Регистраторы ведут реестры владельцев именных ценных бумаг. Они открывают лицевые счета владельцам, номинальным держателям. Номинальными держателями могут быть базовые депозитарии, ЦРД и на первом этапе кастодиальные депозитарии.

Базовые депозитарии являются основой депозитарной системы. Базовые депозитарии ведут счета депо владельцев и междепозитарные счета кастодиальных депозитариев. Базовые депозитарии открывают междепозитарные счета в ЦРД и счета номинального держателя у регистраторов. Базовые депозитарии могут выполнять функции расчетного депозитария, осуществляя депозитарные операции на основании поручений, полученных от торговых и клиринговых систем. Базовые депозитарии могут открывать междепозитарные счета иностранным депозитариям и кастодианам и при необходимости открывать соответствующие счета у них. В отдельных случаях с целью ускорения расчетов базовые депозитарии могут открывать друг другу междепозитарные счета. Базовые депозитарии обеспечивают исполнение внутридепозитарных и междепозитарных переводов на условиях гарантий поставки против платежа.

Представляется целесообразным допустить выполнение базовыми депозитариями функций головного учетного института по выпускам ценных бумаг, в том числе по именным.

Базовыми депозитариями могут быть депозитарии, обслуживающие торговые системы, крупные кастодиальные депозитарии, в том числе с иностранным участием, ведущие региональные или межрегиональные учетные институты. Обслуживание депонентов в регионах может строиться на основе филиалов базовых депозитариев.

Кастодиальные депозитарии предназначены для ведения счетов владельцев ценных бумаг. Они не открывают междепозитарные счета другим депозитариям и иностранным учетным институтам. Кастодиальные депозитарии открывают междепозитарные счета только в базовых депозитариях. На первом этапе развития депозитарной системы кастодиальные депозитарии сохраняют счета номинальных держателей у регистраторов.

Типичным кастодиальным депозитарием является депозитарий банка или брокерской конторы. Возможно наличие субрегиональных кастодиальных депозитариев.

Центральный расчетный депозитарий открывает междепозитарные счета базовым депозитариям и осуществляет расчеты по междепозитарным переводам между базовыми депозитариями. ЦРД является расчетным агентом по счетам номинальных держателей, открытых базовыми депозитариями у регистраторов. ЦРД обеспечивает целостность депозитарной системы и является ее организующим и коммуникационным центром. ЦРД обеспечивает базовым депозитариям телекоммуникационный доступ к счетам номинальных держателей, открытых у регистраторов. В рамках своей компетенции ЦРД принимает документы, определяющие порядок и стандарты работы депозитарной системы. Через ЦРД и его политику государство оказывает влияние на инфраструктуру фондового рынка. ЦРД обеспечивает взаимодействие российской депозитарной системы с учетными системами рынков ценных бумаг иностранных государств. ЦРД обеспечивает связь с банковской системой и организацию системы расчетов по ценным бумагам на условиях поставки против платежа. ЦРД организует процессы обездвиживания и дальнейшей дематериализации документарных выпусков ценных бумаг с целью повышения доли безналичных ценных бумаг на российском рынке. С целью повышения надежности депозитарной системы ЦРД предоставляет регистраторам и депозитариям услуги по дублированию информации о состоянии счетов и о совершенных операциях.

ЦРД должен вести сбалансированную государственную политику при организации депозитарной системы и не представлять интересы отдельных участников или их групп. Владельцами ЦРД должно быть Правительство РФ, Банк России и базовые депозитарии.

Новая депозитарнай система расширяется постепенно, последовательно включая в себя учетные институты. В переходный период могут существовать депозитарии и регистраторы, включенные в новую депозитарную систему, наряду с депозитариями и регистраторами, еще в нее не попавшими и продолжающими работать в прежнем режиме. Формирование новой депозитарной системы следует считать завершенным после того, как в неё будут включены все депозитарии и те регистраторы (реестродержатели), которые ведут реестры всех эмитентов национального масштаба, а также значимых региональных эмитентов.

В формировании всей депозитарной системы и Центрального расчетного депозитария должны принять участие заинтересованные крупные рыночные структуры. Необходимо активное участие государства в лице ФКЦБ, Минфина и Банка России.

Базовые депозитария являются основой депозитарной системы. Главным предназначением базовых депозитариев является ведение междепозитарных счетов кастодиальных депозитариев, обеспечение расчетов между ними по ценным бумагам и обслуживание торговых и клиринговых систем. Базовые депозитарии также могут вести счета депо владельцев ценных бумаг.

Только базовые депозитарии являются совладельцами ЦРД и открывают в нем междепозитарные счета. Депозитарий становится базовым после включения его в систему ЦРД. Для включения в систему ЦРД депозитарий должен стать его совладельцем, а также удовлетворять требованиям по размеру, техническому оборудованию, линиям связи и надежности, предъявляемым ЦРД к базовым депозитариям. Общее число базовых депозитариев не должно быть слишком велико, однако их количество целесообразно регулировать не посредством «лицензирования», а через предъявление к базовым депозитариям квалифицирующих требований.

Базовые депозитарии, являясь основными институтами депозитарной системы, стремятся оказывать своим клиентам весь спектр услуг, принятых на развитых рынках ценных бумаг. Целесообразно совместное установление стандартного минимума услуг, которые должны быть оказаны клиентам любого базового депозитария.

Организация депозитарной системы должна способствовать развитию свободной конкуренции между базовыми депозитариями. депозитарная система не накладывает на базовые депозитарии ограничений, препятствующей их конкуренции при обслуживании финансовых рынков. Торговые и клиринговые системы для осуществления расчетов вправе по своему усмотрению пользоваться услугами одного или нескольких базовых депозитариев.

Базовые депозитарии открывают междепозитарные счета депо кастодиальным депозитариям и счета депо владельцам. Базовые депозитарии осуществляют поставки ценных бумаг по результатам работы торговых и клиринговых систем. Базовые депозитарии могут открывать междепозитарные счета иностранным депозитариям и кастодианам и в ряде случаев открывать у них междепозитарные счета. Базовые депозитарии имеют право на совершение трансграничных переводов ценных бумаг.

Базовые депозитарии могут хранить сертификаты документарных ценных бумаг, в том числе глобальные сертификаты.

Базовые депозитарии самостоятельно определяют свою специализацию. Не накладывается запретов на совмещение базовыми депозитариями исполнения функций расчетного депозитария с осуществлением иных видов профессиональной деятельности на рынке ценных бумаг и предпринимательской деятельности на финансовых рынках. При этом за совместителями осуществляется необходимый контроль со стороны регулирующих органов и могут быть предъявлены специальные требования к ним.