Указанные меры стимулировали переход субъектов предпринимательской деятельности на специальные налоговые режимы, в том числе из сферы "теневого" бизнеса. За 2003-2008 г.г. (на начало года) количество налогоплательщиков, применяющих указанные специальные налоговые режимы увеличилось с 2,2 млн. до 4,2 млн. (в т.ч. организаций с 246 тыс. до 1227 тыс.) или в 1,9 раза, а поступления налогов, уплачиваемых в связи с применением этих налоговых режимов выросли с 33,8 млрд. руб. до 141,9 млрд. руб. или в 4,2 раза.

Закрепление налогов, уплачиваемых при применении указанных специальных налоговых режимов, за бюджетами субъектов Российской Федерации и местными бюджетами, а также предоставление права органам местного самоуправления самим вводить единый налог на вмененный доход для отдельных видов деятельности, позволило стабилизировать доходную базу их бюджетов.

В 2008 году была продолжена работа по совершенствованию специальных налоговых режимов, результатом которой стало принятие ряда федеральных законов, вступивших в силу с 1 января 2009 года, которые позволили усилить стимулирующее и социальное значение этих налоговых режимов, упростить налоговый учет, сократить налоговую отчетность, обеспечить более целевой характер применения специальных налоговых режимов.

Так, по упрощенной системе налогообложения для налогоплательщиков, выбравших объектом налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, субъектам Российской Федерации предоставлено право устанавливать дифференцированные налоговые ставки в пределах от 5 до 15 процентов в зависимости от категорий налогоплательщиков. Налогоплательщикам предоставлено право ежегодно изменять объект налогообложения. Отменены ограничения на перенос убытка, полученного по итогам предыдущих налоговых периодов, на будущие налоговые периоды. Отменена обязанность представления налогоплательщиками налоговых деклараций по итогам отчетных периодов (первый квартал, полугодие и девять месяцев календарного года). Налоговая декларация будет представляться только по итогам налогового периода (календарного года). По упрощенной системе налогообложения для индивидуальных предпринимателей на основе патента отменены ограничения на количество видов предпринимательской деятельности, на которые индивидуальный предприниматель может получить патент, им также разрешено привлекать наемных работников, среднесписочная численность которых не должна превышать за налоговый период 5 человек. Расширен перечень видов предпринимательской деятельности, в отношении которых может применяться упрощенная система налогообложения на основе патента. Уточнены сроки, на которые могут выдаваться патенты, установлен порядок утраты права на применение данного налогового режима, уточнены правила постановки на учет в налоговых органах налогоплательщиков и ведения ими налогового учета.

По системе налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единому сельскохозяйственному налогу) отменено ограничение, не позволяющее переходить на этот налоговый режим организациям, имеющим филиалы и (или) представительства. Право переходить на уплату единого сельскохозяйственного налога получили рыбохозяйственные организации и индивидуальные предприниматели, если у них средняя численность работников не превышает за налоговый период 300 человек, они осуществляют рыболовство на судах рыбопромыслового флота, принадлежащих им на праве собственности, а также при условии, что у них в общем доходе от реализации товаров (работ, услуг) доля дохода от реализации их уловов водных биологических ресурсов и (или) произведенной собственными силами из них рыбной и иной продукции из водных биологических ресурсов, составляет за налоговый период не менее 70%. Снято ограничение на перенос убытка, полученного по итогам предыдущих налоговых периодов, на будущие налоговые периоды. Отменена обязанность представления налогоплательщиками налоговой декларации по итогам отчетного периода (полугодия), она будет представляться только по итогам налогового периода (календарного года).

По системе налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности уточнен перечень видов предпринимательской деятельности, в отношении которых она может применяться. Запрещено применять данный налоговый режим организациям и индивидуальным предпринимателям, среднесписочная численность работников которых превышает 100 человек, а также организациям, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов. Отменено право налогоплательщиков самостоятельно корректировать сумму единого налога в зависимости от фактического периода времени осуществления предпринимательской деятельности. Законодательно установлен порядок постановки на учет налогоплательщиков по месту осуществления предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом.

Вместе с тем практика применения специальных налоговых режимов продолжает выявлять негативные стороны в их применении, отрицательно влияющие на поступление налогов в бюджетную систему. Так, налоговыми органами выявляются факты искусственного разделения организаций для получения доступа к специальным налоговым режимам в целях минимизации налогообложения.

По единому сельскохозяйственному налогу отсутствуют ограничения по размерам экономической деятельности для перехода на уплату этого налога, что позволяет переходить на этот налоговый режим крупным сельскохозяйственным товаропроизводителям, уровень доходности которых позволяет уплачивать налоги наравне с прочими экономическими агентами, не использующими специальные налоговые режимы. В то же время для малых сельскохозяйственных товаропроизводителей этот налоговый режим остается достаточно сложным ввиду необходимости ведения бухгалтерского и налогового учета.

Для единого налога на вмененный доход характерно отсутствие механизма объективного обоснования размеров базовой доходности по видам предпринимательской деятельности, подлежащим налогообложению этим налогом. Ежегодное увеличение базовой доходности на единый для всех видов предпринимательской деятельности, облагаемых единым налогом на вмененный доход, корректирующий коэффициент базовой доходности К1, учитывающий изменение потребительских цен на товары (работы, услуги), без учета фактической доходности видов предпринимательской деятельности стимулирует рост цен на товары (работы, услуги). При этом отсутствие в течение длительного времени корректировки базовой доходности по отдельным видам предпринимательской деятельности, облагаемых единым налогом на вмененный доход, не компенсируется применением корректирующего коэффициента К1 и приводит к занижению налоговой базы и налоговых поступлений в местные бюджеты.

Несмотря на введение ограничений для перехода на уплату единого налога на вмененный доход для крупнейших налогоплательщиков, а также по численности работающих и доле участия в организации других организаций, требуется ужесточение таких ограничений, в частности, по объему выручки, так как действующее для крупнейших налогоплательщиков ограничение по выручке недостаточно для предотвращения перехода на этот налоговый режим тех субъектов предпринимательской деятельности, для которых он изначально не предназначался.