Сказанное не означает, что военные трибуналы во всех случаях шли на поводу у обвинительных органов. Они не мирились с нарушениями законности следственным аппаратом НКВД, принимали принципиальные решения об оправдании подсудимых или возвращении дел для дополнительного расследования в случаях недостаточности или сомнительности доказательств. Для многих такая принципиальность имела серьезные, часто трагические последствия. Жертвами репрессий стали первые руководители военно-судебных органов: К.Х. Данишевский, В.А. Трифонов, Н.Ф. Бушуев, Л.Я. Плавнек и многие другие работники. Во время Великой Отечественной войны компетенция военных трибуналов в силу понятных причин существенно расширилась, что непосредственно отразилось и на деятельности Военной коллегии. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 г. «О военном положении» устанавливалось, что «в изъятие из действующих правил о рассмотрении судами уголовных дел в, местностях, объявленных на военном положении, все дела о преступлениях, направленных против обороны, общественного порядка и государственной безопасности, передаются на рассмотрение военных трибуналов». Тогда же было утверждено Положение о военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении, и в районах военных действий. Приговоры кассационному обжалованию не подлежали и могли быть изменены или отменены, лишь в порядке судебного надзора.

Не всем, быть может, известно, что в связи с объявлением в г. Москве осадного положения Государственный Комитет Обороны постановлением от 20 октября 1941 г. все гражданские суды (как и органы прокуратуры) столицы были переформированы в военные трибуналы и военные прокуратуры.

Характерная особенность работы военных трибуналов в годы войны - быстрота и гибкость судебной репрессии. Основные усилия они направляли на борьбу с вражескими лазутчиками, изменниками, карателями и другими опасными преступниками. В отношении же лиц, совершивших менее опасные преступления, широко применялась законодательно предусмотренная отсрочка исполнения приговора с направлением в действующую армию.

После окончания Великой Отечественной войны Военная коллегия продолжала рассматривать дела в отношении военных преступников. Так в январе 1947 г. был вынесен обвинительный приговор в отношении атамана Краснова, генералов белой армии Шкуро, Краснова и Доманова, командира «дикой дивизии» князя Султан-Гирея Клыча, а также генерала германской армии эсэсовца фон Панвиц Гельмута.

Следуя объективности, надо отметить, что в послевоенный период, при жизни И. В. Сталина, Военная коллегия наряду со всей судебной системой также продолжала выполнять политическую репрессивную функцию по борьбе с «врагами народа». В сентябре 1950 г. члены Военной коллегии рассмотрели так называемое «ленинградское дело» по обвинению в контрреволюционной деятельности члена политбюро ЦК КПСС, председателя Госплана СССР Н.А. Вознесенского, секретаря ЦК КПСС А.А. Кузнецова, первого секретаря Ленинградского обкома партии П.С. Попкова, бывшего председателя Совета Министров РСФСР М.И. Родионова и других партийных и советских работников; в 1953 году - дело по обвинению в террористической деятельности врачей - академиков М.С. Вовси, В.Н. Виноградова и др., которые якобы умышленно умертвили путем неправильного лечения А.А. Жданова, А.С. Щербакова, старались вывести из строя маршалов А.М. Василевского, Л.А. Говорова, И.С. Конева и др.

В последующем судебные постановления по этим делам были отменены, а осужденные реабилитированы. Причем в процессе реабилитации также активно участвовала и продолжает участвовать Военная коллегия.

Принципиальные изменения произошли по окончании периода культа личности Сталина, когда в 1953 г. в стране начался процесс переосмысления идеологических установок, постепенного восстановления законности и исправления допущенных в прошлом нарушений и ошибок. В декабре 1954 г. Военная коллегия рассмотрела дело по обвинению бывших министра госбезопасности СССР Абакумова В.С., начальника следственной части по особо важным делам МГБ СССР Леонова А.Г. и ряда других сотрудников МГБ СССР, признанных виновными, в частности, в фабрикации «ленинградского дела».

С принятием в 1957 г. Положения о Верховном Суде СССР, а в 1958 г. нового Положения о военных трибуналах существенно изменилась компетенция военных судов, которая отныне строго определялась общими для всех судов общей юрисдикции целями осуществления правосудия, а также задачей борьбы с посягательствами на боеспособность и боеготовность Вооруженных Сил СССР. Военной коллегии стали подсудны дела исключительной важности, а также дела о преступлениях военнослужащих, имеющих воинские звания генерала (адмирала) либо занимающих должности от командира соединения и выше и им равные. Кроме того, она вправе была принять к своему производству в качестве суда первой инстанции любое дело, подсудное военному трибуналу. о Верховном Суде СССР 1979 г. и на последующий период закрепил полномочия Военной коллегии на рассмотрение в качестве суда первой инстанции дел исключительной важности, подсудных военным трибуналам, а также дел о преступлениях военнослужащих, имеющих воинские звания генерала (адмирала) либо занимающих должности от командира соединения и выше и им равные. Одновременно за Военной коллегией остались функции надзора за деятельностью военных трибуналов.

В новой редакции Положения о военных трибуналах 1980 г. компетенция Военной коллегии оставались в прежней формулировке, которая и просуществовала вплоть до принятия в 1999 году Федерального конституционного закона «О военных судах Российской Федерации».

Этот краткий исторический экскурс позволяет заметить, что военные суды и Военная коллегия в предшествующие периоды были органами уголовного судопроизводства и предназначались для рассмотрения дел в отношении преимущественно военнослужащих, либо дел, по которым затрагивались интересы обороны и безопасности государства.

Военные трибуналы в советский период отечественной истории рассматривались в качестве одного из правоохранительных органов страны. При осуществлении правосудия они были призваны «вести борьбу с посягательствами на безопасность СССР, боеспособность и боеготовность его Вооруженных Сил, воинскую дисциплину и установленный порядок несения воинской службы» (ст. 2 Положения о военных трибуналах 1980 г.) Военная коллегия, как звено системы военных трибуналов, также выполняла эти социально значимые функции. Лишь в местностях, где в силу исключительных обстоятельств не действовали общие суды, военные трибуналы рассматривали гражданские дела. В соответствии с прежней редакцией ст. 116 ГПК РСФСР и ст. 20 Положения о военных трибуналах Военная коллегия вправе была изъять любое гражданское дело из любого военного трибунала и принять к своему производству.

Одновременно Военная коллегия являлась кассационной и надзорной инстанцией по уголовным делам, рассматривавшимися нижестоящими военными трибуналами, она занималась обобщением судебной практики военных трибуналов, проводила проверки их деятельности и давала методические рекомендации судьям, участвовала в решении кадровых вопросов.