Дебаты о необходимости и круге обязанностей органов ВЧК, их роли и места в государственной системе управления, протесты против особого положения, ужасы развёрнутого в сентябре 1918 года красного террора, жестокости подавления крестьянских волнений и ненависть населения к карательным отрядам подтолкнули власти к реорганизации чекистской службы. 20 января 1919 года президиум ВЦИК принял решение об упразднении уездных ЧК, определил сроки и порядок передачи дел в губернские чрезвычайные комиссии, на которые возлагалась борьба с внутренней контрреволюцией. Внешне всё выглядело как процесс совершенствования органов ВЧК. На самом деле главную причину недовольства ВЦИК видел не в самих службах ЧК, а в агитации контрреволюционных элементов и вынужденно пошёл на некоторую реорганизации, внешнюю подкраску. В письме ВЦИК всем губернским ЧК было сказано, что «Упразднены вывески, но оставлено самое важное – агентура, которая будет информировать губчека, для принятия должных мер к ликвидации контрреволюционных сил». Пояснялось, что в каждом уезде оставалось до пяти чекистов для ведения наблюдательной работы. В их распоряжение предоставлялись денежные суммы на оперативные надобности. Остальные сотрудники уездных ЧК либо переводились в губернские чрезвычайные комиссии, либо им предлагалась работа в другом месте. Предполагалось таким образом улучшить качественный состав. Главное внимание чекисты должны были сосредоточить на работе наблюдательной, агентурной, позволяющей действовать не по факту преступления, а проводить профилактическую работу. Проведённая реорганизация органов ВЧК, централизация аппарата в губернских городах, устранение малопроверенных и недостаточно опытных людей в целом сыграли позитивную роль. К концу февраля 1919 года реорганизация была в основном завершена. По специальному разрешению ВЧК уездные чрезвычайные комиссии сохранялись на один-два месяца в уездах, охваченных волнениями. Устанавливался месячный срок для расследования дел. Право вынесения приговоров передавалось реорганизованным революционным трибуналам, получившим также право проверки следственных действий чрезвычайных комиссий. Органы ВЧК могли применять внесудебные меры пресечения только в местностях, где было объявлено чрезвычайное положение.

С началом государственного оформления системы диктатуры пролетариата большевики и их лидер быстро отошли от прежних представлений о лёгкости подавления возможного сопротивления. Государству понадобилась специальная служба безопасности. Не имея программы будущего устройства страны, лишившись политических союзников, управляя в условиях острейшего кризиса и начала гражданской войны, советское правительство взяло за основу силовые методы в экономической, политической, социальной сферах.

С начала 1919 года превалирующие влияние на чрезвычайные комиссии стали оказывать не Советы депутатов, а комитеты коммунистической партии, взявшие органы ВЧК под неослабный политический контроль.

В этот же период даёт первые ростки практика привлечения органов госбезопасности для решения сугубо внутрипартийных вопросов. Бюро Великолукского укома РКП(б) поручило уездному политбюро (низовая ячейка структуры органов ВЧК с февраля 1920 года) расследовать проступки нескольких коммунистов негласными методами и результаты сообщить парткому; Пока такие сулчаи были редки, со второй же половины 20-х годов практика вмешательства органов безопасности в партийные дела по инициативе вышестоящих партийных комитетов, не имевшая ничего общего с декларируемыми нормами партийной жизни, стала обычной в ВКП(б).

Реорганизация чрезвычайных комиссий на транспорте привела к формированию районных транспортных ЧК (РТЧК), вместо ранее существовавших окружных транспортных ЧК. При каждой станции, имевшей депо, создавались участковые транспортные ЧК (УТЧК). В ведение ВЧК перешла охрана государственной границы РСФСР. 24 ноября 1920 года Совет Труда и Обороны возложил эти функции на ВЧК и её особый отдел. Формировалась система особых пограничных отделений охраны границы и пограничных пропускных пунктов на границе с Финляндией, Эстонией и Латвией.

Руководящие круги РКП(б) приняли попытку многократно увеличить резерв секретных сотрудников органов ВЧК за счёт всех членов коммунистической партии. Ленинские слова: «хороший коммунист в то же время и хороший чекист», сказанные в апреле 1920 года на IX партийном съезде, привели к появлению директив, обязывающих коммунистов и партячейки сообщать о всяком подозрительном деянии наших врагов в органы госбезопасности.

Политика «военного коммунизма» вызвала открытое неприятие мелкобуржуазных слоёв. Отрицательную реакцию повлекло за собой и упорное нежелание правящей партии объективно оценить те конструктивные предложения, которые мелкобуржуазные партии пытались обсудить в Советах и направляли в органы исполнительной власти. Только усиление контроля со стороны спецслужб за настроениями и действиями демократической оппозиции даже в малой степени не могли решить назревавших проблем.

4. переход к НЭПу и деятельность в новых условиях

К концу 1920 года на большей территории страны завершилась длительная и кровавая гражданская война. Предстояли поиски выхода из общего кризиса поразившего экономическую, общественную, политическую, социальную сферу общества. Громадными были людские потери. Резко сократился объём промышленного и сельскохозяйственного производства, в тяжелейшем положении находился транспорт, свирепствовала инфляция. Промедление в выработке и реализации новой политики было чревато гибелью для большевистского режима. Это понимал его лидер, способный резко менять курс в зависимости от обстановки. О подготовке первых шагов в изменении политики «военного коммунизма» В.И. Ленин доложил делегатам Всероссийского съезда Советов в декабре 1920 года. Пленум ЦК РКП(б) в январе 1921 года создал комиссию по подготовке решения о замене продразвёрстки продовольственным налогом. 28 февраля на пленуме Моссовета Ленин объявил о предстоящих изменениях. Состоявшийся 8-16 марта 1921 года X съезд РКП(б) принял новую экономическую политику.

18 марта 1921 года было подавленно Кронштадтское восстание. По приговорам Петроградской ЧК, особого отдела охраны финляндской границы республики, чрезвычайной тройки особого отдела Кронштадта, трибунала военного округа были осуждены к расстрелу 2103 человека и к длительным срокам заключения 6459 человек. Менее заметные участники подлежали высылке в административном порядке.

Несмотря на поражение политическая оппозиция предпринимала попытки продолжить агитационную работу. К концу лета 1921 года силовые структуры государства с трудом, ценой больших жертв, смогли подавить массовые вооруженные выступления в Центре, на Северо-Западе и в Сибири, более спокойной стала обстановка и в других регионах страны, но правящая верхушка не забыла страха перед «мелкобуржуазной стихией».

8 января 1921 года ВЧК издала приказ «О карательной политике органов ЧК», которым отвергала как устарелые методы работы, сложившиеся в годы гражданской войны, распорядилась пересмотреть дела осуждённых и подследственных рабочих и крестьян, поставила задачу создать действенную информационную службу и выдвинуть её на первый план в оперативной работе. Приказ ВЧК был обсуждён и принят к исполнению губернскими чрезвычайными комиссиями.