С середины XVI века из Боярской Думы выделилась так называемая «Ближняя дума», а при Иване Грозном — «Избранная рада» (1547-1560 гг.), состоявшая из узкого круга приближенных царя, таких, как священник Благовещенского собора в Кремле Сильвестр, царский постельничий А.Адашев и другие, решавших экстренные и тайные вопросы. Кроме думских дьяков в чиновный аппарат Иван Грозный ввел думских дворян. Решения «Избранной рады» шли от имени царя и проводились в жизнь думскими чинами, среди которых все больше было его любимцев и родственников.

Однако с годами Боярская Дума постепенно становится консервативным органом, который противится начинаниям государя. Иван Грозный оттесняет, ее от законодательной и исполнительной власти. Значение Боярской Думы ненадолго возрастет после его смерти, но к концу XVII в. она перестанет отвечать насущным потребностям управления государством и будет отменена.

В период складывания единого российского государства шел процесс формирования центральных органов исполнительной власти. Уже в начале XVI века в структуре государственного управления важное место занимают приказы. Во главе приказа обычно стоял боярин. Непосредственно исполнительную деятельность проводили дьяки и подьячие, вербовавшиеся из среды служилого дворянства. Приказы — это органы отраслевого управления. Они создавались по разным поводам, выполняли многие функции, иногда носили временный характер. Всеми финансами государства ведала казна. Но в определенное время приказ казны занимается также курированием южного направления внешней политики. Казенный приказ ведал общегосударственными учреждениями; земский — осуществлял полицейские функции; ямской (почтовый) — отвечал за бесперебойные связи Москвы с внутренними районами страны; разбойный — занимался разбором уголовных дел; разрядный — ведал комплектованием армии, он же заведовал постройкой крепостей и пограничными городами; поместный — заведовал государственными землями и т.д.

Существовало множество мелких приказов (конюшенный, аптекарский и т.п.) и целая сеть финансовых приказов.

Развитие артиллерии в период Ливонской войны привело к образованию пушкарского приказа, который ведал производством пушек, снарядов и пороха.

После взятия Казани и Астрахани был организован приказ Казанского дворца — ведомство территориального управления. Еще в конце XV в. возникла Оружейная палата — арсенал русского государства. Более четверти века заведовал ею талантливый дипломат и тонкий знаток искусства Б.И.Хитрово.

Именно на приказы Иван Грозный и его правительство возложили обязанности проведения в жизнь крупных преобразований в середине XVI в. Окончательное оформление приказов как учреждений произошло в конце XVI в., когда для каждого из них были установлены определенный штат, бюджет и на территории Кремля построены специальные здания.

К середине XVII века общее число приказов достигло 53 со штатом 3,5 тысячи человек. При крупных приказах создавались специальные школы для подготовки квалифицированных кадров государственных чиновников. Однако довольно рано проявились основные недостатки приказной системы управления: отсутствие четкой регламентации и распределения обязанностей между отдельными учреждениями; волокита, казнокрадство, коррупция и т.п.

В административном отношении основная территория Русского государства делилась на уезды, а уезд — на волости и станы.

Уездами назывались административные округа, состоявшие из городов с приписанными к нему землями. Между волостью и станом не было существенного различия: стан та же сельская волость, но обычно непосредственно подведомственная городской администрации. Новгородская земля вместо уездов делилась на пятины, а пятины — на погосты Псковская же земля подразделялась на губы. Новгородские погосты и псковские губы примерно соответствовали московским волостям.

Общее управление на местах было сосредоточено у наместников и волостелей. Наместники управляли городами и подгородными станами; волостель управлял волостями. Власть наместников и волостелей распространялась на различные стороны местной жизни: они являлись судьями/правителями, сборщиками доходов князей, за исключением доходов сугубо дворцового происхождения и дани; сверх того, наместники были военными начальниками города и уезда. Наместниками великого князя являлись бояре, а волостелями — служилые люди, как правило, из среды детей боярских. И те, и другие по старому обычаю содержались, или, как тогда говорили «кормились», за счет населения. Первоначально «кормления» (то есть поборы в пользу наместников и волостелей) ничем не ограничивались. Позднее в целях централизации местного управления и увеличения доходов государства были установлены нормы «кормления», а также определены точные размеры судебных и торговых пошлин, собираемых наместниками и волостелями в свою пользу.

Все делопроизводство в местном управлении, как и центральном, было сосредоточено в руках дьяков и подьячих, которых также содержало местное население.

Кроме общего управления, осуществляемого наместниками и волостелями, на местах существовала еще система дворцового, вотчинного управления, ведавшего Княжескими землями и дворцами. А также выполнением таких общеобязательных дворцовых повинностей (»княжьего дела»), как обязательное участие местного населения в уборке, молотьбе и перевозке княжеского хлеба, кормление княжеского коня и кошение для него сена, строительство княжеского двора, мельницы, участие в княжеской охоте и т.д.

На рубеже XV-ХVI вв. в городах появились так называемые городские приказчики — своего рода военные коменданты, назначаемые великим князем из числа местных дворян. Городские приказчики ведали строительством и ремонтом городских укреплений, дорог и мостов, обеспечением перевозок военного провианта, производством пороха, хранением боеприпасов, оружия и продовольствия для войска. В задачу городовых приказчиков входило также проведение уездного сбора городского и крестьянского ополчений.

Для создания единообразной системы управления и суда на всей территории государства в 1497 г. был издан Судебник — первый свод действующих законов, нечто среднее между уголовным кодексом и конституцией. Общая тенденция к централизации страны и государственного аппарата повлекли за собой издание нового Судебника 1550 г. В Судебнике 1550 г. впервые в России закон был провозглашен единственным источником права. Он ликвидировал судебные привилегии удельных князей и усилил роль государственных судебных органов. В Судебнике впервые было введено наказание за взяточничество. Население страны обязывалось нести тяглу — комплекс натуральных и денежных повинностей. Московский рубль стал основной платежной единицей в государстве. Устанавливался порядок подачи жалоб на наместников, что обеспечивало контроль над ними со стороны поместного дворянства. Право сбора торговых пошлин переходило в руки государства. Проводилась коренная реформа управления.

В 1555-1556 гг. ликвидировалась система кормлений. Всем волостям и городам было предоставлено право переходить к новому порядку самоуправления, по которому волости и города должны были вносить в государеву казну особый оброк — «кормный откуп». Власть наместников полностью заменялась властью выборных земских органов. Последние возглавлялись губными и земскими старостами, которые занимались разбором уголовных дел, раскладкой податей, ведали городским хозяйством, разверсткой земли, то есть основными нуждами посадских и уездных людей. Черносошные крестьяне, посадские, служилые люди, словом «земщина» выбирали «целовальников» — присяжных заседателей, целовавших крест, давая присягу на честный суд.