Весь роман воспоминаний звучит как бы на одной чеховской ноте: «Мисюсь, Где ты?» В то же время здесь и то, что уже свойственно одному Набокову, что станет центральной темой его творчества. Эта тема сформулирована в мыслях Ганина: «… он был богом, воссоздающим погибший мир». Для героев Набокова этот «погибший» мир – прошлая, исчезнувшая Россия.

Прошлое невозможно вернуть в романах Набокова, потому что оно связано не только со временем, но и с пространством – утрачено само место, где проходила теперь недостижимо прекрасная жизнь. Но вместе с мотивом потери в «Машеньке» появляется мотив надежды на вторичное обретение, возможное возвращение прошлого счастья. Этот мотив развивается затем на протяжении всего романа и становится в нем основным. Надежда на возможное осуществление несбыточной мечты создает необычайное напряжение в малособытийном сюжете романа. Машенька жива, осязаема, присылает телеграммы, существует не только в воображении. Она должна появиться из небытия.

На протяжении романа автор постоянно поддерживает веру в читателе в то, что новое соединение Ганина с Машенькой вполне осуществимо. С каждой главой она возрастает, доходит до кульминационного пика. И в тот момент, когда мечта должна воплотиться в реальность, вдруг оказывается, что счастье невозможно, что прошлое не возвращается – и герой отказывается от своей мечты. «Сложный пасьянс» жизни, о котором задумывается Ганин, может выйти второй раз только в воображении.

Тема воспоминаний о прошлом связана в романе не только с Ганиным, но и с Подтягиным, и с Кларой. Подтягин в прошлом был известным русским поэтом, Клара мечтала о другой судьбе. «Странно вообще вспоминать, ну хотя бы то, что несколько часов назад случилось, ежедневную – и все-таки не ежедневную мелочь», - размышляет Ганин, а с ним вместе и автор. Роман построен на столкновении двух возможностей существования: воспоминания о жизни или сама жизнь. Что истиннее, что важнее?

Можно говорить о первом романе Набокова как о произведении подлинно романтическом, где основным сюжетным мотивом является мотив ухода от действительности в мир потусторонний, застывший и не могущей осуществиться мечты. «И куда все это делось, - где теперь это счастье и солнце…» - эти слова Ганина можно поставить эпиграфом ко всему роману.

Композиционно роман строиться с помощью развертывания двух параллельных повествований, иногда пересекающихся между собой: о прошлом и о настоящем. Эти две линии повествования прямо противопоставлены друг другу. В первой – сероватый дым, волны тумана, дымный закат, «желтый поток вечерней зари» - почти блоковские романтические образы. Во второй – прозаические, раздражающие мелочи быта: грязноватый пансион, неопрятные жильцы, тягостный роман Ганина с Людмилой, женщиной, внешность которой раздражает своей непривлекательной неестественностью: крашеные рыжие волосы, неуместные замечания, резкие жесты. Для контраста не один раз упоминается темные гладкие волосы Машеньки, ее прелестный бант, непосредственность поведения.

В настоящем все грустно, неуютно, тревожно. Настоящее неприятно Ганину, вызывает у него недоумение и краску стыда. Все, что связано с прошлым, связано с Россией, любовью, Машенькой. Жизнь в прошлом становится для Ганина «бессмертной действительностью». Повествование о ней – повествование романтическое, окрашенное необычайным лиризмом. Повествование же о сегодняшнем существовании Ганина – реалистически точное изображение неприглядной действительности, где действуют тени «его изгнаннического сна» и с едким сарказмом подмечается всякое неестественная подробность: от громадной ложки «в увядшей руке Лидии Николаевны, которая грустно разливает суп», до резких духов Людмилы. Непреодолимость реальности олицетворяет Алферов, такой пошло-безобидный и такой неприятный. «Чужой город, проходивший перед ним, только движущийся снимок», - думает Ганин, и даже Подтягин «кажется ему случайной и ненужной тенью». Автор оценивает прошлую жизнь вместе с Ганиным как «совершенную», вернее, она доведена до совершенства в мечтах героя. Параллель между мечтой и реальностью превращается в параллель между прошлой Россией, такой поэтичной, теплой, возвышенной, как юность, напоминающей Машеньку в лодке, срывающую кувшинку, - и России нынешней, униженной, разместившейся в убогих берлинских отелях. Лицо этой России теперь Алферов и несчастная Клара, двойник Машеньки. Прошлая жизнь Ганина – более напряженная, трепетная и более «истинная», чем его жизнь в настоящем. Повествование о ней пронизано возвышенно-романтическим пафосом. «Было странно и жутковато нестись в это пустом, тряском вагоне между сырых потоков дыма, и странные мысли приходили в голову, словно все это уже было когда-то, - так вот лежал, подперев руками затылок, в сквозной, грохочущей тьме, и так вот мимо окон, шумно и широко, проплывал дымный закат».

Поезд, в котором Ганин встречает Машеньку в России, плавно переходит в поезд, который проходит под его окнами в Берлине. Поезд как символ не останавливающейся жизни, в том или ином изображении, постоянно упоминается на страницах романа. Изображение «черных поездов» насыщенно особой метафоричностью, использованием возвышенной лексики, способствующей романтическому восприятию происходящего: «Гремели черные поезда, потрясая окна дома, волнуемые горы дыма, движением призрачных плеч сбрасывающих ношу, поднимались с размаха, скрывая ночной засиневшее небо, гладким металлическим пожаром горели крыши под луной, и гулкая черная тень пробуждалась под железным мостом, когда по нему гремел черный поезд, продольно сквозя частоколом света. Рокочущий гул, широкий дым проходили, казалось, насквозь через дом, дрожавший между бездной, где поблескивали проведенные лунным ногтем рельсы, и той городской улицей, которую низко переступал плоский мост, ожидающий снова очередной гром вагона, дом был как призрак, сквозь который можно просунуть руку, пошевелить пальцами».

И наконец в финале Ганин идет встречать поезд, на котором приезжает из России Машенька. Об этом поезде все время говорит неумный Алферов, по стечению обстоятельств как раз и опаздывающий на него. Что значит эти постоянные напоминания? Что нужно знать свой жизненный поезд, свое направление и не слишком задерживаться на станциях, а уж тем более не поворачивать назад?

Символ поезда становиться понятен лишь в конце романа. Это символ жизни, который нельзя обратить в прошлое, прожить в прошлом. «… Кроме этого образа, другой Машеньки нет и быть не может», - понял Ганин. Проживая в своем воображении прошлое, Ганин постепенно начинает освобождаться от грез. Уже у постели умирающего Подтягина он понимает, что жизнь прекрасна сама по себе и требует от человека не только мечтаний. Картина угасания Подтягина запечатлевается в мельчайших подробностях отстраненным, почти равнодушным взглядом Ганина. Смерть становиться не так страшна и не важна. Главное – запечатление жизни в ее мгновенности, главное – творчество. «Он подумал о том, что все-таки Подтягин кое-что оставил, хотя бы два бледных стихотворения… Жизнь на мгновение представилась ему во всей волнующей красе ее отчаяния и счастья…»