Вновь с адмиралом Литке Айвазовский отправился в плавание несколько лет спустя, в 1845 году, но уже в южные моря к берегам Турции, Малой Азии, к островам Греческого архипелага. Экспедиция посетила Смирну, Синоп, развалины Трои. Плавание оставило незабываемое впечатления. Они легли на благоприятную почву. Двадцативосьмилетний художник с вполне определившейся склонностью к изображению не столько повседневных явлений жизни и состояний природы, сколько выходящих за пределы обыденного, заключающих в себе нечто необычное, возвышенное, нашел в природе Востока и архитектуре южных и восточных городов особенно привлекательные для себя мотивы. Молодого мариниста привлекла красота Мраморного моря с его недвижной поверхностью, необычным цветом воды, отчего оно и получило свое название. Его поразила причудливая красота Константинополя, бухты Золотой Рог. Развалины древней Трои будили воображение, погружали мысли в бездны истории. Греческие острова, словно уснувшие корабли, каждый со своей неповторимой формой и цветом, недвижно лежали в водах Средиземного моря. Изрезанная линия берегов со множеством бухт, невысокие горы, покрытые зеленью, вызывали в памяти и воображении древние мифы и не столь уж далекую историю борьбы греческих патриотов за свободу своей земли.

Во время плавания Айвазовский не брался за кисти, но не выпускал из рук карандаша, заполняя рисунками сотни альбомных листов. Остров Родос с высокими береговыми башнями, берега Крита и Хиоса, земли Леванта, очертания Константинополя, множество других рисунков прибрежных городов, легких парусников на воде и, наконец, рисунков облаков, составляющих фантастические небесные видения, - все эти художественные трофеи, привезенные домой, имели самостоятельную художественную ценность. Но они же ложились в основу картин, которые писались по возвращении, а затем и на протяжении многих последующих лет.

В плавании художник вновь наблюдал повседневную корабельную жизнь, тщательно изучал особенности конструкций парусных судов.

Не только в мирных и безмятежных морских экспедициях приходилось Айвазовскому принимать участие. Когда в 1839 году в Крыму представилась возможность вместе с пятнадцатью судами под управлением контр-адмирала Корнилова быть участником военных маневров у берегов Кавказа, Айвазовский с юношеским нетерпением ждал отплытия кораблей из Феодосийской бухты. «Вот уже пароходы и флот стоят перед моими глазами для принятия войск, послезавтра надеюсь увидеть то, чего не видел и может быть никогда в жизни моей не увижу». Благодаря участию в этом походе он познакомился и сблизился с великими русскими флотоводцами М. П. Лазаревым, В. А. Корниловым, П. С. Нахимовым. Дружба с ними продолжалась десятки лет. О многих из их подвигов он рассказывал в своих картинах.

Айвазовский наравне с солдатами принял участие в деле при Субаши, высадившись в рядах атакующих на берег. «Все мое вооружение состояло из пистолета и портфеля с бумагою и рисовальными принадлежностями», - вспоминал художник. Корабли «Колхида» и «Силистрия», на которых плавал Айвазовский, прославились через несколько лет во время Крымской войны.

Став художником Главного Морского штаба, Айвазовский получил первый официальный заказ – исполнить виды Кронштадта, Ревеля, Петербурга со стороны моря, крепостей Свеаборг и Гангут.

Художник и раньше с увлечением писал виды приморских городов. Его альбомы полны топографически точных и художественно выразительных зарисовок всех многочисленных портовых городов, где ему приходилось бывать. Эти рисунки служили затем той памятной книжкой, которой пользовался художник при работе над большими холстами. Подобные заказы на исполнение видов приморских городов и российских портов Айвазовский получал неоднократно. В серию таких картин входили и виды Севастополя, Одессы, Николаева, Керчи.

С особым удовольствие он писал Севастопольский рейд с красавцами кораблями, торжественно входящими в бухту. Их четкие легкие силуэты, красивый ажурный рисунок мачт воспроизведены в картине с абсолютной точностью, что вовсе не делает картину скучным чертежом. Изображая Одессу со стороны моря, художник написал ее освещенной лунным светом, и картина наполнилась поэтическим настроением. Так, казалось бы, сухой официальный заказ под рукой мастера преобразился в художественное произведение.

Когда же Айвазовский начал писать серию картин из истории великих морских сражений российского флота, начиная с баталий Петра, то фантазия художника, мастерство живописца соединились с совершенным знанием истории сражений и с точностью воспроизведения на холсте всех особенностей корабельной оснастки и «поведения» кораблей во время боя. С высоким художественным мастерством и чутьем Айвазовский реконструировал морские баталии XVIII века: Гангутское сражение, знаменитый бой в Хиосском проливе и сражение при Чесме, состоявшееся в июне 1770 года. Победа при Чесме – одна из самых славных страниц истории российского флота времен русско-турецкой войны 1768-1774 годов. Турецкий флот, запертый русскими кораблями в Чесменской бухте при неравном соотношении сил, был полностью разбит. Адмирал Г. А. Спиридрнов доносил: « Флот остановили, разбили, разломали, сожгли, на небо пустили, потопили, в пепел пустили».

Воссоздание в полотнах стихии сражения, когда рвутся ядра, соединяются воедино день и ночь, кажется, горят не только корабли, но вода и небо, вызывало в самом художнике накал чувств. Интерес к изображению событий, выходящих за пределы обыденного, состояние природы во время бурь и штормов – это проявление романтического восприятия мира, природы.

Среди морских баталий есть у Айвазовского картина, решенная для этого жанра совершенно необычно. Бриг «Меркурий» после победы над двумя турецкими судами встречается с русской эскадрой. Художник воспроизвел события русско-турецкой войны 1828-1829 годов. Он изобразил не сам бой, а момент, когда израненный, с пробитыми парусами, не сдавшийся российский корабль, вынудивший неприятельские корабли отступить, идет навстречу русской эскадре. В таком решении батального эпизода передана высокая поэзия непоказного героизма и воинского мужества.

Прямая причастность Айвазовского к судьбам российского флота особенно ярко проявилась во время крымской войны. Но по долгу службы, но по зову сердца художник несколько раз ездил в сражающийся, а затем и осажденный город. Славную победу русского флота над турецким запечатлел Айвазовский в картине Севастопольский бой. Несколько недель он прожил в Севастополе, собирая необходимый материал для картины, и сделал два ее варианта.

Он не только наблюдал и делал заметки в альбомах, чтобы на их основе создать картины, прославляющие героизм защитников Севастополя. Написал картины о «севастопольской страде», он привез их в осажденный город и открыл выставку, которая много способствовала поднятию духа солдат, сражающихся на бастионах. Один из защитников Севастополя, мичман Иванов, писал родным из осажденного города: «Сегодня второй день, как Айвазовский открыл выставку своих картин… перед этими картинами постоянно куча народа, в особенности из офицеров. Первая картина представляет начало Синопского сражения. Картина чрезвычайно верно сделана, - это сказал Нахимов, герой Синопа». Молодой офицер, писавший это письмо, погиб, защищая Севастополь.