Рис. 1. Третичная (пространственная) структура сывороточного альбумина, состоящего из 607 аминокислотных остатков

Существуют также фибриллярные белки (от лат. fibra – волокно), которые сильно вытянуты (например, мышечный белок миозин).

Но как ни сложна показанная на рисунке пространственная структура, она еще не самая сложная. Можно представить себе, сколько дополнительных проблем для теоретического (и экспериментального) анализа возникает при рассмотрении не одной, а двух или более взаимодействующих белковых молекул (четвертичная структура).

Казалось бы, в случае олигопептидов все должно быть проще и доступнее для анализа (и теоретического, и экспериментального). Однако это не так. И тут мы подошли к обещанному физическому определению различия между поли- и олигопептидами.

Связи между аминокислотными остатками (за исключением ковалентных) по энергии много меньше химических, отражают сущность физических процессов и поэтому называются физическими (в общем смысле они уже являются не связями, а взаимодействиями).

Каждое отдельное из этих взаимодействий является непрочным, может образовываться и распадаться, т.е. характеризоваться каким-то временем существования. Однако при увеличении длины пептидной цепи число таких одновременных взаимодействий возрастает, и с достижением некоторой длины их суммарное действие приводит к тому, что молекула принимает все более стабильную конфигурацию.

Из термодинамических исследований следует, что эта длина составляет около 50 аминокислотных остатков и может быть меньше или больше в зависимости от конкретной аминокислотной последовательности, т.е. от присутствия и расположения разных взаимодействующих элементов.

Таким образом, физические данные согласуются с теми, которые были нами получены из математических рассуждений, поскольку число 50 является величиной того же порядка, что и 20, характеризующее «аминокислотную систему счисления». Поэтому олигопептиды – вещества с числом аминокислотных остатков порядка 50, а у полипептидов (белков) это число много больше 50.

Итак, поскольку число аминокислотных остатков у олигопептидов мало, а следовательно, и внутримолекулярных взаимодействий у них недостаточно для образования стабильной пространственной структуры, то их конфигурация постоянно изменяется в масштабах времени микромира (в нашем временном масштабе их можно сравнить с извивающимся червяком, выползшим на поверхность во время сильного дождя).

Одним из следствий таких постоянных и быстрых изменений является то, что из этих молекул трудно (или невозможно) получить кристаллы и вследствие этого исследовать с помощью рентгеноструктурного анализа. Правда, существует еще один мощный метод (ядерный магнитный резонанс, ЯМР), с помощью которого удается получить целые наборы конфигураций. Однако и в этом методе требуется использование сильно концентрированных растворов пептидов, в такой системе уже может осуществляться межмолекулярное взаимодействие одинаковых молекул пептидов друг с другом, что влияет на получающийся результат и фиксирует конфигурацию (конформацию) не только отдельной, но и взаимодействующей с другими пептидной молекулы.

Рис. 2. Возможные пространственные структруры мет-энкефалина с аминокислотной последовательностью YGGFM. Пунктиром отмечены водородные связи

На рис. 2 показаны 4 возможные структуры природного пептидного опиоида энкефалина, состоящего из 5 аминокислотных остатков. Насколько они разные! Первая (развернутая) с большим трудом была получена с помощью рентгеноструктурного анализа. Три другие рассчитаны с применением специальных методов компьютерного моделирования, в результате чего получены структуры, содержащие от одной до трех внутримолекулярных водородных связей и очень сильно отличающиеся по конфигурации. Малость молекулы олигопептида позволяет ей в живом организме перемещаться на довольно большие расстояния, а высокая внутримолекулярная подвижность – принимать форму, необходимую для успешного взаимодействия со многими веществами, в том числе и с крупными белками (например, с рецепторами).

Биология

Многообразие структурных форм белков и олигопептидов лежит в основе многообразия и их биологических функций. Это многообразие обусловливает то, что единой и строгой классификации веществ пептидной природы не существует, и пока есть сомнения в том, что такую классификацию в ближайшее время можно будет создать. Поэтому представляется возможным лишь грубо и далеко неполно охарактеризовать лишь часть структурно-функциональных групп белков, что и представлено в табл. 4.

Функциональные свойства белков изучаются уже довольно давно, еще даже до тех времен, когда научились определять их аминокислотную последовательность. Многие из этих свойств широко известны, в том числе вошли и в школьные учебники. Поэтому нам кажется целесообразным более подробно охарактеризовать биологические свойства олигопептидов, которые начали изучать сравнительно недавно. А в отношении белков отметим лишь одну, но принципиальную особенность.

В табл. 4 среди прочих приведены примеры белков, которые называются сложными и представляют собой комплексы белка с молекулами непептидного типа (например, гемоглобин содержит железо, а казеин – фосфорную кислоту). Однако белки могут объединяться и с более сложными веществами, образуя гликопротеины, являющиеся обязательным компонентом клеточных поверхностей и внеклеточных опорных систем, или липопротеины, осуществляющие обмен липидами между печенью и другими органами.

Для олигопептидов (табл. 5) также не существует строгой структурно-функциональной классификации. К настоящему времени расшифровано более 4 тыс. разных аминокислотных последовательностей этих веществ, выделенных из животных, растений, грибов, бактерий и вирусов. Большинство из них по своим физиологическим функциям относят к регуляторным веществам, участвующим в регуляции всех основных регуляторных систем организма – нервной, эндокринной и иммунной. В соответствии с этим они и называются нейропептидами, олигопептидными гормонами и иммуномодуляторами. Кроме того, ряд олигопептидов рассматривается как медиаторы, прямо участвующие в синаптической передаче (нейропептиды), и модуляторы, осуществляющие регуляцию опосредованно (в том числе гормоны). Значительное число олигопептидов выполняет также защитные функции, представляя собой олигопептидные токсины.

Нетрудно заметить, что часть функциональных свойств олигопептидов перекрывается с функциями белков (например, гормональные). Однако, как было уже отмечено выше, в силу разной подвижности целой молекулы и ее частей (конформационной подвижности) механизмы действия олигопептидных и белковых молекул разные.