В пшеровский период своей деятельности Коменский знакомится с философскими и педагогическими произведениями немецкого ученого Иоганна Андреэ, который произвел на него впечатление как чрезвычайно образованный, прогрессивный педагог и мыслитель своего времени. Особенно большое влияние на Коменского оказали дидактические воззрения Андреэ, к которым в дальнейшем Коменский неоднократно обращается в своих трудах.

В 1618 г. община «Чешские братья» назначила Коменского пастрырем-проповедником в г. Фульнек в Северной Моравии, где он одновременно руководил и братской школой.

В этом году он женится на падчерице бургомистра города Пшерова Магдалиной Визовской, которая стала Коменскому большим другом и помощником.

Известно, что Коменский много сделал для повышения уровня и благосостояния населения Фульнека, особенно бедняков и осуществил большие изменения в Фульнекской школе. Фульнекс модно считать наиболее значительным в развитии педагогического учения Коменского.

После того как Габсбурги в 1620 г. победили в битве у Белой горы и казнили многих патриотов, а потом добрались до Фульнека, Коменскому как активному протестанту оказалось небезопасно оставаться здесь. С этого момента начинается тяжелый период скитаний и жизни в нелегальных условиях. Беда за бедой настигала Коменского. В 1621 г. в Фульнеке католики сожгли дом Коменского с его многочисленной библиотекой и ценными рукописями. А в 1622 г. занесенная испанскими войсками чума унесла жизни его жены Магдалины и обоих детей.

Однако же душевная травма, вызванная этим горем не смогла сломить волю великого патриота и своим личным примером он вселял в таких же многострадальных соотечественников дух бодрости и непримиримости.

Коменский покидает Моравию и скрывается в маленьком г. Брандисе, где пишет роман-трактат философско-социального направления «Лабиринт света и рай сердца».В этой работе он критикует феодальные отношения и феодальное общество.

В 1624 г. в Брандисе Коменский познакомился с дочерью епископа Марией-Доротеей и женился на ней. До брака Доротея принимала участие в тайной работе общины братьев, а связав свою судьбу с Коменским, стала одним из активных деятелей этого движения.

Весной 1625 г. Коменского отправляют в Польшу для выяснения возможности прибежища чехам в этой стране. По возвращении Коменский ведет пропаганду об освобождении отечества.

Летом 1626 г. Коменский с женой и тестем укрываются в Северо-Восточной Чехии, в Биле-Тржемешне в замке чешского помещика Иржи Садовского. Здесь он пишет дидактическую работу на чешском языке, которая определила круг основных вопросов дидактики и их решение в «Великой дидактике».

31 июля 1627 г. император Фердинанд II провозгласил католичство официальной религией. В указе протестантам предлагалось поменять религию или покинуть Чехию. Многим патриотам пришлось оставить родину и перебраться в Польшу.

8 февраля 1628 г. Коменский поселился в польском городе Лешно, который издавна служил убежищем для «Чешских братьев». В Польше в общей сумме Коменский проводит 28 лет.

Сразу после переезда Коменский стал преподавать в гимназии «братьев» естествоведческие предметы, а в 1635 г. его избирают на должность ректора гимназии.

В эти годы Коменский проводит большую работу по усовершенствованию “Великой дидактики”, которую завершает в 1632 году.

Паралельно с работой над «Великой дидактикой» Коменский пишет учебник латинского языка «Открытая дверь языков и всех наук», который произвел переворот в системе преподавания этого важного предмета.

В 1633-1638 гг. Коменский продолжает работу над «Великой дидактикой» и решает издать ее на латинском языке, чтобы она была доступна для всех народов. Но сначала он отправляет рукопись своему другу Иоахиму Гюбнеру, попросив его высказать свое мнение об этой работе. Получив отрицательный отзыв Коменский долгое время воздерживался от издания «Великой дидактики». Только спустя 20 лет она была опубликована в Амстердаме в полном собрании дидактических сочинений. Эта классическая работа Коменского - основополагающий труд научной педагогики и она перевдена пости на все языки мира.

Помимо этого в Лешно Коменский пишет работы по естествознанию и начинает планировать «Пансофию». Интересно отметить тот факт, что об этой разработке узнал один английский меценат, крупный коммерсант и к тому же образованный человек Самуэл Гартлиб и обратился к Коменскому с письмом, в котором послал некоторую сумму денег и просил его написать «Пансофию» и заранее прислать ему план этой работы. Коменский составил план “Пансофии” и выслал его в Лондон.

Гартлибу очень понравился замысел «Пансофии», и он без ведома автора издал этот план в Лондоне в 1637 г. под названием «Введение к опытам Коменского». Вторично эта книга была напечатана через два года под названием «Предвестник пансофии».

Эта работа Коменского получила широкий отклик как среди выдающихся мыслителей Европы того времени, так и среди государственных деятелей.

В Лешно Коменский также создает философско-психологическую работу «Кузнец счастья, или Искусство советовать самому себе», пишет учебник «Геометрия», научную работу «Восход и заход главных звезд от восьмого небесного собрания», учебную книгу «Краткая космография», «Первейшую философию», «Гражданскую или политическую историю». Также он написал сочинение богословско-религиозного характера «Путь покоя», в котором он защищает протестантско--христианские позиции «Чешских братьев».

Прославленного педагога и мыслителя Коменского в 1638 г. приглашают в Швецию для преобразования школьной системы. Коменский отказался от этого приглашения, так как был в то время занят работой над «Пансофией». Гартлиб, пользующийся большим влиянием в английском парламенте, ставит вопрос о приглашении Коменского в Англию для осуществления идеи пансофии.

В соответствии с идеями Коменского Гартлиб ставил вопрос об учреждении в Англии международной колллегшии наук, которая смогла бы обобщить и свести воедино все достижения из различных областей науки и знания. Коменски получил согласие от синода и направился в Англию.

В сентябре 1641 г. Коменский прибыл в Лондон и поселился в семье Гартлиба. Но в момент прибытия страна была охвачена огнем гражданской войны. В такой политической ситуации парламенту было не до образования и культуры. Поэтому план Коменкого и Гартлиба не осуществился.

Несмотря на это, в период пребывания в Англии Коменский сумел написать труд пансофического характера «Путь света», в которй развивает идею всеобщей гармонии и мира между народами и ставит вопрос о создании международного языка и об учреждении всемирного совета.

Политическая обстановка в Англии не способствовала осуществлению идей Коменского в ближайшие годы, и он решил вернуться в Лешно. Однако в это время известный коммерсант Людвиг ван Геер приглашает его в Швецию для работы. Под влиянием государственного канцлера Швеции Оксенштирие, который пытался убедить его в неосуществимости идеи «Пансофии», Коменский прекратил работу над ней и занялся вопросами методики преподавания латинского языка, хотя и считал эту работу второстепенной.