Особое значение Дарвин придает наличию, у человека множества рудиментарных (зачаточных) органов. К ним относятся, например, многие подкожные мышцы черепа, в частности мышцы ушной раковины, бугорок на загнутом внутрь крае уха ("дарвинов бугорок"), полулунная складка, которая является остатком третьего века, развитого у птиц, червеобразный отросток слепой кишки (аппендикс), копчиковая кость, волосяной покров и многие другие зачаточные признаки. Существование подобных рудиментаров, заключает Дарвин, "трудно объясняется теорией самостоятельного творения каждого вида ." Гомологичность строения тела и сходство зародышевого развития у членов одного класса понятны, если предположить, что все они произошли от общего родоначальника. Существование рудиментарных органов можно объяснить только предположением, что отдаленный родоначальник обладал этими частями "в полном их развитии", но затем они были частично утрачены или уменьшены под влиянием измененных условий жизни, неупотребления и действия естественного отбора.

Доказав сходство человека с млекопитающими, Дарвин во второй главе обсуждает вопрос о "способе развития человека от какой-то низшей формы". На ряде примеров он показывает, что человеческому организму, так же как растениям и животным, свойственна изменчивость под влиянием условий жизни, упражнения и не упражнения органов и действия коррелятивных отношений между органами. К сожалению, Дарвин рассматривает вопрос об изменчивости и наследственности у человека только с биологической точки зрения, почти не касаясь специфических социальных факторов, характеризующих человеческое общество. Вместе с тем было бы ошибкой считать, что Дарвин совершенно не отмечал качественного отличия человека от высших животных. Он подчеркивает, что человек "даже в самом диком состоянии есть все-таки самое господствующее животное, какое когда-либо появилось на Земле". Этим человек обязан "неизмеримому превосходству своих умственных способностей и общественному "образу жизни".

Одновременно Дарвин предупреждает против недооценки значения особенностей физического строения человека. В частности, он подчеркивает огромное значение развития руки. Чтобы ударять молотком, пишет он, бросать камни в цель, отесать камень и сделать из него самое грубое орудие, требуются тонкий навык и приспособленность руки к этим функциям, связанная с взаимной согласованностью многих мышц. Все это, равно как и голосовые органы, приспособленные к членораздельной речи, - результат "унаследованных влияний постоянного упражнения".

Следующие две главы (III и IV) посвящены сравнению способностей человека и животных. Дарвин сразу же оговаривается, что его цель - показать, что "в умственных способностях между человеком и высшими млекопитающими не существует коренного различия". Рассмотрев большой фактический материал, натуралист делает вывод о том, что, как ни велико умственное различие между человеком и высшим животным, "оно только количественное, а не качественное". Он поясняет свою мысль: "Чувства и впечатления, различные эмоции и способности, как любовь, память, внимание, любопытство, подражание, рассудок и т.д., которыми гордится человек, могут быть найдены в зачатке, иногда даже и в хорошо развитом состоянии у низших животных".

Однако следует отметить, что и сам Дарвин до известной степени осознал наличие этих граней. Сравнивая человекообразную обезьяну с человеком, он отмечает, что "мысль об изготовлении из камня орудия все-таки далеко выше ее сил". Обезьянам, хотя они способны выражать некоторые ощущения криками, "никогда не приходила в голову мысль о выражении определенных понятий определенными звуками". Утверждая, что различие между человеком и высшими животными только количественное, а не качественное, Дарвин хотел подчеркнуть, что между ними не существует непроходимой грани, не допускающей происхождения человека от высших человекообразных обезьян. Применяя выражения "качественный" и "количественный", Дарвин, конечно, понимал их несколько в ином смысле по сравнению с трактовкой этих терминов современной философией.

В шестой главе Дарвин рассматривает вопрос о родственных отношениях между человеком и животными и его генеалогии. Он перечисляет многочисленные черты сходства человека с обезьянами, ссылаясь в первую очередь на работы "великого анатома и философа" Т. Гекели, который пришел к заключению, что человек по всем чертам своего строения отличается меньше от высших обезьян, чем последние от "низших членов этой же группы".

Ближе всего человек стоит к узконосым обезьянам Старого света; их сближает с человеком, например, строение зубов и ноздрей. " . Едва ли можно сомневаться, - пишет Дарвин, - что человек произошел от обезьян Старого света и что с генеалогической точки зрения он должен быть отнесен к группе узконосых". Особо близка к человеку подгруппа узконосых обезьян, уже давно получивших за сходство с человеком наименование человекообразных (горилла, шимпанзе, орангутанг и гиббон). Их сближает с человеком, например, общий вид, отсутствие хвоста и седалищных мозолей. Дарвин приходит к заключению, что родоначальником человека является "какой-нибудь древний член человекообразной подгруппы".

В ту пору, когда Дарвин писал свой труд о происхождении человека, палеонтологических данных о вымерших предках человекообразных обезьян и современного человека было еще очень мало. Были известны остатки двух или трех вымерших человекообразных обезьян, в том числе дриопитека и остатки неандертальского человека (Дарвин упоминает: "знаменитый неандертальский череп"). Этого, конечно, было мало для составления родословного древа. Однако Дарвин считал, что наличие таких пробелов, связанных с неполнотой геологической летописи, не должно смущать тех, кто "верит в общий принцип эволюции".

Попытки проследить генеалогию млекопитающих, а следовательно, и человека Дарвин основывает главным образом на данных систематики и морфологии (сравнительной анатомии и эмбриологии) и ссылается при этом на труды одного из своих выдающихся последователей - немецкого ученого Эрнста Геккеля. Этот дарвинист в своей "Общей морфологии" и "Естественной истории мироздания" приводит свое знаменитое родословное древо животного мира и генеалогическую схему человека.

Дарвин пытается восстановить облик непосредственного родоначальника человека путем изучения рудиментов и реверсий, при помощи принципов морфологии и эмбриологии. Вот какую картину он рисует. Наши древние родоначальники были покрыты волосами, оба пола имели бороды, уши были заострены и способны двигаться, тело имело хвост, нога была хватательным органом. Это были древесные животные, населявшие какую-нибудь теплую страну. Самцы имели большие клыки, которые служили им грозным оружием.

Конечный вывод Дарвина - человек обязан своим существованием длинному ряду предков: "Если бы не существовало какого-либо из звеньев этой цепи, человек не был бы точно таким, каков он есть".