В 1551г. состоялся церковный Стоглавый собор. Он регламентировал церковное искусство, правила жизни духовенства, составил список общерусских святых. Самый главный и острый вопрос, стоявший на этом соборе, был о положении православной церкви в обществе и государстве. Этот спор начался ещё в начале XV в., когда образовалось Московское государство, и получил название спора между иосифлянами и нестяжателями. Сторонники Иосифа Волоцкого утверждали, сильная церковь - могущественная в первую очередь в материальном плане, т.е. имеет богатые земли и участвует в делах государства (в частности, в преследовании еретиков). Нестяжатели, последователи Нила Соркского, считали, что независимость церкви определяется её независимостью от мирской жизни, от материальных благ, церковь не должна участвовать в государственных делах. Спору этому было уже 50 лет. В ходе Стоглавого собора было решено оставить церкви все закреплённые за ней землевладения, впредь церковь должна получать земли только по царскому указу.

Была проведена и военная реформа. Все категории служилых людей делились на служилых по отечеству (бояре и дворяне) и служилых по прибору, т.е. за деньги. В 1550г. отряды пищальников, созданные ещё при Василии III, преобразовываются в стрелецкое войско. Стрельцы получают деньги за службу и в то же время могут заниматься приусадебным хозяйством. Это было первое так называемое регулярное войско. Первоначально стрельцов было около 3 тыс. человек. Основу вооружённых сил России продолжало составлять дворянское ополчение. Для служителей по отечеству существовало соответствующее уложение по службе, которое упорядочило порядок прохождения службы бояр и дворян. Представители этих привилегированных сословий служили с 15 лет, служение передавалось по наследству. По зову царя дворянин или боярин должен явиться с боевыми холопами "конно, людно, оружно". За неявку он подвергался телесному наказанию, земли могли быть конфискованы.

Говоря о преобразованиях Избранной рады, нужно сказать, что за период реформ начался процесс складывания системы централизованного управления государством; институт власти отражает достаточно сложную сословную структуру российского общества. Функционирование Избранной рады, принятие Судебника, Земские соборы - всё это позволяло надеяться, что Российская государственность будет двигать параллельно с Европейской в формировании абсолютной монархии и прообраза представительных органов власти.

В декабре 1564г. Иван IV неожиданно уезжает в Александровскую слободу с семьёй, государственной казной, иконами, крестами, золотой и серебряной посудой, дорогой одеждой и др., оттуда отправляет две грамоты боярам и духовенству и московскому посаду, где объявил об отказе от власти из-за боярских измен, нежелании бояр и дворян принимать участие в Ливонской войне. Иван Васильевич просил выделить ему в государстве особый удел опричнину. В письмах к посаду он заявлял, что гнева не держит. Иван IV очень рисковал, собственноручно складывая с себя царские полномочия. Боярство могло согласиться на отставку, в условиях сословно-представительной монархии созвать Земский собор и на нём избрать нового правителя. Иван IV прекрасно понимал структуру сформировавшегося государства. Москва - это концентрация всей власти, москвичей нужно уважать и задабривать. Столица по тем временам являла собой мегаполис, несравнимый по количеству жителей с Европейскими крупнейшими городами. Столичные жители, толпа в конкретной пиковой ситуации сметёт всё на своём пути, сыграет решающую роль. Иван IV это очень хорошо понимал. Он, обращаясь к "посадскому мужику", чётко сознавал, что простой люд не мыслит государства без государя, а царства - без царя. Народ единодушно поддержал Ивана IV. Бояре испугались возможных катастрофических для них изменений, сами явились в Александровскую слободу и попросили царя вернуться на престол. Взамен Иван IV попросил казнить изменников по своему усмотрению.

Иван IV не только остался царём, но и воплотил в реальность свои мысли относительно разделения всей земли в государстве на земщину и опричнину. В земщине (государственных землях) сохранялась Боярская дума и приказы. Во главе Иван IV поставил татарского царевича (крещёного) Симеона Бекбулатовича. Он был венчан на царство как Великий князь Всея Руси. От его имени писались все указы. А Иван IV обращался к нему с челобитными, называя себя его холопом Ивашкой. В опричнину царь отобрал 20 лучших городов с уездами и земли с развитым феодальным землевладением, пограничные с Литовским княжеством, отобранные у местных помещиков и розданные верным слугам царя. Иван IV также включил в опричнину черносошные (не владельческие) земли Поморья, которые, несмотря на суровый климат, давали большие доходы государству, исправно платили налоги. У черносошных крестьян Поморья сохранился многовековой уклад (менталитет) русского человека, не присущий больше никому, т.к. Орда не коснулась этих земель, и труд остаётся для них единственным средством выживания.

Опричное войско состояло сначала из 1 тыс. человек, затем из 3 тыс. Войны надевали чёрные монашеские одежды (символ преданности, закреплённой клятвой царю), собачьи головы и мётлы (выгрызать и выметать крамолу). Утверждалось, что опричное войско будет участвовать в Ливонской войне, однако оно не имело отношения к внешней политике. Опричники установили невиданный террор внутри страны. Начались 7 лет репрессий. В 1565г. было казнено 5 человек из высшей аристократии, среди них был старый боярин Фёдоров. В 1568г. митрополит Филипп в Успенском соборе публично обвинил царя в жестокости, выступил против опричнины. Филипп был низложен, отправлен в монастырь, где любимец царя Малюта Скуратов митрополита задушил.

1569-1570гг. можно назвать апофеозом опричнины. Поводом для похода Ивана Грозного в Великий Новгород стал ложный донос о том, что новгородцы хотят перейти к Литве и вместо Ивана IV посадить на престол Владимира Старицкого (героя взятия Казани). Этот донос был совершенно абсурден, но послужил поводом репрессий Ивана Грозного. Он заставил семью Старицкого выпить яд. Но это ещё не самое страшное.

Иван IV организовал поход на Новгород. По пути совершались погромы в Твери, Торжке, погибло множество жителей, вырезались целые улицы. Январь 1570г. стал самым кровавым в истории Новгорода. По оценкам историка Скрынникова погибло около 4 тыс. человек, Кобрин называет другую цифру - 15 тыс. Река Волхов выходила из берегов от количества трупов в ней. В начале февраля Иван Грозный с опричным войском покинул город, увозя с собой бесконечные повозки с награбленным. Опричное войско побывало также в Ивангороде и Нарве. 15 июня 1570г. состоялась казнь более 100 человек, среди которых были опричники, в том числе и Иван Висковатый. Опричнина окончилась внезапно. Это время ознаменовалось репрессиями против самих опричников.

Каковы же итоги опричнины? Экономический кризис, массовые переселения людей из опричнины в земщину (на это нужны были приличные деньги) - ведение хозяйства стало очень сложным. Сословная монархия фактически прекратила своё существование. Из 43 членов Боярской думы 19 казнено. Дворянские историки Карамзин и Татищев утверждают, что опричнина - это система политических мер, направленных на укрепление государства и борьбу с заговорами своевольных бояр. Буржуазные историки Соловьёв, Ключевский, Платонов говорили о бессмысленности репрессий полубезумного, охваченного манией преследования царя. Опричнина, выводя крамолу, вводила анархию; оберегая государя, колебала основы государства. "Опричнина, направленная на уничтожение воображаемой крамолы, подготавливала действительную."