- Федерального экологического фонда Российской Федерации;

- Федерального фонда Министерства РФ по налогам и сборам;

- Федеральной службы налоговой полиции Российской Федерации;

- Государственного фонда борьбы с преступностью;

- Фонда управления, изучения, сохранения и воспроизводства водных биологических ресурсов;

- Федерального фонда восстановления и охраны водных объектов;

- Фонда Министерства Российской Федерации по атомной энергии;

- Фонда контрольно-ревизионных органов Министерства финансов Российской Федерации и др.

В 2001 и 2002 гг. в бюджете РФ оставался один целевой бюджетный экономический фонд - Министерства атомной энергетики РФ.

Наряду с общегосударственными, т.е. федеральными и территориальными внебюджетными фондами, существуют отраслевые и межотраслевые внебюджетные фонды. Среди всех отраслевых внебюджетных фондов значительную долю составляют фонды научно-исследовательских и опытно-конструкторских разработок (НИОКР). Экономическое содержание внебюджетных фондов НИОКР ограничено перераспределением в рамках отрасли части прибавочного продукта, назначение которого расширенное воспроизводство. Во исполнение решения Правительства РФ от 18.12.91 г. № 165-р и Постановления Правительства РФ от 24.12.91 г. № 604 был установлен порядок формирования и использования внебюджетных фондов финансирования отраслевых и межотраслевых НИОКР и мероприятий по освоению новых видов продукции.

Источником формирования фондов являются средства, предусматриваемые в себестоимости продукции (работ, услуг), выпускаемой предприятиями, объединениями и организациями. Указанные средства включаются в себестоимость продукции (работ, услуг) в безусловном порядке. Отчисления в фонды производятся исходя из норматива, установленного в процентном отношении к полной себестоимости товарной продукции (работ, услуг). Данный норматив является единым для всех видов продукции (работ, услуг) и составляет 1,5%.

Средства указанных фондов, формируемые за счет ежеквартальных отчислений предприятий, используются на финансирование научно-технических программ, исследований и разработок, работ по освоению достижений науки и техники, имеющих важное республиканское и общеотраслевое значение.

В федеральных министерствах и других федеральных органах исполнительной власти, а также в организациях, осуществляющих координацию деятельности по разработке, финансированию и реализации комплексных и целевых научно-технических программ, научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, действуют отраслевые и межотраслевые внебюджетные фонды научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ. Министерство науки и технологий РФ осуществляет регистрацию внебюджетных фондов, образуемых федеральными министерствами и другими федеральными органами исполнительной власти, организациями, а также ведение реестра этих фондов. Отраслевые и межотраслевые внебюджетные фонды научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ образуют:

- Министерство науки и технологий РФ — Российский фонд технологического развития;

- федеральные министерства — внебюджетные фонды министерств;

- другие федеральные органы исполнительной власти — внебюджетные фонды ведомств;

- организации, ассоциации — внебюджетные фонды объединений.

Внебюджетные фонды министерств, ведомств и объединений создаются по согласованию с Министерством науки и технологий РФ. Внебюджетные фонды не наделяются правами юридического лица и действуют от имени федеральных министерств, других федеральных органов исполнительной власти и объединений, в которых они образованы.

Внебюджетные фонды формируются за счет отчислений предприятий и организаций в размере до 1,5% от себестоимости реализуемой продукции, работ, услуг, а суммы отчисленных средств включаются предприятиями и организациями в себестоимость продукции. Отчисления не производятся, если реализуемая продукция изготавливалась для государственных нужд и ее производство финансировалось за счет бюджетных ассигнований.

Предприятия и организации на договорной основе ежеквартально перечисляют средства в следующие внебюджетные фонды:

- предприятия и организации, входящие в объединение, — во внебюджетный фонд объединения, в который они входят;

- предприятия и организации, входящие в несколько независимых друг от друга образующих внебюджетные фонды объединений, — во внебюджетный фонд объединения по своему выбору;

- предприятия и организации, не входящие в объединения, но находящиеся в ведении федерального министерства или другого федерального органа исполнительной власти, — во внебюджетный фонд соответствующего министерства или ведомства;

- предприятия и организации, не входящие в объединения и не находящиеся в ведении федерального министерства (федерального органа исполнительной власти), — в любой из внебюджетных фондов по своему выбору.

Федеральные министерства и другие федеральные органы исполнительной власти, а также объединения ежеквартально перечисляют в Российский фонд технологического развития 25% средств, поступающих в их внебюджетные фонды. Федеральные министерства и другие федеральные органы исполнительной власти для финансирования НИОКР, по которым они являются государственными заказчиками, на договорной основе консолидируют в своих внебюджетных фондах часть средств внебюджетных фондов объединений, находящихся в составе или в ведении этих федеральных органов исполнительной власти. Размер средств, перечисляемых объединениями во внебюджетные фонды министерств и ведомств, устанавливается в договорах, заключаемых федеральными министерствами, федеральными органами исполнительной власти с объединениями. При необходимости федеральные министерства, федеральные органы исполнительной власти и объединения могут объединять по взаимной договоренности средства своих внебюджетных фондов. Выделение из внебюджетных фондов средств на проведение НИОКР и других работ осуществляется на договорной основе. Контроль за целевым использованием средств внебюджетных фондов осуществляют Министерство науки и технологий РФ и Минфин РФ.

При реорганизации или ликвидации федеральных министерств и других федеральных органов исполнительной власти средства их внебюджетных фондов передаются во внебюджетные фонды новых федеральных органов исполнительной власти, являющихся их правопреемниками, а при отсутствии правопреемников — в Российский фонд технологического развития. При реорганизации или ликвидации объединений средства внебюджетных фондов передаются во внебюджетные фонды правопреемников, а при отсутствии правопреемников — в Российский фонд технологического развития или другой внебюджетный фонд по решению ликвидационной комиссии.

В 1998 г. действовали 84 отраслевых и межотраслевых внебюджетных фонда научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ. Из общего количества фондов 22 образованы в федеральных органах исполнительной власти, 54 — в ассоциациях, союзах и объединениях и 8 — в крупных корпорациях и концернах, осуществляющих координацию деятельности по разработке, финансированию и реализации комплексных и целевых научно-технических программ.