Налоговая система тесно связана с бюджетной, налоги должны в первую очередь должны обеспечить в определенной степени доходы бюджета. Подтверждение этому было в процессе проведения анализа влияния подоходного налога на бюджеты разных уровней.

Но, если в условиях рынка рассматривать этот вопрос системно, то увидим, что налоговая система также влияет на расходную часть бюджета.

Одна из предпосылок нормального функционирования системы налогообложения – стабильность налогового законодательства. В этом заинтересованы и налогоплательщики и налоговики. Но положение не меняется. По-прежнему налоговое законодательство периодически пересматривается в связи с разработкой смежных законодательных актов, вносят разные поправки, дополнения, корректировки [20, с.97].

Все это дестабилизирует хозяйственную деятельность, усиливает риски предпринимательства. Необходимо избегать изменения налогового законодательства, влияющего на распределение доходов хозяйствующих субъектов в течение финансового года. Все подобные изменения должны доводиться до налогоплательщиков заблаговременно, с тем, чтобы они могли реально прогнозировать результаты своей деятельности и учитывать эти изменения в хозяйственных договорах с контрагентами. Иначе, о какой налоговой дисциплине можно говорить, если налогоплательщик по причине постоянно изменяющихся нормативных актов, нередко противоречивых, по существу работает вслепую, точно не представляя конечных результатов труда.

Подавляющее большинство налогоплательщиков предпочитает использовать метод учета доходов по мере поступления выручки на расчетный счет предприятия, что обусловлено следующими особенностями экономической ситуации в Республике Казахстан:

-инфляция делает невыгодным использование метода начислений, поскольку более поздний момент поступления реальных денег к продавцу по сравнению с моментом уплаты налога автоматически повышает реальный уровень эффективной налоговой ставки;

-кризис неплатежей в экономике приводит к тому, что хозяйствующим субъектам, использующим метод начислений, грозит изъятие через налоги части оборотных средств, поскольку в этом случае налоги уплачиваются в том числе с доходов, реальное получение которых весьма проблематично.

Таким образом, необходимо, для простоты и удобства, чтобы налоговый и бухгалтерский учет были едины, при этом вся отчетность и весь учет производился по бухгалтерскому учету.

По мнению первого заместителя директора Института экономических исследований Е. Темирханова «уже много лет фискальные сверх изъятия формируют сверх рыночные цены». Все казахстанские налоги, в том числе и подоходный налог, уплачиваются независимо от отрицательной рентабельности или полученного балансового убытка. Объектом налогообложения стал не результат, а процесс предпринимательской деятельности [14, с.71].

В настоящее время экономистам Казахстана, СНГ и зарубежными экономистами обсуждается, идея единого налога на доход. Идея справедливости в налогообложении впервые прозвучала в теории единого налога. Практический аспект теории единого налога был связан с преобразованиями в налоговой системе. Во все времена и эпохи человеческий ум много изощрялся над изобретением налогов и целых податных систем. Как выразился один политический деятель: В основе теории единого налога лежит, безусловно, правильная мысль о том, что налоги уплачиваются из одного источника - доходов. Но если так, то единый налог представляется теоретически более целесообразным, простым и коротким путем, чем множество отдельных налогов. Идея единого налога появилась еще в средние века, когда в целях привлечения к несению налогового бремени привилегированных слоев общества, была создана теория единого акциза.

Против единого налога в своё время выступал П. Прудон. По его мнению, все налоги несправедливы. Единый налог был бы сумой фискальных несправедливостей, идеально несправедливым налогом. При нем, считал он, будут видны все негативные моменты, свойственные каждому налогу, но которые не так заметны, поскольку они раздроблены. Неравномерность обложения при едином налоге усилится, при этом недостатки одного налога не будут компенсироваться достоинствами другого. Против единого налога выступал и Ф. Нитти, который считал, что введение его не позволит реализовать принципы равномерности и всеобщности.

В настоящее время данная тема широко обсуждается в экономической литературе. Одни экономисты считают, что целесообразно ввести налог на валовую выручку (НВВ) со вставкой 7%. При этом, из валовой выручки при определении налогооблагаемой части исключать амортизационные отчисления. Другими экономистами предлагается введение единого (нейтрально-пропорционального) налога со ставкой 19%. Третьи считают, что ставка единого налога должна быть 10% от валовой выручки, но при сохранении таможенных платежей, государственной пошлины, налога на приобретение автотранспортных средств, лицензионных сборов, социального налога. При этом предельная ставка не должна превышать 20%.

Часто предприниматели сталкиваются с такой проблемой, когда одно и то же положение по-разному трактуется в законодательных актах, например, в Гражданском кодексе и в стандартах бухгалтерского учета говорится, что: если право собственности не передано и остается за продавцом продукции, то нельзя считать, что произошла реализация. В республике в налоговом учете действует метод начисления, то есть, если вы продали продукцию или услуги, но денег при этом не получили, процесс реализации все равно произошел с очки зрения налогового законодательства и обязательства по налогам возникли (подоходный налог с юридических лиц и др.). Если данное положение не будет учтено, то бизнес юридического и физического лица будет задушен штрафными санкциями.

Помимо совершенствования законодательной базы необходимо совершенствовать и механизм взимания.

Ныне действующий механизм подоходного налогообложения юридических и физических лиц, не стимулирует увеличению объемов выпускаемой продукции, снижению себестоимости, а наоборот способствует искусственному раздуваншо вычетов и уклонения от налогов.

Для решения проблем, связанных с подоходным налогообложением, выдвигаются различные предложения, например, А.Алипов предлагает применить на практике налогообложение совокупного валового дохода (валовой выручки). Ее принципиальное отличие от действующего ныне механизма обложения заключается в том, что объектом обложения рекомендуется рассматривать сумму совокупного валового дохода за минусом налога на добавленную стоимость, включенного в стоимость выпускаемой продукции, выполненных работ и оказанных услуг. При этом подоходный налог предлагается взимать по ставке 5%. Для рентабельных и сверх рентабельных предприятий предусматривается понижающий коэффициент основной ставки - соответственно 25% и 50%. Ставку налога на добавленную стоимость необходимо снизить до 15% [9, с.56].

С целью повышения заинтересованности предпринимателей в инвестировании производства предлагается пересмотреть состав затрат, относимых на вычеты, включив в него НДС по основным средствам и увеличив ставки амортизационных отчислений.