Среди всех произведений художника наиболее широкой известностью пользуется картина "Утро в сосновом лесу". Замысел ее подсказал Шишкину К. А. Савицкий, но не исключена возможность, что толчком к появлению этого полотна послужил пейзаж 1888 года "Туман в сосновом лесу", написанный, по всей вероятности, как и "Бурелом", после поездки в вологодские леса. Видимо, "Туман в сосновом лесу", с успехом экспонировавшийся на передвижной выставке в Москве (ныне в частном собрании в Чехо-Словакии) породил у Шишкина и Савицкого обоюдное желание написать сходный по мотиву пейзаж с включением в него своеобразной жанровой сценки с резвящимися медведями. Ведь лейтмотивом прославленной картины 1889 года как раз и является туман в сосновом лесу. Судя по описанию оказавшегося в Чехо-Словакии пейзажа, задний план его с участком густого леса напоминает дальний вид исполненного маслом эскиза картины "Утро в сосновом лесу", принадлежащего Государственной Третьяковской галерее. И это лишний раз подтверждает возможность взаимосвязи обеих картин. Видимо, по эскизу Шишкина (то есть так, как они были задуманы пейзажистом), Савицкий и написал медведей в самой картине. Эти медведи с некоторыми различиями в позах и в количестве (сначала их бы ло два) фигурируют во всех подготовительных набросках и эскизах Шишкина. А их было немало. В одном только Государственном Русском музее хранятся семь карандашных эскизов-вариантов. Медведи получились у Савицкого столь удачно, что он даже расписался вместе с Шишкиным на картине. Однако приобретший ее П. М. Третьяков снял подпись, решив утвердить за этой картиной только авторство Шишкина. Ведь в ней "начиная от замысла и кончая исполнением, все говорит о манере живописи, о творческом методе, свойственных именно Шишкину".

Занимательный жанровый мотив, введенный в картину, во многом способствовал ее популярности, но истинной ценностью произведения явилось прекрасно выраженное состояние природы. Это не просто глухой сосновый лес, а именно утро в лесу с его еще не рассеявшимся туманом, с легко порозовевшими вершинами громадных сосен, холодными тенями в чащах. Чувствуется глубина оврага, глушь. Присутствие медвежьего семейства, расположившегося на краю этого оврага, порождает у зрителя ощущение отдаленности и глухости дикого леса.

На рубеже восьмидесятых - девяностых годов Шишкин обратился к сравнительно редкой для него теме зимнего оцепенения природы и написал большую картину "Зима" (1890), поставив в ней трудную задачу передачи чуть заметных рефлексов и почти монохромной живописи. Все сковано морозом и погружено в тень. Только в глубине луч солнца осветил полянку, слегка окрасив ее в розоватый тон. От этого снег, толстым слоем лежащий на земле, на ветвях сосен кажется еще голубее. Лишь темнеющие на его фоне мощные стволы огромных деревьев да птица на ветке привносят ощущение жизни.

И в девяностые годы, в трудный для Товарищества передвижных художественных выставок период, отмеченный кризисными явлениями в творчестве многих художников старшего поколения и возникающими в среде передвижников разногласиями, грозящими распадом всей организации, Шишкин оставался с теми, кто сохранял верность демократическим идеалам шестидесятых годов. Последователь Крамского, убежденный сторонник просветительской, идейно-художественной программы передвижников, активно участвовавший своим творчеством в ее претворении в жизнь, он в 1896 году с гордостью писал: "Приятно вспомнить то время, когда мы, как новички, прокладывали первые робкие шаги для передвижной выставки. И вот из этих робких, но твердо намеченных шагов выработался целый путь и славный путь, путь, которым смело можно гордиться. Идея, организация, смысл, цель и стремления Товарищества создали ему почетное место, если только не главное, в среде русского искусства.

В преддверии XX века, когда возникают различные течения и направления, идут поиски новых художественных стилей, форм и приемов, Шишкин продолжает уверенно следовать по своему раз избранному пути, создавая жизненно правдивые, содержательные и типические образы русской природы. Достойным завершением его цельного и самобытного творчества стала картина "Корабельная роща" (1898) - полотно, классическое по полноте и многогранности художественного образа, совершенству композиции.

В основу этого пейзажа легли натурные этюды, выполненные Шишкиным в родных прикамских лесах, где он нашел свой идеал - синтез гармонии и величия. Но в произведении воплощено и то глубочайшее знание русской природы, которое было накоплено мастером за почти полувековую творческую жизнь. Эскиз-вариант, хранящийся в Государственном Русском музее, имеет авторскую надпись: "Корабельная Афонасовская роща близ Елабуги". То, что художник, создавая картину, основывался на живых, конкретных впечатлениях, сообщает ей особую убедительность.

Причем достоверность образа сочетается здесь с широким обобщением и типизацией.

В центре выделены освещенные солнцем мощные стволы вековых сосен. Густые кроны бросают на них тень. Вдали - пронизанное теплым светом, словно манящее к себе пространство бора. Срезая рамой верхушки деревьев (прием, часто встречающийся у Шишкина), он усиливает впечатление огромности деревьев, которым словно не хватает места на полотне. Великолепные стройные сосны даны во всей своей пластической красоте. Их чешуйчатая кора написана с использованием многих цветов. Шишкин был и оставался до конца непревзойденным знатоком дерева, художником, не имевшим соперников в изображении хвойного леса.

Как всегда неторопливо рассказывает он о жизни этого леса в погожий летний день. Изумрудная трава и сероватая зелень молочая спускаются к мелкому, бегущему по камням и песку ручью. Переброшенная через него изгородь говорит о близком присутствии человека. Две вспорхнувшие желтые бабочки над водой, зеленоватые отражения в ней, чуть голубоватые рефлексы от неба, скользящие лиловатые тени на стволах привносят трепетную радость бытия, не нарушая при этом впечатления разлитого в природе покоя. Прекрасно написана поляна справа с побуревшей от солнца травой, сухой почвой и насыщенной по цвету молодой порослью. Разнообразные, выявляющие форму и фактуру мазки подчеркивают мягкость травы, пушистость хвои, крепость стволов. Богато нюансирован цвет. Во всем чувствуются отточенное мастерство, уверенная рука художника.

Картина "Корабельная роща" (самая крупная по размерам в творчестве Шишкина) - как бы последний, завершающий образ в созданной им эпопее, символизирующей богатырскую русскую силу. Осуществление такого монументального замысла, как это произведение, свидетельствует, что шестидесятишестилетний художник находился в полном расцвете творческих сил, но на этом его путь в искусстве оборвался. 8 (20) марта 1898 года он скончался в своей мастерской за мольбертом, на котором стояла новая, только что начатая картина "Лесное царство".

Вместе с группой коренных передвижников - учредителей и руководителей Товарищества - Шишкин прошел большой и славный путь. Но в изобразительном искусстве конца XIX столетия наблюдалась уже иная, чем прежде, расстановка художественных сил. В творчестве молодых живописцев росло стремление к новым средствам художественной выразительности, усиливались поиски иных образных решений. Тогда-то в среде некоторых старших художников стала обнаруживаться явная нетерпимость к тем представителям нового поколения, которые пытались отойти от устоявшихся традиций передвижников. В этом отходе отдельные старшие передвижники усматривали не естественное для молодых стремление к поиску новых решений, к непрерывному движению вперед, а отступление от славных завоеваний предыдущего поколения в его нелегкой борьбе с отживающим академизмом. В прошлом сами новаторы, они теперь не признавали новаторства талантливой молодежи. А ведь восприятие художниками старшего поколения творчества молодых - тот оселок, на котором выявляется понимание путей развития искусства.