В.П. Мозолин считает, что правовой режим доходов и имущества, приобретенного учреждением за счет осуществления разрешенной предпринимательской деятельности, значительно приближен к режиму, свойственному праву собственности. Вместе с тем, анализируя п. 2 ст. 299 ГК РФ, приходит к выводу, что учреждения лишены права быть собственниками какого-либо имущества, находящегося в их владении, пользовании и распоряжении.

В.В. Кванина полагает, что вопрос о режиме доходов и имущества, приобретенных учреждением в результате осуществления разрешенной предпринимательской деятельности, имеет не столько теоретическое, сколько практическое значение. От того, какой режим будет установлен на данное имущество и доходы, будет и решаться вопрос об ответственности учреждения по его обязательствам. Данный вопрос в настоящий момент приобретает политический характер: законодательные предложения о замене учреждения на иные организационно-правовые формы в том числе обосновываются и нежеланием государства отвечать по предпринимательским обязательствам учреждений. Для самосохранения и дальнейшего развития учреждения вынуждены вступать в несвойственные им отношения. В то же время, осуществляя предпринимательскую деятельность, учреждение должно понимать всю меру ответственности за свои действия. В этой ситуации наиболее правильным решением будет распространить на доходы и имущество, приобретенные учреждением за счет разрешенной предпринимательской деятельности, режим права хозяйственного ведения. Так как именно при таком режиме вещного права учреждения смогут самостоятельно распоряжаться этим имуществом (за исключением недвижимого имущества) и денежными средствами и, кроме того, нести самостоятельную имущественную ответственность по своим предпринимательским обязательствам. При подобном решении проблемы совершенно нет необходимости придумывать новые организационно-правовые формы организаций взамен учреждений.

Предложение об установлении режима права хозяйственного ведения на доходы и имущество, приобретенные бюджетным учреждением от разрешенной предпринимательской деятельности, так же как и другие, подвергается в юридической литературе критике. В частности, И.В. Ершова указывает, что данный подход неверен, так как законодательством точно определены субъектный состав и содержание права хозяйственного ведения. Субъектами такого права выступают государственные и муниципальные унитарные предприятия, которые не только распоряжаются, но и владеют, пользуются имуществом в пределах, определяемых Гражданским кодексом РФ.

Как известно, ряд положений Бюджетного кодекса РФ, определяющих правовой режим средств, получаемых бюджетным учреждением от собственной экономической деятельности, жестко ограничивает их самостоятельность по использованию и распоряжению данными средствами.

В п. 3 ст. 161 БК РФ закрепляется, что в смете доходов и расходов должны быть отражены все доходы бюджетного учреждения, получаемые как из бюджета, так и от осуществления предпринимательской деятельности, в том числе доходы от оказания платных услуг, другие доходы, получаемые от использования государственной или муниципальной собственности, закрепленной за бюджетным учреждением на праве оперативного управления, и иной деятельности. Заметим, что в этом определении речь идет о единственной смете, отражающей все доходы бюджетного учреждения.

Действующее законодательство не содержит определения термина "смета", хотя само понятие используется очень широко. Тем не менее смета бюджетного учреждения является основным плановый документом для финансирования учреждений, организаций непроизводственной сферы из государственного бюджета; определяет объем, целевое назначение и поквартальное распределение бюджетных ассигнований на все расходы данного учреждения. В отличие от других финансовых планов, составляемых в форме баланса доходов и расходов, смета представляет собой план расходов и отражает односторонний характер отношений с бюджетом учреждений, состоящих на сметном финансировании. Расходы бюджетных учреждений определяются исходя из оперативно-производственных показателей их деятельности (сеть учреждений и обслуживаемые ими контингенты), основанных на показателях плана экономического и социального развития административно-территориальной единицы, и нормативов расходов, устанавливаемых на расчетную единицу или по элементам затрат. В смету бюджетных учреждений не могут включаться затраты на мероприятия, не предусмотренные планом. Расходы в смете группируются по целевому назначению в соответствии со статьями, разделами, параграфами бюджетной классификации.Судя по определению бюджетного учреждения, которое дано в Бюджетном кодексе РФ, смета бюджетного учреждения должна включать не только расходы, но и доходы такого учреждения. Согласно п. 4 ст. 254 БК РФ средства от предпринимательской деятельности и использования государственной собственности бюджетного учреждения зачисляются на единый счет федерального бюджета в соответствующем территориальном органе Федерального казначейства. Территориальный орган Федерального казначейства обязан отразить указанные средства на лицевом счете бюджетного учреждения не позднее дня, следующего за днем зачисления их на единый счет федерального бюджета. И лишь с этого момента бюджетное учреждение вправе распоряжаться этими средствами. Исключение составляет приобретенное за счет доходов от предпринимательской деятельности недвижимое имущество, распоряжаться которым учреждение в соответствии с требованиями п. 2 ст. 295 ГК РФ может только с согласия собственника. В связи с этим доходы и приобретенное на эти доходы имущество, учитываемые на отдельном балансе, не могут быть изъяты у учреждений по решениям комитетов по управлению имуществом или других государственных и муниципальных органов, в том числе и в тех случаях, когда они не используются или используются не по целевому назначению. Вместе с тем следует обратить внимание на п. 18 Постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации и Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 1 июля 1996 г. N 6/8 "О некоторых вопросах, связанных с применением части первой Гражданского кодекса Российской Федерации", согласно которому организации, в отношении которых предусмотрена специальная правоспособность по использованию имущества (в частности, оперативное управление), не вправе совершать сделки, противоречащие целям и предмету их деятельности, определенные законом или иными правовыми актами. Такие сделки являются ничтожными на основании ст. 168 ГК РФ. Следовательно, в целях снижения рисков применения к учреждению различных санкций при использовании имущества, которым учреждение владеет на основе права хозяйственного ведения, учреждению целесообразно заручиться согласием вышестоящего распорядителя бюджетных средств. Фактически делегированная учреждению ст. 298 ГК РФ, а также п. 6 ст. 161 БК РФ самостоятельность в распоряжении движимым имуществом, приобретенным за счет доходов от предпринимательской деятельности, все равно предполагает согласование операций по его отчуждению с уполномоченным государственным (муниципальным) органом. Таким образом, учреждение в общем случае может заключать договоры на сдачу в аренду состоящего на его балансе оборудования только при условии, если данное имущество было приобретено за счет средств от разрешенной учреждению предпринимательской деятельности, и наличии согласия собственника имущества. Если же данное движимое имущество было передано этому учреждению собственником или приобретено за счет бюджетных средств, то право заключать арендные договоры однозначно принадлежит представителю собственника данного имущества. Таким образом, собственные средства бюджетного учреждения фактически приравниваются по режиму их использования к бюджетным средствам.