Будучи самоуправляющимися организациями, все российские общие биржи в порядке надзора были подчинены Министерству торговли и промышленности – его отделу торговли, фондовый же отдел Петербургской биржи был подчинен Министерству финансов по Особенной канцелярии по кредитной части, причем последняя являлась почти полным хозяином на петербургском фондовом рынке.

Такое разделение было вызвано различной ролью этих двух типов биржи в экономической жизни. Фондовый отдел в известной степени походил на западноевропейскую фондовую биржу в её германском варианте. Его деятельность наиболее непосредственно влияла на структурную перестройку крупного капиталистического производства применительно к условиям, когда в мировом хозяйстве усиленно шел процесс создания монополий, захвативший и Россию; рост финансового капитала, различных промышленных синдикатов, концернов и т. д. И правительство стремилось держать все происходящее там под своим контролем.

Основанием для этого было то, что фондовый отдел являлся сосредоточием оборота с облигациями государственных займов, и финансовое ведомство ставило своей задачей обеспечить здесь интересы государства. Так, действительными членами отдела могли быть только русские подданные. Избранные общим собранием биржи члены совета отдела из числа действительных его членов утверждались в должности министром финансов. Он же по представлению совета отдела назначал фондовых маклеров и утверждал правила о порядке заключения биржевых сделок. Представители Министерства финансов участвовали в деловом обороте – в сделках с фондами и валютой за счет Государственного банка или Государственного казначейства. В то же время фондовым маклерам было запрещено совершать сделки в отделе за собственный счет.

В порядке надзора два представителя Министерства финансов присутствовали с правом голоса в котировальной комиссии (комиссии, выводившей биржевые цены на фондовые бумаги и валюту на данный день торга) при составлении бюллетеня и в совете отдела при обсуждении вопроса о допущении бумаг к котировке в фондовом отделе. Эти меры должны были препятствовать попыткам недобросовестно воздействовать на котировку, то есть контролировать и ограничивать биржевую спекуляцию ценными бумагами и валютой. Тем самым российская фондовая биржа как посредническая организация утрачивала способность быть самым точным измерительным инструментом для ценности бумаг, находящихся в обращении. Империализм с его монополиями, проникая в Россию, с первых шагов и в самой важной сфере принимал форму слияния интересов чиновничества и крупнейшей буржуазии, "союза биржи с правительством". В то же время возрастание роли крупнейших банков также влияло на деятельность биржи, порождало явления монополизма. Установление монопольных цен на фондовые бумаги снижало роль биржевой спекуляции в процессах мобилизации и концентрации капиталов, в вовлечении в них среднего и мелкого производства. Для России это было особенно неблагоприятно, так как именно эти предприятия, находившиеся на более ранних стадиях капиталистического развития и даже на стадии "предкапитализации" (например, многочисленные мануфактуры, промыслы), составляли численное большинство.

Чиновничье-бюрократический контроль правительства над фондовым отделом Петербургской биржи благоприятствовал корпоративным интересам определенных правительственных и деловых кругов, усиливал неравномерность капитализации общественных отношений в стране и в то же время не мог являться действенным инструментом борьбы со спекулятивными аферами

Подобная противоречивость наблюдалась и в развитии товарно-сырьевых бирж, которые ещё и в начале XX в. переживали первый этап своего развития. Об этом, в частности, свидетельствовала уже упомянутая неудачная попытка правительства составить проект нормального биржевого устава. Большинство товарно-сырьевых бирж брало за образец уставы Петербургской (общей) биржи, утвержденные ещё в 1831 и 1832 годах. Определенное понимание роли и места товарных бирж в экономической структуре страны так и не было выработано вплоть до начала первой мировой войны. И это являлось одним из основных показателей как недостаточности капитализма в стране, несмотря на уже появившиеся могущественные монопольные структуры, так и слабости товарной биржи как необходимого инструмента формирования рыночной экономики. Органы местного самоуправления смотрели на биржи весьма узко. С их точки зрения, создание бирж должно было лишь содействовать упорядочению и регулированию местной торговли, доставляя купцам и промышленникам необходимые сведения.

В итоге всех регламентаций биржи утвердилась следующая организационная схема бирж в России. Руководящие органы включали биржевое общество (члены и посетители биржи), биржевую администрацию, биржевой маклериат, третейские суды (или арбитраж), котировальные, экспертные и другие комиссии.

Биржевое общество было высшим руководящим органом данного института. Его работа строилась на демократических принципах, важнейшие вопросы решались только коллегиально. Право присутствия на бирже определялось особым билетом и оплачивалось соответствующим сбором по общему правилу. Приобретение этих прав было связано с владением торговой фирмой, рекомендациями определенного числа членов биржи и наличием свободных мест. Как правило, прием новых членов производился биржевой администрацией.

Её главной фигурой являлся биржевой комитет. В его задачи входили: осуществление дисциплинарного надзора за членами биржи и её посетителями, а также официальными маклерами; определение времени проведения биржевых собраний, прием новых членов и допуск посетителей; установление и изменение правил биржевой торговли; руководство биржевым персоналом и её канцелярией; руководство выборами и общими собраниями биржевого общества; составление курсовых бюллетеней; назначение официальных маклеров; организация третейского суда; подготовка заключений по запросам правительства и возбуждение ходатайств перед ним. На формирование биржевого комитета существенно влиял организационно-экономический статус биржи (корпоративный или государственный).

Биржевое законодательство, как правило. Включало ряд положений, касающихся маклеров. Под присягой они принимали на себя определенные обязанности: соблюдение интересов сторон без предпочтения какой-либо одной из них, ограничение своей деятельности лишь маклерством, присутствие на бирже в определенные часы и т. д. Причем нарушение этих обязанностей влекло за собой дисциплинарную ответственность.

Стремление автономно регулировать внутренние конфликты реализовывалось в институте третейских судов. Споры, возникавшие из-за сделок, заключаемых на бирже, рассматривались биржевым третейским судом, за исключением случаев, когда их рассмотрение общим судом не оговаривалось в специальном соглашении. Третейские суды могли рассматривать и иные разногласия по сделкам, выходящим за пределы биржи, но лишь при наличии взаимного согласия спорящих сторон. Состав и порядок выборов третейских судов устанавливали учредители биржи.