Эти события стали пробой сил двух военных домов и имели далеко идущие политические последствия. Воинов, которые до этого выполняли лишь роль стражи, привлекли к решению важнейшего политического вопроса – занятия трона. После этого они уже не могли удовлетворяться своей прежней ролью и стали важными действующими лицами при императорском дворе.

В результате вооруженного столкновения и поражения своих сторонников экс-император Сутоку потерял возможность оказывать значительное влияние на императорский двор. Установилось временное единоличное правление императора, чему способствовало и ослабление дома регентов Фудзивара в ходе этих событий. Уже в день сражения был издан императорский указ о назначении Фудзивара Тадамичи главой этого рода, хотя по обычаю члены рода Фудзивара самостоятельно выбирали своего главу, а только потом эта кандидатура подтверждалась императорским указом. По сути, этот указ был вмешательством во внутренние дела дома Фудзивара. Тадамичи некоторое время не принимал назначения, но вскоре был вынужден это сделать, так как появился императорский указ о конфискации земель Фудзивара Тададзанэ и Ёринага за исключением владений главы рода.

Поскольку Тадамичи срочно стал во главе рода и наследовал владения дома регентов, император конфисковал только владения Ёринага. Таким образом дому Фудзивара удалось свести до минимума ущерб от конфискации, но авторитету дома регентов был нанесен ощутимый удар. Тайра, одержавшие победу над Минамото, добились того, что все ведущие члены соперничавшего дома, за исключением Ёситомо, были изгнаны из столицы.

Воины, участвовавшие в боевых действиях, не были достаточно вознаграждены, максимальной наградой явилось пожалование Тайра Киёмори должности губернатора провинции Харима (вдобавок к уже имевшейся должности губернатора провинции Аки), чуть позже – наместника на Кюсю, а Минамото Еситомо, будучи губернатором провинции Симоса, был назначен всего лишь главой левого конюшенного ведомства. В целом Тайра, лишившись 14 вотчин, потеряли больше земель, чем приобрели. Тем не менее, их возвышение было несомненно.

Победитель – император Госиракава, взошедший на престол только благодаря поддержке Тоба и одолевший своих соперников при дворе лишь с помощью вооруженной силы, для укрепления своей власти был вынужден лично управлять страной, что отвечало интересам и унаследованных им от Тоба чиновников и воинов, положение которых гарантировалось только личностью самого Госиракава. Император поспешил провозгласить свой политический курс и объявить, что власть находится лично у него.

Через 3 месяца после военных действий были оглашены новые законоположения императорского двора, не составлявшиеся около двух с половиной столетий. Они состояли из 7 пунктов. В законоположениях выражалось порицание того, что многие не соблюдают соответствующих юридических правил для установления их прав на землю и либо получают освобождение от налогов от провинциальных органов, либо утверждают, что имеют наследственные документы о налоговом освобождении. Критерием законности вновь созданных сёэн становится разрешение самого императора.

Также была введена новая практика. Прежде сёэн могли учреждаться только императорским указом, а теперь документы канцелярии экс-императоров приобретали такую же юридическую силу. Ранее эта канцелярия была домашним органом монастырского правления, и ее документы касались только вопросов, имевших отношение к экс-императору – монаху и его земельным владениям. Теперь она стала таким же важным государственным органом, как и государственный совет, выпускавший императорские указы. Издавая новые законоположения, Госиракава предвидел возможность самому начать монастырское правление, и хотел иметь право учреждение сёэн, что полностью подтвердилось в последствии.

Принятые законоположения способствовали территориальному формированию как сёэн, так и участков государственной земли, ликвидируя обширные территории, находившиеся в двойной юрисдикции, за право владения которыми шла ожесточенная борьба между провинциальной администрацией и владельцами вотчин. Остальные пункты законоположений были посвящены контролю над храмами и деятельностью зависимых от них людей: запрещались насильственные незаконные действия по превращению государственных податных крестьян в зависимых людей храмов, от перечисленных в указе многочисленных храмов требовалось предоставление реестров их земель. Таким образом, названные законоположения были направлены на усиление контроля над сёэн и их жителями (зависимыми людьми храма). Это было связано с тем, что в войне на стороне экс-императора участвовали воины из сёэн, а также вооруженные монахи, которые охраняли императорские владения.

Реальным воплощением провозглашенной политики стало учреждение ведомства регистрации вотчинных документов, куда предоставлялись все, связанные с сёэн документы и доклады государственных чиновников об обследовании вотчин. Новой функцией этого органа стало рассмотрение судебных исков по поводу собственности в отношении сёэн.

Как стремление к единоличному правлению императора следует рассматривать и другое мероприятие властей – начало восстановления в 1157 году сгоревшего императорского дворца. Инициатором многих из мероприятий, восстанавливавших облик древнего государства, являлся Фудзивара Мичинори (Синдзэй).

Стремившийся к единоличному правлению император Госиракава в 1158 году уступил трон своему сыну Морихито, который стал императором Нидзё, а сам начал монастырское правление. Система Инсэй с параллельным существованием императора и экс-императоров была чревата разногласием и соперничеством между правителем и экс-правителями. Не была исключением и эта ситуация. Госиракава не хотел терять реальную власть, но Нидзё имел поддержку еще живой и влиятельной в политических делах супруги экс-императора Тоба, получившей в наследство большое количество сёэн императорского дома. Сложившаяся ситуация объективно усугублялась противостоянием придворных группировок. Во главе одной стоял Синдзэй. В окружении экс-императора сложилась враждебная ему группа во главе с Фудзивара Нобуёри, род которого давно уже служил экс-императорам Сиракава и Тоба. По существу, сложилось противостояние группировок: Синдзэй – Киёмори и Нобуёри – Ёситомо.

Коалиция Нобуёри – Ёситомо решила прибегнуть к военной силе тогда, когда союзник Синдзэя – Тайра Киёмори отправился в паломничество в храм Кумано, и Синдзэй остался в Киото без основной части вооруженной силы своей группировки. Нобуёри и Ёситомо с несколькими сотнями воинов атаковали дворец экс-императора с целью убить Синдзэя. Тот, узнав об этом заговоре, заранее успел скрыться в горах, но вскоре был обнаружен и покончил жизнь самоубийством. Опьяненные победой победители отправили в ссылку сыновей и внуков Синдзэя, поместили под стражу императора и экс-императора, стали раздавать награды только своим сторонникам, чем полностью потеряли поддержку двора. Киёмори, узнавший об этих событиях по дороге в храм, вернулся в Киото, но Нобуёри не принял мер предосторожности, не оценив реальной силы воинов. Притворно выразив свое подчинение Нобуёри, Киёмори связался с недовольным окружением императора и помог императору бежать из дворца. Император издал указ о преследовании мятежников. 27 декабря 1159 года произошло сражение войск Минамото Ёситомо и Тайра Киёмори. Сначала войска Тайра атаковали Минамото, но потом вынуждены были отступить. Затем уже Минамото атаковал отряды Рокухара, но был разбит и бежал в восточные провинции. Нобуёри был схвачен и убит. Бежавший на восток Ёситомо был убит своими вассалами, были убиты его взрослые сыновья, а малолетнего Ёритомо сослали в провинцию Идзу, и он остался единственным представителем основной ветви дома Минамото. Эти события известны, как «мятеж годов Хэйдзи» (Хэйдзи но ран). Такие столкновения создали опасный прецедент ареста императора и экс-императора, ссылки последнего. Это было столкновение воинов запада и востока. Поскольку сражения происходили в Киото, то географически выигрывал Тайра, так как районы пополнения его войск были близки, а воины Минамото Ёситомо были из дальних владений. К тому же, Киёмори был главой самой влиятельной ветви Тайра, которая отличалась внутренней сплоченностью, в то время как лидеры Минамото сражались за интересы разных сторон. Однако, обстоятельства, приведшие к победе Тайра, носили временный характер, так как объективно Минамото, а не Тайра отражали сословные интересы воинов, поэтому дружины самураев в последствии с началом крупнейшей войны 1180 года легко поменяли сюзерена.