В апреле 2000 года к WMZ (эквиваленту USD) добавлен эквивалент рубля - WMR. Прежние WM (доллары) теперь именуются как WMZ. В этом же году для повышения "юзабилити" компания заботится о выпуске различных скинов для клиента WebMoney. И, пожалуй, самое важное: Webmoney Transfer вошла в список наиболее популярных платежных систем, которыми пользуются для онлайн-покупок.

Для многих пользователей платежной системы в России расчеты в системе стали более удобны и прозрачны. Система WebMoney становится все более популярной и не только в России. В октябре 2000 года Банк России выдал АКБ "Таврический", одному из финансовых операторов системы, первое в России "Регистрационное свидетельство на эмиссию предоплаченного финансового продукта PayCash". Таким образом, у клиентов системы появились четкие банковские гарантии. После получения свидетельства система на основе технологии PayCash начала постепенный переход с агентской схемы взаимоотношений между пользователями и магазинами к более универсальной схеме на основе предоплаченного финансового продукта (ПФП). Тем временем условная денежная масса в системе с апреля по ноябрь 2000 года выросла в 60 раз. Доля рынка компании в платежах с использованием цифровой наличности по оценкам журнала "Эксперт" на тот момент, составляла 20%. Первые положительные итоги работы стали причиной перехода PayCash в начале декабря 2000 года с пилотной на индустриальную версию системы.

В 2001 году Система WebMoney запуск биржи кредитов, появляется новая возможность - получать и выдавать кредиты другим участникам, появление в системе эквивалента евро - WME. Это стало прорывом WebMoney на Европейский рынок и облегчением работы с системой для жителей многих стран.

В 2001 году в системе появляется новая возможность - получать и выдавать кредиты другим участникам. Компания вводит новую валюту WME - евро. Вероятно, это было сделано ради поднятия престижа, а не из-за большой необходимости. Даже сегодня мало тех, кто осуществляет операции с WME.

Участников системы становится всё больше. В 2001 году в Интернете появился первый из череды вирусов, написанных специально для кражи денег пользователей с их электронных кошельков. [11] А значит необходимо усилить контроль за порядком. В 2002 году создается сервис Security, теперь "вебмани" стали более безопасными. В Этом же году появляется сервис Merchant для упрощения онлайн-платежей в Интернет-магазинах и компаниях поставщиках товаров подключенных к системе WebMoney. 24 июля 2002 года компания “PayCash” заключает партнерское соглашения с компанией "Яндекс" по запуску проекта "Яндекс. Деньги" - универсальной платежной системы. Изначально яндекс. деньгами можно было оплатить услуги самого яндекса, т.е. за рекламу на сайте, позже появлялись Интернет магазины. Яндекс так же понимал, что необходимо создать базу магазинов, где можно потратить яндекс и подключил самые крупные магазины на льготных условиях. [28] Политика платежной системы была следующей: 1) Нельзя вести предпринимательскую деятельность 2) Деньги в системе можно только тратить или выводить способами представленными на официальном сайте. 3) Обменники в других городах мягко говоря не приветствуются, но если и удавалось договориться, то только на условиях отдавать 5% яндексу от операции. Яндекс. деньги сами выходят на банки, предлагают выгодные условия работы, тем самым во многих банках можно купить яндекс за 0%. Из-за этого за небольшой промежуток времени, Яндекс. деньги можно ввести во всех городах России.

Но все бы вроде хорошо, но ввести то можно, а вот вывести бесплатно уже не получится, поэтому многим пользователям приходиться терять 3-8% на операциях вывода из системы. Кроме того Яндекс. деньги являются отзывными и в случае если вы перевели деньги и потом решили, что не туда, можно написать заявление, заверить у нотариуса и деньги вам вернут обратно на счет. К концу 2002 года группа российских и украинских экономистов и программистов создала систему RUpay, представляющую собой интегратор платежных систем. В нем программно объединены в одну систему несколько ЭПС и обменные пункты. При регистрации в RUpay не запрашивается личная информация о пользователе и не требуется никаких документов. В то время как некоторые ЭПС ввели сертификацию пользователей, RUpay, свою очередь, объявила о введении практики гарантированного возмещения денежных средств пользователям. Если вы отправили платеж по ошибке не туда или стали жертвой мошенников, вам вернут деньги. Таким образом, продавец или покупатель, осуществляющий расчеты с помощью системы RUpay, получает 100% гарантию выполнения контрагентом своих обязательств.

В 2003 году компания WM Transfer Ltd запустила сервис уведомлений Notify о поступлении сообщений, переводов или счетов, были ужесточены правила получения персональных аттестатов, появились электронные кошельки WMU - эквивалент гривны. С появлением гривневых кошельков WebMoney обретает огромную популярность в Украине. В июне 2004 года Банк "Таврический" получил от Банка России бессрочное Регистрационное свидетельство на осуществление эмиссии предоплаченного финансового продукта № 17 С/2. Для развития и продвижения технологии была создана международная группа компаний PayCash, объединяющая владельцев и лицензиатов технологии. В процессе развития в состав акционеров проекта вошло Государственное унитарное предприятие АО "Корпорация "Аэрокосмическое Оборудование" и ряд других российских и зарубежных инвесторов. [33]

В системе WebMoney в 2004 году выпущен GSM Keeper - специальная версия ПО для мобильных телефонов, теперь в любое время есть доступ к сервисам WebMoney.

В 2004 году компанией "МаниМэйл" ("MoneyMail") была разработана Деньги@Mail.ru, которая, по мнению разработчиков, лишена распространенных пороков имеющихся платежных систем и позволяет переводить денежные средства быстро, легко и, главное, безопасно. Финансовая деятельность компании "МаниМэйл" обеспечивается взаимодействием с такими крупными организациями, как "Мегаватт-Банк", "Райффайзенбанк", а также "Киберплат" и "e-Port".

К преимуществам Деньги@Mail.ru можно отнести широкий спектр предлагаемых функций, при полном отсутствии абонентской платы и других периодических платежей. Система принимает платежи за коммунальные услуги (квартплата, МГТС, Ростелеком), мобильную связь и Интернет-доступ, а также позволяет совершать выплаты по кредитам. При этом комиссия с пользователя не взимается. Безопасность счетов данной платежной системы обеспечивается несколькими способами. Помимо традиционного входного пароля, Деньги@Mail.ru используют защищенное SSL-соединение, блокировку по IP и систему подтверждения платежей (с помощью специального кода, ключ-карты, SMS). Однако следует быть внимательным - снять установленную пользователем блокировку в системе Деньги@Mail.ru довольно сложно. Особенно если ваш аккаунт имеет анонимный статус. Тогда вам придется получить доверенный статус и ждать 45 дней. Если за этот срок на ваш счет никто права не предъявит, справедливость будет восстановлена. Поэтому пользователям, неуверенным в стабильности своего IP-адреса использовать данную функцию не рекомендуется.