В период правления Михаила Федоровича фактически власть находилась в руках его отца-патриарха Филарета. И это способствовало усилению влияния церкви. Как отмечал П.Н.Милюков, в этот период патриаршая власть освободилась из-под влияния государственной и даже сама приобрела на нее решительное влияние. Во внутреннем управлении церковь сделалась в буквальном смысле государством в государстве, так как получила устройство, скопированное с общегосударственных учреждений. Церковное управление, суд, финансы, придворный обиход самого патриарха — все это находилось со времен Филарета в заведовании различных приказов, устроенных по образцу государственных. На восстановление и укрепление государственности Московского царства направлены были усилия приемника царя Михаила — Алексея Михайловича (1645-1676). В период правления Алексея Михайловича Россия существенно продвинулась на пути строительства правового государства. В 1649 году на Земском соборе было принято Соборное уложение, представлявшее собой основы законодательства России.

Соборное уложение 1649 года утверждало принцип централи званного государства с авторитарной властью царя. Царь в управлении обществом опирался на дворянство. Там, где сохранялись выборные должности, они подчинялись представителям царской власти — воеводам. Лишь в «черных» землях, то есть у черносошных крестьян-общинников продолжала действовать относительно самостоятельно выборные органы. Уложение несколько ограничивало корпоративные интересы церкви. Та собственность, которой владела церковь, за ней сохранялась, но вновь приобретать вотчины церкви категорически запрещалось. Управление делами церкви переходило в руки светского органа монастырского приказа. Приказная система управления получила повсеместное распространение.

Крупнейшим историческим событием правления Алексея Михайловича является воссоединение Украины с Россией. Земли Украины входили еще в Древнерусское государство. В XIII в. значительную часть Украины завоевали татаро-монголы. Другая ее часть была захвачена литовскими феодалами. Потом Литва вступила в союз с Польшей, образовалось Польско-Литовское государство. Украина оказалась под его гнетом. Украинскому народу навязывались чуждые обычаи и религия.

В XVI, и в первой половине XVII века на Украине вспыхивают восстания против польских помещиков и чиновников. Крупной силой, боровшейся с панской Польшей на Украине, было днепровское казачество, у которого была на Днепре за порогами своя организация — Запорожская Сечь. Здесь скрывались от крепостной неволи, от помещичьего и панского гнета, от угнетения царских и королевских чиновников беглецы из украинских, белорусских и русских земель.

В середине XVII века на Украине запылало пламя огромной народной войны против панской Польши. Руководил войной Богдан Хмельницкий. Война началась весной 1648 г. Русский народ сочувствовал борьбе украинцев против панской Польши. Отряды донских казаков, русских крестьян, горожан участвовали в этой борьбе. Русское правительство помогало восставшей Украине продовольствием и оружием. Хмельницкий обратился к царю Алексею Михайловичу с просьбой принять Украину в состав Русского государства. В Москве согласились на предложение Хмельницкого и отправили на Украину посольство с боярином Бутурлиным. В городе Переяславле собрали общую раду (совет) для решения этого важного дела. Переяславская рада 1654 г. единодушно постановила: Украине воссоединиться с Россией, «чтобы навеки все едино были». Польша пыталась отвоевать Украину, но ее попытки кончились неудачей.

XVII в. — время больших народных движений. Восстание под предводительством донского казака Степана Разина было одним из самых значительных.

Восстание началось на Дону, куда стекалось крестьянство — беглецы от крепостной неволи. Были на Дону и зажиточные, «домовитые» казаки, но основную массу составляли представители казацкой бедноты — «голытьба». Ее вождем стал Степан Разин. Началом восстания стал поход голытьбы по Волге в 1667 г. Разницы нападали на царские и купеческие караваны, расправлялись с царскими слугами, а трудовых людей принимали в свои отряды. В Каспийском море были захвачены караваны богатых персидских судов, что подняло престиж Разина. В мае 1670 г. разинские отряды взяли Царицын, Астрахань, Саратов, Самару. Царские воеводы были убиты или изгнаны из этих городов. В отряды к Разину стекались не только русские крепостные крестьяне, но и народы Поволжья — мордва, чуваши, марийцы, которых сильно притесняли царские власти. Восставшим крестьянам казалось, что главная их цель — уничтожить своего, местного боярина, помещика, но главным врагом крестьян был весь крепостной строй в целом с главным помещиком — царем — во главе. Но крестьяне думали, что вместо враждебного им помещичьего царя можно посадить «хорошего» для крестьянства, доброго царя.

Ярко вспыхнув в одном месте, крестьянское восстание тут же и потухало. У восставших не было единого плана действий, они были плохо обучены военному делу, слабо вооружены.

Царское правительство двинуло на Разина огромные военные силы и самых опытных воевод. Восставшие героически сопротивлялись, но восстание было подавлено. Богатые казаки выдали Разина властям, и в 1671 г. он был казнен.

Усиливающиеся социальные катаклизмы показывали, что общественная система в России нуждается в глубоком реформировании. Однако такое реформирование должно было начаться в духовной сфере, так как Россия продолжала оставаться глубоко религиозным обществом. В середине XVII века в Русской православной церкви началась реформа культовой системы. Замысел реформы состоял в устранении различий в богослужебной практике между Русской церковью и остальными православными церквами, введение единообразия церковной службы по всей России.

Внешняя подоплека этой реформы состояла в следующем: в Киеве открылась духовная школа, в которой можно было научиться древним языкам и грамматике. Несколько питомцев этой школы были допущены к изданию богослужебных книг на Московском печатном дворе — единственной тогда государственной типографии. Сличая по своим служебным обязанностям рукописные и печатные тексты издаваемых книг, они кашли, что печатные издания неудовлетворительны, а рукописные полны разночтений. Единственным средством установить правильный и однообразный текст — было обратиться к греческим оригиналам. Выписали греков и греческие оригиналы, стали сличать и, помимо ошибок перевода и описок переписчика, заметили в русских книгах оригинальные русские вставки, соответствовавшие национально-обрядовым особенностям. Вставки эти предстояло выбросить из исправленного текста.

Избранный на должность патриарх Никон лично отправился в патриаршую библиотеку и, насколько умел, сличил там книги московской печати с древними греческими рукописями и убедился в существовании разногласий. Он созвал Поместный собор. И на этом соборе в богослужебные книги и богослужебную практику были внесены необходимые изменения. Эти изменения для православного вероучения и культа были несущественны, так как они не затрагивали основ православия, его догматики и таинств, а касались некоторых грамматических и культовых новшеств. Вместо «Исус» стали писать «Иисус», вместо «певцы» — «песнопевцы» и т.д. Двуперстное крестное знамение было заменено на трехперстное, наряду с восьмиконечным крестом был признан четырехконечный и т.д. Земные поклоны заменены поясными, изменено направление движения во время службы («посолонь»), т.е. движение по ходу Солнца, на движение против Солнца и т.д.