Много сделал для обители и управлявший ею с 1860 по 1865 год иеромонах Иосиф, постриженник Троице Сергиевой лавры. При нем в Троицком соборе по ставлен новый иконостас из розового дерева с оре ховой резьбой и позолотой, выполненный москов ским мастером Павлом Варфоломеевичем Алексее вым, возложен золотой хитон на чудотворную ико ну «Лобзание Христа Спасителя Иудою» (вклад московского купца Ивана Степановича Кулаева). С помощью жертвователей (Иван Семенович Со ловьев, граф Димитрий Николаевич Шереметьев) Иосиф произвел в обители еще множество благо украшений. Среди его дел особо стоит выделить постройку над пещерами старца схимонаха Мака рия храма во имя Рождества Иоанна Предтечи с уникальным чугунным иконостасом и с посвя щенными египетским отцам Церкви, Марии Еги петской и Киево-Печерским преподобным иконами на медных листах (пожертвование московского купца Никиты Васильевича Щенникова и его суп руги Маргариты Григорьевны).

С 1865 по 1870 год настоятелем пустыни был постриженник и бывший наместник Соловецкой обители игумен Иона, отмеченный за свои труды многими наградами (золотой наперсный крест от Высочайшего кабинета, золотой наперсный крест от Святейшего Синода, бронзовый наперсный крест на Владимирской ленте и брон зовая медаль на Андреевской ленте в память военных событий на Соловках 1853-1856 годов - отражения нашествия английской эскадры). Он ввел в пустыни строгое житийное правило Соловецкого монастыря. При нем завершена отделка собора Хри ста Спасителя, включая подвальное помещение (проект последнего выполненархитектором Николаем Ильичом Козловским, финансировал работы и делал вклады И. С. Соловьев с братья ми), между угловым корпусом гостиницы и угло вым конным двором возведен двухэтажный дом для неимущих странников, где подавалась еже дневная безвозмездная трапеза, переброшен дере вянный свайный мост через реку Воря, над колод цем старца Макария сделано устройство для подня тия воды в чашу, стоявшую под иконой Божией Матери «Живоносный источник».

В 1870 году игумен Иона, почувствовав недомо гание телесное, испросился на покой и уехал на Афон. После него в пустыни настоятельствовал (1870-1880) иеромонах Нил из Николаевского Угрешского монастыря. Он ревностно продолжал благоустроение обители, за что 8 апреля 1873 года получил наперсный крест от Святейшего Синода. Через пять лет разобрали старый храм Святой Тро ицы и заложили новый. О том времени сохранились воспоминания посетившего пустынь 29 июня 1876 го да архимандрита Николо-Угрешского монастыря Пимена: «В Петров день я служил в Берлюковской пустыни праздничную всенощную и литургию. ( .) Обитель очень благоустроена: в черте ограды везде до рожки, цветы, чистота; поют хорошо: по празднич ным и воскресным дням пение партесное, а в буд ничные - столповое. Трапеза братская и одежда до статочны. О местоположении я не распространяюсь: оно превосходное и представляет все выгоды для хо зяйства и жительства: горы, вода, леса, луга, а для монашества уединение».

Игумен Адриан - первый настоятель пустыни (1880-1902), прошедший здесь весь путь от послуш ника. Вот краткий перечень его деяний на благо оби тели, которую любил он всей душой. В 1884 году окончательно достроен одноглавый Троицкий собор с подвальными помещениями, тремя престолами и вызолоченным иконостасом (архитектор Николай Васильевич Никитин). Во время освящения главного престола (29 июня 1884 года) митрополитом Москов ским Иоанникием иеромонах Адриан был возведен во игумена. В 1891 году на пожертвования купца Павла Борисовича Пирогова расширена и украшена резным вызолоченным иконостасом Никольская часовня в Москве у Каменного моста. Наконец, вели колепная 104-метровая колокольня. Проектировал ее известный московский архитектор Александр Сте панович Каминский (верхний ярус - архитектор Ва силий Михеевич Борин). Строилась колокольня с 1895 по 1899 год на средства московских купцов Ф. Н. Самойлова и братьев А. И. и И. И. Ляпиных. 16 декабря 1897 года игумена Адриана избрали по четным членом Богородского отделения Кирилло Мефодиевского братства, а 13 января 1898 года - чле ном Миссионерского общества Святой Равноапо стольной Марии и святителя Николая чудотворца. За постоянное ревностное попечение о бедных и нуж дающихся он неоднократно награждался медалями. На ниве общественно-духовного служения стара лись следовать по стопам своего настоятеля и многие из братии. В июле 1900 года в командировку на Даль ний Восток для пастырского окормления наших войск отправился иеромонах Игнатий. Он прошел Одессу, Владивосток, Приамурье, Северную Маньчжурию, в 1901 году принимал участие в первых боевых столк новениях с японцами, исполняя обязанности духовни ка гарнизона; в декабре 1901 года после многих трудов и лишений вернулся в пустынь с благодарностью от штаба Приамурского военного округа, медалями и грамотами, а в 1905 году вновь устремился на Восток - на сей раз в читинский военный госпиталь. Иеромо нах Ювеналий удостоился двух наперсных крестов и многих медалей за неустанное попечение о церковно приходских школах. Иеромонах Арсений в 1896 году проходил пастырское служение на крейсере «Память Меркурия».

В 1902 году пустынь возглавил игумен Тимо лай. До того он долгое время подвизался в Поча евской лавре и даже состоял членом ее Духовно го Собора, совершил паломничество на Афон, по том был духовником Московской духовной акаде мии и духовником в Троице-Сергиевой лавре у приходящих богомольцев. Много потрудился он и в Берлюковской пустыни: проложил водопро вод, построил новый корпус для братии и новый Казанский храм на кладбище, в 1909 году освящен ный митрополитом Московским Владимиром, а в 1906 году широко отметил 300-летие обители. Однако близился уже срок испытаний. Выпал он на долю последнего настоятеля игумена Петра (Орлова) - постриженника и воспитанника род ной обители, человека широкой и любвеобильной души, без остатка положенной им на дело служе ния Отечеству. В 1914 году с началом первойми ровой войны отец Петр, не задумываясь, отдал все, что было веками накоплено обителью, своему на роду. Пустынь закупала и отправляла на фронт медикаменты, продовольствие, отправляла деньги Красному Кресту и Марфо-Мариинской обители сестер милосердия. Не один из насельников отправился в действующую армию: послушники - с оружием в руках защищать Родину, иеромонахи - исполнять свой пастырский долг. В архивах со хранилось несколько их писем настоятелю Петру - простых, бесхитростных и в то же время прон зительно красноречивых. Приведем два таких по слания (орфография оригиналов сохранена).

Первое, датированное 27 ноября 1915 года, - от послушника Александра Федоровича Федоро ва, мещанина из города Чухломы Костромской гу бернии, пришедшего в обитель 29 мая 1913 года: «Его Высокопреподобию отцу игумену Петру по сылаю вам свои нижайшие почтения известный вам слуга ваш Александр и еще вас, отец, поздра вляю с праздником Светлого Христова Рождества и наступающим новым годом и прошу ваших мо литв. Получил от вас отец посылочку чай, сахар и белье. Бог знает, отец, придется или нет вер нуться назад. Воля Его Святая. Хорошо у вас отец сейчас в садике, поминаю все разговоры наши, да церковное пение, да везде звон колоколов, а у нас ружейные выстрелы да пушечные. Ну да как Бог приведет. А. Ф. Ф.»