Вторую часть составлял «Новый Органон или указания для истолкования природы». Здесь излагалось учение о методе познания как «законном сочетании способностей опыта и разума» и «истинной помощи» разума в исследованиях вещей. В противоположность дедуктивной логической теории аристотелевского «Органона», Бэкон выдвигает индуктивную концепцию научного познания, в основе которой лежат опыт, эксперимент и определённая методика их анализа и обобщения. Эта часть – философско – методологический фокус всего бэконовского замысла и, вместе с тем, последний систематически разработанный раздел его «Великого Восстановления Наук».

Третья часть предполагала и не свойственную таланту Бэкона работу по изучению и систематизации различных природных фактов, свойств и явлений, естественнонаучных наблюдений и экспериментов, которые, согласно его концепции, должны были стать исходным материалом для последующего индуктивного обобщения. Он, конечно, вправе был жаловаться на случайный и несовершенный характер опытов тогдашнего естествознания, оно только вырабатывало методику точного эксперимента. Он вправе был критиковать и существовавшие литературные источники натуралистических сведений – античные и средневековые – за легковесность и скудность содержащихся в них фактов, к тому же перемешанных с фантастическими вымыслами и суевериями. Он разумно требовал, чтобы для каждого нового эксперимента давалось описание способа, которым он производился, дабы, во-первых, его можно было повторить и проверить, во-вторых, усовершенствовать его методику. Но предлагаемые им самим конкретные исследования порой страдали аналогичными недостатками.

В четвёртой части «Лестнице разума» на частных, но типичных и разнообразных примерах должен был быть продемонстрирован весь тот развёрнутый ход исследования и порядок научного открытия, методика которого изложена в «Новом Органоне». К этой части Бэкон написал лишь небольшое вступление. Только предисловие им было написано и к пятой части «Предвестию, или Предварению второй философии». Она должна была содержать предвосхищения подлинно научного объяснения явлений природы, предварительные результаты собственных наблюдений и открытий автора, ещё не проверенные надлежащим образом, строго научным методом. Что же касается последней, шестой части «Второй философии, или Действенной науки», то есть взятой в самом широком объёме системы научного знания, построенного на базе сформулированной им методологии, то Бэкон скромно признавался: дать завершающую её картину - «дело, превышающее и наши силы, и наши надежды». Это дело он оставлял всему последующему развитию человечества.

Общая структура и концепция «Великого Восстановления Наук» была связана не только с пропагандой научного знания и предчувствием зреющих в нём перемен, но и с утверждением новых целей науки, её общественного престижа и предвидением решающей роли в будущности человечества. До сих пор состояние наук, да и механических искусств (так Бэкон называет различные технические достижения), было далеко не удовлетворительное. Из двадцати пяти столетий едва ли можно выделить шесть благоприятных для их развития. Это – эпохи греческих досократиков, древних римлян и новое время. Всё остальное – сплошные провалы в знании, в лучшем случае крохоборческое движение, а то и топтание на одном месте, переживание одной и той же умозрительной философии, переписывание одного и того же из одних книг в другие. Конечно, и в отдалённых размышлениях, и в силе ума, древние показали себя достойными уважения. Но если раньше в морских плаваниях люди, определяя свой путь только по звёздам, могли обойти берега лишь Старого Света и пересечь его внутренние моря, то, прежде чем переплыть океан и открыть Новый Свет, они должны были узнать употребление компаса. Точно так же всё то, что до сих пор найдено в науках и искусствах. Добыто узкой и случайной практикой, умозрительным размышлением и простым наблюдением, ибо оно близко к непосредственным чувствам и лежит под поверхностью обычных понятий; между тем, чтобы причалить к более удалённому и сокровенному в природе, необходимо вооружить и чувства, и разум человека более совершенными орудиями. Лорд – канцлер будущей «владычицы морей» умел найти впечатляющие сравнения.

«Не должно считаться малозначащим и то, - замечает он, - что дальние плавания и странствия (кои в наши века участились) открыли и показали в природе много такого, что может подать новый свет философии. Поэтому было бы постыдным для людей, если бы границы умственного мира оставались в тесных пределах того, что было открыто древними, тогда как в наши времена неизмеримо расширились и прояснились пределы материального мира, т.е. земель, морей и звёзд». И Бэкон призывает не воздавать слишком много авторам, не отнимать прав у Времени – этого автора всех авторов и источника всякого авторитета. «Истина – дочь Времени, а не Авторитета», - бросает он свой знаменитый афоризм.

А время утверждало новую, отличную от античных и средневековых ценностей роль науки. Отныне она не может быть целью самой по себе, знанием ради знания, мудростью ради мудрости. Наукой следует заниматься и не ради забавного времяпрепровождения, не ради любви к дискуссиям, не ради того, чтобы высокомерно презирать других, не из-за корыстных интересов и не для того, прославить своё имя или упрочить своё положение. Сила науки – сокращать длинные и извилистые пути опыта. Результат науки – полезные изобретения и открытия, способствующие удовлетворению потребностей и улучшению жизни людей, повышению потенциала её энергии, умножению власти человека над природой. Только это и есть подлинная мета на ристалище знаний, и если науки до сих пор мало продвигались вперёд, то это потому, что господствовали неправильные критерии и оценки того, в чём состоят их достижения.

Кажется, Бэкон хотел одним ударом решить извечную проблему соотношения истины и пользы – что в действии наиболее полезно, то в знании наиболее истинно. Однако было бы слишком поспешно упрекать его на этом основании в утилитаризме или же прагматизме. Прагматикам он мог бы ответить примерно так же, как отвечал любителям интеллектуальной атараксии, жаловавшимся, что пребывание среди быстро сменяющихся опытов и частностей приземляет их ум, низвергает его в преисподнюю смятения и замешательства, отдаляет и отвращает от безмятежности и покоя отвлечённой мудрости. «…Мы строим в человеческом разуме образец мира таким, каков он оказывается, а не таким, как подскажет каждому его рассудок. Но это невозможно осуществить иначе как рассеканием мира и прилежнейшим его анатомированием. А те нелепые и, как бы, обезьяньи изображения мира, которые созданы в философиях вымыслом людей, мы предлагаем совсем рассеять… Итак, истина и полезность суть (в этом случае) совершенно одни и те же вещи. Сама же практика должна цениться больше как залог истины, а не из-за жизненных благ».

Итак, только истинное знание даёт людям реальное могущество и обеспечивает их способность изменять лицо мира; два человеческих стремления – к знанию и могуществу – находят здесь свою оптимальную равнодействующую. В этом состоит руководящая идея всей бэконовской философии, по меткой характеристике Б. Фаррингтона, - «философии индустриальной науки». И здесь же коренится одна из глубоких причин столь продолжительной популярности его взглядов.