При этом в основу налогового законодательства ЕС в большей или меньшей степени заложены принципы демократизма, правового плюрализма, верховенства права ЕС, пропорциональности и принцип субсидиарности. Общие правовые принципы, применяемые к регулированию налоговых отношений, закреплены рядом статей Договора о ЕС.

Для закрепления наиболее важных решений институтов ЕС по вопросам, не урегулированным налоговым законодательством государств-членов, предназначены регламенты - правовые акты общего и прямого действия. В частности, путем принятия регламента учреждаются налоги или закрепляются отдельные элементы налога. Например, Регламент Совета N 1111/77 от 17 мая 1977 года о введении налога на изоглюкозу, Регламент Совета № 1079/77 от 17 мая 1977 года о налоге на молоко и молочные продукты.

С целью гармонизации национальных законодательств Совет и Комиссия ЕС принимают директивы, позволяющие сблизить национальные правовые нормы в установленные сроки для решения интеграционных задач без существенного нарушения налогового суверенитета государств-членов.

Директивы, принятые в отношении налогов, можно разделить на две группы: директивы, устанавливающие единые требования к определению элементов налогов государств-членов и закрепляющие порядок взаимодействия их налоговых органов, и директивы, вносящие изменения и дополнения в принятые ранее директивы.

Выделяют следующие основные акты вторичного права ЕС в этой области:

- Первая директива Совета 67/227/EEC от 11 апреля 1967 года «О гармонизации законодательства государств-членов в отношении налогов с оборота» (не действует). Данный акт имел целью заменить многоуровневую кумулятивную систему косвенного налогообложения в государствах-членах ЕС, и обеспечить достижение значительной степени упрощения налоговых расчетов и нейтральности фактора косвенного налогообложения по отношению к конкуренции в ЕС. Причем, введение НДС заменяющего иные налоги с оборота стало обязанностью для государств-членов.

- Вторая и Третья директива Совета 68/227/ЕЕС от 11 апреля 1967 года и 69/463/EEC от 9 декабря 1969 года «О гармонизации законодательства государств-членов в отношении налогов с оборота — введение налога на добавленную стоимость в государствах-членах» (не действует). Данные акты предоставляли ряд отсрочек по введению НДС в некоторых государствах-членах.

- Шестая директива Совета 77/388/EEC от 17 мая 1977 года «О гармонизации законодательства государств-членов в отношении налогов с оборота — общей системы налога на добавленную стоимость: единообразной базы исчисления» (не действует). В положениях данного акта нашли свое отражение основные принципы функционирования системы НДС. Данный акт имел огромное количество изменений и дополнений. Он являлся полноценным налоговым актом. Отдельно необходимо отметить гармонизацию им ставок НДС в государствах-членах.

- Восьмая директива Совета 79/1072/EEC от 6 декабря 1979 года «О гармонизации законодательства государств-членов в отношении налогов с оборота — Положения о возмещении налога на добавленную стоимость налогооблагаемым лицам, не учрежденным на территории страны» (положения данного акта позволяют налогоплательщику одного государства-члена получать возмещение НДС в другом государстве-члене). С 01.01.2009 действует новая Директива.

- Тринадцатая директива Совета 86/560/EEC от 17 ноября 1986 года «О гармонизации законодательства государств-членов в отношении налогов с оборота — Положения о возмещении налога на добавленную стоимость налогооблагаемым лицам, не учрежденным на территории Сообщества» (данный акт позволяет налогоплательщику третьей страны получать возмещение НДС в государстве-члене ЕС). С 01.01.2009 действует новая Директива.

- Директива Совета 2006/112/ЕС от 28 ноября 2006 года «Об общей системе налога на добавленную стоимость» может считаться триумфом европейской налоговой интеграции. Действующий с 1 января 2007 года данный акт был принят для замены действующего интеграционного законодательства в сфере регулирования НДС (в частности знаменитой Шестой директивы) без внесения в него существенных изменений. Изменения коснулись в основном логической структуры документа. Акт состоит из 15 глав, 414 статей и 14 приложений, им определены: предмет и сфера применения (глава 1); территория применения (глава 2), налогооблагаемые лица (глава 3), налогооблагаемые сделки (глава 4); место осуществления налогооблагаемых сделок (глава 5), наступление налогового обязательства и взимание НДС (глава 6), налогооблагаемая сумма (глава 7), ставки (глава 8), освобождения/налоговые льготы (глава 9), вычеты (глава 10), обязанности налогооблагаемых лиц и отдельных категорий не облагаемых налогом лиц (глава 11), специальные схемы налогообложения (глава 12), положения предоставляющие отступление (глава 13), прочие положения (глава 14), заключительные положения (глава 15).

По специальным вопросам, имеющим общее для всех государств-членов значение, а также по вопросам, затрагивающим интересы отдельных государств, в соответствии со ст.189(4) Римского договора Совет или Комиссия принимают решения (например, Решение Совета N 70/243 от 21 апреля 1970 года о замене финансовых взносов государств-членов собственными доходами Сообществ).

Суд ЕС (Европейский Суд) оказывает сильное воздействие на применение интеграционного налогового права в национальных правовых системах. В соответствии с учредительными договорами и актами вторичного права он имеет исключительную компетенцию в толковании их положений, а также норм налогового права, создаваемых институтами Сообществ.

Решения Европейского Суда обязательны, а в части толкования норм европейского права имеют значение прецедента, которому должны следовать в своей практике судебные органы государств - членов ЕС.

Юрисдикция Европейского Суда, определяемая Договором о ЕС, предполагает рассмотрение прямых исков, с которыми обращаются институты Сообществ, государства-члены, их физические и юридические лица, и исков, с которыми обращаются национальные судебные органы.

Существенное место в системе источников налогового права ЕС занимают международные договоры. Среди них наибольший интерес с точки зрения их воздействия на регулирование налоговых отношений представляют учредительные договоры ЕС, определяющие основы налогового права Сообществ, договоры об избежании двойного налогообложения, заключаемые государствами-членами на двусторонней основе, и Конвенция об устранении двойного налогообложения в связи с корректировкой (уточнением размеров) прибыли ассоциированных предприятий.

При этом учредительные договоры содержат нормы прямого действия и те налоговые положения, на основе которых принимаются регламенты и директивы Совета по налоговым вопросам.

Предметом двусторонних договоров государств-членов является проблема двойного налогообложения, которую договаривающиеся стороны решают, закрепляя в них принципы и механизм взаимного учета налоговых платежей. Она обусловлена особенностями налогового законодательства государств, в силу чего одно и то же лицо может дважды уплачивать налог, поскольку и по праву страны, гражданином которой оно является, и по праву государства, на территории которого им получен доход, оно подлежит налогообложению в соответствии с национальным законодательством. Двусторонние договоры об избежании двойного налогообложения позволяют решать такого рода проблемы.