Первые месяцы деятельности для ВЧК были достаточно напряжёнными в оперативном плане. За первые послеоктябрьские месяцы ВРК, Советы, ВЧК нанесли ряд основательных ударов по буржуазным, помещичьим, монархическим и иным антиреволюционным силам. Одной из причин была малочисленность штатов ЧК, даже после переезда в Москву. М.Я Ляпис вспоминал, что в это время аппарат насчитывал всего 40 сотрудников, включая шоферов и курьеров. В губерниях подразделений ВЧК ещё не существовало вообще.

Противобольшевистские силы объединились под лозунгом «Вся власть Учредительному собранию!». 22 ноября 1917г. правые эсеры, народные социалисты, кадеты и меньшевики создали «Союз защиты Учредительного собрания» и попытались 28 ноября провести демонстрацию у Таврического дворца. Вечером того же дня состоялось заседание СНК, на котором демонстрацию бездоказательно связали с вооружёнными выступлениями генералов Л.Г. Корнилова и А.М. Каледина на Дону и полковника А.И. Дутова на Урале, заявили, что ЦК партии кадетов стал «политическим штабом всех контрреволюционных сил страны» и что «прямая гражданская война открыта по инициативе и под руководством кадетской партии». На основе этих голословных обвинений был подписан декрет «Об аресте вождей гражданской войны против революции». Кадетская партия была охарактеризована как партия «врагов народа», руководители которой подлежали аресту и суду ревтрибунала, а рядовые члены должны были состоять под надзором местных Советов.

Итак всего через месяц после революции вместо борьбы идей большевики взяли на вооружение силовые методы подавления политического противника. Репрессии подлежали все члены политической партии не за конкретные и доказанные преступления, а только за сам факт членства в данной партии, за то что имели другие взгляды и мнения. В дальнейшем такая практика стала обыденной: рядовые члены партий, оппозиционных РКП(б) должны были нести всю полноту ответственности за действия или намерения своих лидеров.

21 февраля 1918 года вышел декрет СНК «Социалистическое Отечество в опасности!» ВЧК и её органы получили право внесудебного расследования дел за контрреволюционные, должностные и некоторые общеуголовные преступления, вплоть до расстрела на месте преступления.

В феврале 1918г. на помощь антиреволюционным силам внутри страны пришли на помощь внешние силы. Войска Германии начали наступление. В Ленинском воззвании «Социалистическое отечество в опасности!» была изложена программа борьбы с нашествием, оно серьёзно расширила прерогативы ВЧК, среди прочих пунктов стоит отметить пункт 8 воззвания, по нему ВЧК получало право расстреливать на месте неприятельских агентов, контрреволюционных агитаторов, спекулянтов и уголовных преступников.

В марте 1918 года правительство переехало в Москву. 10 марта Совет комиссаров Петроградской трудовой коммуны, образованной в день отъезда правительства, организовал отделы, в том числе отдел по борьбе с контрреволюцией. 13 марта Петросовет утвердил М.С. Урицкого председателем Петроградской ЧК, спустя несколько дней он же стал комиссаром по внутренним делам ПТК. В конце апреля 1918 года на базе ПТК был создан Союз коммун Северной области (СКСО), в который вошли северо-западные и северные губернии. Постановлением ЦК РКП(б) от 16 сентября 1918 года был утверждён особый статус Петрогроградской ЧК. С начала марта 1918 года в губерниях и уездах Северо-Запада создаётся аппарат защиты революции.

2. Территориальное углубление вчк

Решающий толчок к повсеместной организации чекистских аппаратов дала I Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий, работавшая в Москве 11-14 июня 1918 года. Её делегаты приняли постановление об организации во всех губерниях, на узловых железнодорожных станциях, в портах и пограничной полосе «стройной сети» чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией. Со дня образования ЧК все иные губернские и уездные органы, ведшие дела подобного рода, упразднялись, а все дела о совершённых государственных преступлениях передавались исключительно в введение чрезвычайных комиссий. Конференция подчеркнула, что деятельность чекистских служб должна строится на основе строгого соблюдения принципов централизма и подчинения нижестоящих подразделений вышестоящим, чьи приказы являлись обязательному и подлежали безусловному исполнению. Местные ЧК подчинялись ВЧК и были подотчётны местному Совету и его исполкому. На конференции определялись права и задачи местных и уездных ЧК, примерная структура и функции основных отделов.

За основу принималась структура ВЧК, утверждённая конференцией и рекомендованная местным ЧК. Образовывались три ведущих отдела: по борьбе с контрреволюцией, по борьбе со спекуляцией и оперативная часть. Причём первый состоял из трёх отделений. Первое занималось работой в войсках; второе – наблюдало за видными деятелями царского режима, духовенством, различными кружками и обществами, не имевшими открытого политического характера; треть – осуществляло наблюдение за партийными организациями.

В дальнейшем структура отделов и отделений неоднократно менялась, однако все изменения не посягали на главное: компетенцию контролировать политическую и экономическую обстановку, настроения всех слоёв населения и принимать оперативные меры против малейших попыток изменить советскую систему управления. В губерниях и уездах развернулся процесс формирования ЧК.

В сентябре того же года коллегия ВЧК приняла «Положение о губернских и уездных ЧК», определившие функции, организационную структуру и штаты местных чрезвычайных комиссий. В октябре «Положение ВЦИК о Всероссийской и местной чрезвычайных комиссиях» законодательно утвердило их задачи и подчинённость. Согласно рекомендациям ВЧК, в губернских ЧК было организованно четыре ведущих отдела: отдел по борьбе с контрреволюцией, отдел по борьбе со спекуляцией, серьёзное внимание уделялось отделу по борьбе с должностными преступлениями, работу уездных ЧК направлял иногородний отдел. Кроме того в ЧК СКСО и Псковской губчека действовали пограничные отделы. В качестве вспомогательных подразделений функционировали комендатура, информационный стол и канцелярия.

В уездных ЧК были организованы два отдела: по борьбе с контрреволюцией и преступлениями по должности. по борьбе со спекуляцией. В прифронтовых уездах имелись пограничные отделы. Следственные работники специализировались по отделам. Подобная структура губернских и уездных чекистских органов просуществовала до начала 1919 года.

Начиналось формирование достаточно крупных чекистских вооружённых отрядов для участия в операциях и охраны объектов, они положили начало войскам госбезопасности.

Подбор председателей губернских чрезвычайных комиссий был прерогативой губкомов РКП(б), они выполняли требование ЦК и СНК и направляли на эти должности только проверенных комунистов, способных проводить политическую линию партии на ответственном участке. Подбор руководителей отделов и оперативных сотрудников осуществляли губернские и уездные комитеты РКП(б) и исполкомы Советов. По постановлению СНК от 14 ноября 1918 года при призывах на действительную военную службу работники ЧК зачислялись на неё, но подлежали откомандированию для исполнения прежних обязанностей.