Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения обособленного подразделения.

Решение о проведении выездной налоговой проверки должно содержать следующие сведения:

- полное и сокращенное наименования организации либо фамилию, имя, отчество налогоплательщика;

- предмет проверки, то есть налоги, правильность исчисления и уплаты которых подлежит проверке;

- периоды, за которые проводится проверка;

- должности, фамилии и инициалы сотрудников налогового органа, которым поручается проведение проверки.

Форма решения руководителя (заместителя руководителя) налогового органа о проведении выездной налоговой проверки утверждается федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов (см. форму данного решения в Приложении N 1 к Приказу ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@ "Об утверждении форм документов, применяемых при проведении и оформлении налоговых проверок; оснований и порядка продления срока проведения выездной налоговой проверки; порядка взаимодействия налоговых органов по выполнению поручений об истребовании документов; требований к составлению Акта налоговой проверки").

Пункт 3 ст. 89 НК РФ гласит, что выездная налоговая проверка в отношении одного налогоплательщика может проводиться по одному или нескольким налогам.

Предметом выездной налоговой проверки является правильность исчисления и своевременность уплаты налогов (п. 4 ст. 89 НК РФ). При этом в рамках выездной налоговой проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки.

В соответствии с разъяснениями, предоставленными ФНС России в Письме от 22 октября 2007 г. N ШТ-6-03/809@ "О направлении Письма Минфина России от 19.06.2007 г. N 03-07-08/160", срок проведения выездной налоговой проверки исчисляется со дня вынесения решения о назначении проверки и до дня составления справки о проведенной проверке.

В п. 5 ст. 89 НК РФ закреплено, что налоговые органы не вправе проводить две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период (Постановление ФАС Центрального округа от 19 февраля 2009 г. N А08-2803/2008-25).

Также они не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года, за исключением случаев принятия решения руководителем федерального органа исполнительной власти, уполномоченного по контролю и надзору в области налогов и сборов (Постановление Правительства РФ от 30 сентября 2004 г. N 506 "Об утверждении Положения о Федеральной налоговой службе"), о необходимости проведения выездной налоговой проверки налогоплательщика сверх указанного ограничения.

При определении количества выездных налоговых проверок налогоплательщика не учитывается количество проведенных самостоятельных выездных налоговых проверок его филиалов и представительств.

Пункт 6 ст. 89 НК РФ регламентирует, что выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев (Постановление ФАС Поволжского округа от 21 января 2009 г. N А12-7693/2008).

Указанный срок может быть продлен до четырех месяцев, а в исключительных случаях - до шести месяцев (форму решения о продлении выездной налоговой проверки см. в Приложении N 2 к Приказу ФНС России от 7 мая 2007 г. N ММ-3-06/281@ "Об утверждении рекомендуемых форм документов, используемых налоговыми органами при реализации своих полномочий в отношениях, регулируемых законодательством о налогах и сборах").

Основания и порядок продления срока проведения выездной налоговой проверки устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Согласно положениям Приложения N 2 к Приказу ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@ "Об утверждении форм документов, применяемых при проведении и оформлении налоговых проверок; оснований и порядка продления срока проведения выездной налоговой проверки; порядка взаимодействия налоговых органов по выполнению поручений об истребовании документов; требований к составлению Акта налоговой проверки" основаниями продления срока проведения выездной налоговой проверки до четырех и (или) шести месяцев могут являться:

- проведение проверок налогоплательщика, отнесенного к категории крупнейших;

- получение в ходе проведения выездной (повторной выездной) налоговой проверки информации от правоохранительных, контролирующих органов либо из иных источников, свидетельствующей о наличии у налогоплательщика, плательщика сбора, налогового агента нарушений законодательства о налогах и сборах и требующей дополнительной проверки;

- наличие форс-мажорных обстоятельств (затопление, наводнение, пожар и т.д.) на территории, где проводится проверка;

- другое.

В соответствии с п. 7 ст. 89 НК РФ в рамках выездной налоговой проверки налоговый орган вправе проверять деятельность филиалов и представительств налогоплательщика. Он также вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 27 апреля 2009 г. N А56-27517/2008).

Налоговый орган, проводящий самостоятельную выездную проверку филиалов и представительств, не вправе проводить в отношении филиала или представительства две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период.

Налоговый орган не вправе проводить в отношении одного филиала или представительства налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение одного календарного года.

При проведении самостоятельной выездной налоговой проверки филиалов и представительств налогоплательщика срок проверки не может превышать один месяц.

Пункт 8 ст. 89 НК РФ регламентирует, что срок проведения выездной налоговой проверки исчисляется со дня вынесения решения о назначении проверки и до дня составления справки о проведенной проверке.

Приостановление и возобновление проведения выездной налоговой проверки оформляются соответствующим решением руководителя (заместителя руководителя) налогового органа, проводящего указанную проверку.

В соответствии с п. 11 ст. 89 НК РФ выездная налоговая проверка, осуществляемая в связи с реорганизацией или ликвидацией организации-налогоплательщика, может проводиться независимо от времени проведения и предмета предыдущей проверки. При этом проверяется период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки.

Налогоплательщик обязан обеспечить возможность должностных лиц налоговых органов, проводящих выездную налоговую проверку, ознакомиться с документами, связанными с исчислением и уплатой налогов.

При проведении выездной налоговой проверки у налогоплательщика могут быть истребованы необходимые для проверки документы (ст. 93 НК РФ).