В январе 1919 года РВТР издал первую инструкцию революционным военным трибуналам фронтов и армий, определившую их структуру и порядок деятельности. В последующий период гражданской войны их организация и деятельность регламентировались Положениями «О революционных военных трибуналах», первое из которых было утверждено постановлением РВС Республики от 4 февраля 1919 г., второе - декретом ВЦИК РСФСР от 20 ноября 1919 г., а третье было введено в действие приказом РВС Республики от 4 мая 1920 г.

Сам РВТР стал также и судом первой инстанции по делам о преступлениях, в совершении которых обвинялись высшие военачальники, председатели и члены реввоентрибуналов фронтов и армий. Кроме того, решением РВС Республики дела могли изыматься из ведения РВТ фронтов и армий и передаваться на рассмотрение РВТР.

Таким образом, впервые в отечественной истории высший военно-судебный орган стал рассматривать и разрешать дела по существу. 24 ноября 1918 г. РВТР рассмотрел первое дело - в отношении бывшего председателя реввоентрибунала Южного фронта, который по результатам судебного разбирательства был направлен на испытание в психиатрическую больницу. С этого времени РВТР весьма интенсивно работал в качестве суда первой инстанции. Так, в 1920 году членами этого трибунала, при штате 4 человека, были рассмотрены уголовные дела в отношении 290 человек (всеми же реввоентрибуналами в этом году были рассмотрены дела в отношении 106966 человек). Первым председателем РВТР был назначен К.Х. Данишевский, который затем в начале 1921 года по решению ЦК был направлен на ответственную хозяйственную работу.

Переход к мирному строительству обусловили сокращение Красной Армии и необходимые структурные преобразования военных трибуналов. В 1921 году в их правовом положении произошло изменение, положившее основу дальнейшего функционирования военных судов как части единой судебной системы государства. Из специального репрессивного органа Революционного военного совета республики и революционных военных советов фронтов и армий, они фактически превратились в специализированные судебные органы, созданные для осуществления правосудия в вооруженных силах, а также для рассмотрения дел о совершении наиболее опасных преступлений. Нормативным документом, урегулировавшим эти изменения, было постановление ВЦИК от 23 июня 1921 г. «Об объединении всех Революционных трибуналов Республики». Согласно названному постановлению в качестве единого кассационного органа и органа ближайшего надзора для всех действующих на территории РСФСР трибуналов, а также судебного учреждения для дел особой важности, был установлен состоящий при Всероссийском Центральном Исполнительном Комитете Верховный Трибунал. В его состав вошли Реввоентрибунал Республики, Главный революционный военный железнодорожный трибунал и Кассационный трибунал. Одновременно упразднялись почти все революционные тыловые военные трибуналы. Функции последних были переданы, так называемым, «военным» отделениям при губернских революционных трибуналах, а функции Реввоентрибунала Республики - Военной коллегии Верховного Трибунала ВЦИК, которая продолжила работу по надзору и инспектированию местных реввоентрибуналов, оставаясь одновременно судом первой инстанции при рассмотрении определенной категории дел.

В 1922 году Военная коллегия вошла в состав Верховного Суда РСФСР.

23 ноября 1923 г. ЦИК СССР утвердил Положение о Верховном Суде Союза ССР, в соответствии с которым Военная коллегия передавалась в его состав. Фактически она начала работать в составе Верховного Суда СССР в апреле 1924 года.

Первым председателем Военной коллегии Верховного Суда СССР в феврале 1924 года стал В. А. Трифонов, член партии большевиков с 1904 года. Накануне и после революции 1917 года он занимался формированием Красной Армии, являлся активным участником гражданской войны. Возглавляя Военную коллегию в течение двух лет, В.А. Трифонов многое сделал для становления военных трибуналов как судов общей юрисдикции Союза ССР.

Компетенция Военной коллегии в составе Верховного Суда СССР определялась Положением о Верховном Суде СССР от 23 ноября 1923 г. и Наказом Верховному Суду СССР от 14 июля 1924 г. Рассмотрению Военной коллегией подлежали уголовные дела исключительной важности, направляемые ей особым постановлением Президиума ЦИК СССР или пленарного заседания Верховного Суда СССР, а также дела по обвинению в совершении преступлений, отнесенных к производству военных трибуналов, лиц военного ведомства, включенных в особый список, утвержденный Президиумом ЦИК СССР. Согласно постановлению Президиума ЦИК СССР от 28 декабря 1923 г. в этот список вошли должностные лица от начальника штаба РККА до командиров и комиссаров корпусов, а также судьи, начальники особых отделов и прокурорские работники окружного и армейского уровня. Деятельность Военной коллегии в конце 20 - 30-х гг. в основном была направлена на борьбу с правонарушениями в армии и на флоте и укрепление основ советского государства. С принятием Положений о военных трибуналах и военной прокуратуре (1926 г.) Военная коллегия стала кассационной и надзорной инстанцией для всех военных трибуналов. В те годы на Военную коллегию в законодательном порядке была возложена и роль одного из органов чрезвычайной юстиции, выполнявших функцию политической репрессии в отношении так называемых «врагов народа». В 1934 г. были приняты Постановления ЦИК СССР «Об образовании общесоюзного Народного Комиссариата внутренних дел» и «О рассмотрении дел о преступлениях, расследуемых Народным Комиссариатом внутренних дел Союза ССР и его местными органами». Этими нормативными актами на Военную коллегию возлагалась обязанность по рассмотрению дел об измене Родине, шпионаже, терроре, взрывах, поджогах, иных видах диверсий и подобных им.

Происходило это в сложную историческую эпоху, когда внутриполитическая обстановка, общественное мнение в стране формировались идеологическими установками об усилении классовой борьбы, требовавшими решительной, жесткой борьбы с противниками социалистического строя. В ту пору деятельность всей государственной машины, в том числе и правоохранительных органов, была направлена на борьбу с контрреволюционными деяниями и военно-судебная система не могла находиться от них в стороне. Так, например, Военной коллегией были рассмотрены: в 1936 году - уголовное дело «троцкистско-зиновьевского террористического центра»; в марте 1938 г. - дело «антисоветского правотроцкистского» блока по обвинению Н. И. Бухарина, А. И. Рыкова, Г. Г. Ягоды и др.[5]

Бывший член Военной коллегии Никифоровский В. И. так характеризовал тот период: «Мы судили контрреволюционеров на основании совести и правосознания, во что крепко до самозабвения верили».

В 20 - 50-е годы вопросы судопроизводства во многом определялись не только законодательно, но и постановлениями Пленума Верховного Суда СССР, а также решениями органов исполнительной власти (Наркоматом юстиции, ЦИК и др.), которые принимались, порой исходя из политических интересов. Это позволяло административным учреждениям влиять на деятельность судов и, в частности, военных трибуналов, включая Военную коллегию.