Банк России устанавливает банку-агенту сумму лимита по кредитной линии (в сумме, не большей, чем установлена Минсельхозпродом РФ). Сумма лимита доводится до территориального учреждения ЦБ РФ.

После подписания Генерального договора с банком-агентом ГУ (НБ) заключает договор поручительства с Минфином РФ либо Правительством (администрацией) субъектов РФ с подтверждением, что в региональных бюджетах на 1999г. предусмотрены статьи расходов для предоставления бюджетных поручительств по финансированию сельхозпроизводителей.

При невыполнении банком-агентом обязательств по возврату кредита и уплаты процентов территориальное учреждение ЦБ РФ переносит задолженность на счета по учету просроченной задолженности. На следующий рабочий день БР выставляет инкассовое поручение к корсчету банка-агента и предъявляет требование к поручителю об исполнении принятых им обязательств.

За неисполнение обязательств по возврату основного долга по кредиту банк-агент обязан уплатить пени в размере 0,3 ставки рефинансирования, деленной на 365/366 дней, начисляемые за каждый день просрочки на сумму просроченного основного долга. За этот же период с банка взимаются проценты за фактические дни пользования кредитом. Поручитель несет ответственность перед Банком России в виде штрафной неустойки , равной 0,1 ставки рефинансирования за каждый день просрочки.

С 30 июня 1999г. Совет директоров БР принял решение не рассматривать вопросы по проведению Банком России операций по целевому кредитованию конкретных отраслей экономики, в том числе путем целевого кредитования банков, предоставлению новых кредитов банкам на поддержание ликвидности, в поддержку мер по погашению обязательств перед вкладчиками и по повышению финансовой устойчивости банков, а также на проведение мероприятий по финансовому оздоровлению. Принятые меры отражают совместную позицию Правительства РФ и Центрального банка РФ и во многом вызваны условиями МВФ по предоставлению России кредитов в 1999г.