этих переговорах в качестве посредника от имени ООН, попросил их организаторов обеспечить полную конфиденциальность. В связи с этим встреча не имела жесткой повестки, ее ход и итоги не стали достоянием гласности в прессе. Следующий раунд прямых переговоров состоялся менее чем через две недели, 23 июня, в столице Португалии Лиссабоне.

Примечательно, что еще в конце мая 1997 г., т.е. почти за месяц до начала прямых контактов конфликтующих сторон, США, поддержав миротворческие усилия Джеймса Бейкера, достаточно твердо призвали Марокко и ПОЛИСАРИО действовать в рамках предложенной формулы. В специальном пресс-релизе постоянного представителя США в ООН Билла Ричардсона, распространенном 22 мая 1997 г., отмечалось, что миссия Бейкера может стать самой большой, но последней надеждой на решение конфликта вокруг Западной Сахары. Далее в документе говорилось, что «Марокко и ПОЛИСАРИО должны продемонстрировать необходимую гибкость и политическую волю, если они хотят, чтобы США продолжили свою поддержку МООНРЗС» в ее нынешних усилиях.

Заключительный этап прямых переговоров между Марокко и ПОЛИСАРИО прошел в американском Хьюстоне, штат Техас, 14–16 сентября 1997 г. Вероятно, выбор этого города был не случаен, если принять во внимание, что тень США почти зримо просматривалась за каждым шагом Личного посланника Генерального секретаря ООН. Не менее важно и то, что в Хьюстоне располагался один из двух головных офисов юридической фирмы «Бейкер энд Боттс», одним из соучредителей которой являлся Джеймс Бейкер. В любом случае именно в этом городе, больше известном миру в качестве столицы американской астронавтики, были оглашены договоренности, достигнутые марокканской и западносахарской сторонами под эгидой ООН.

16 сентября 1997 г., подводя итог прямым контактам между Марокко и Фронтом ПОЛИСАРИО, Джеймс Бейкер заявил, что вовлеченные в конфликт стороны пришли к соглашению, которое заложило основу для завершения спора относительно Западной Сахары, договорившись о порядке подготовки и проведения референдума, который должен определить будущее территории. Хьюстонские соглашения включили шесть основных позиций. Во-первых, Марокко и Фронт признали управление ООН спорной территорией в ходе переходного периода с целью обеспечения организации прозрачного, свободного и справедливого референдума. Соглашения включили декларацию о задачах присутствия МООНРЗС в Западной Сахаре в период между окончанием процесса идентификации лиц, имеющих право участия в плебисците, и голосованием. Во-вторых, предусматривался порядок проведения избирательной кампании, рассчитанной на три недели. В соответствии с ним обе стороны, марокканская и западносахарская, получали возможность равного доступа к СМИ и гарантии свободы выступлений и передвижения в этот период. В частности, в соглашениях указывалось на то, что право отслеживать избирательную кампанию будет дано не только международным наблюдателям, но и членам Комитета в поддержку ПОЛИСАРИО, в котором будут представлены различные группы солидарности с борьбой Фронта. В-третьих, в соответствии с Хьюстонскими соглашениями на завершение работы по идентификации участников референдума отводится еще 8–10 месяцев. Однако этот пункт должен был стать предметом другого соглашения, которое установит условия возобновления идентификационного процесса и приемлемые для сторон критерии. С одной стороны, Марокко брало на себя обязательство не выставлять обширных списков кандидатов на прохождение идентификации, а члены уже заявленных племен смогут пройти эту процедуру в индивидуальном порядке. С другой стороны, ПОЛИСАРИО пошло на признание устных показаний шейхов и старейшин племен в качестве свидетельства, достаточного для прохождения идентификации. Такая формула предполагала ограничение общей численности лиц, получавших право голоса на референдуме, примерно до 80 тыс. человек. В-четвертых, Хьюстонские соглашения содержали компромиссную договоренность о дислокации марокканских войск и бойцов Фронта. В-пятых, в документе значился пункт об освобождении военнопленных и политзаключенных. Наконец, шестым пунктом соглашений стало положение о возвращении беженцев, нашедших убежище в палаточных лагерях в алжирском Тиндуфе, на территорию Западной Сахары. Таким образом, впервые за всю историю прямых переговоров между Марокко и ПОЛИСАРИО, проводившихся под эгидой ООН, их представители попытались решить проблемы, связанные с выполнением плана урегулирования.

Достижение договоренностей, сформулированных в рамках Хьюстонских соглашений, породило надежду на успешное и скорое урегулирование ситуации в Западной Сахаре. Эту точку зрения высказали как конфликтующие стороны (Марокко и ПОЛИСАРИО), так вовлеченные в территориальный спор страны – Алжир, Мавритания и Испания. В свою очередь ООН распространила официальное заявление, в котором говорилось: «Генеральный секретарь (ООН) чрезвычайно доволен, что благодаря усилиям его Личного посланника Джеймса А.Бейкера стороны спора в Западной Сахаре достигли соглашения по вопросам, которые приостановили реализацию плана урегулирования почти на два года. Генеральный секретарь поздравляет эти стороны и выражает высокую оценку профессионализму г-на Бейкера в деле заключения соглашения по этим сложным и комплексным проблемам. Генеральный секретарь надеется, что сотрудничество сторон с ООН в выполнении достигнутых ими договоренностей позволит осуществить план урегулирования».