В целом, в республике создан конкурентный рынок товаров и услуг и определены институциональные меры поддержки и развития малого предпринимательства. Все это положительно влияет на развитие малого предпринимательства. Так по состоянию на начало 2006 года в республике зарегистрировано 145,1 тыс. субъектов малого предпринимательства, что на 10,9 % больше, чем в 2005 г. При этом действующие субъекты малого предпринимательства составляют 71,2 % от количества зарегистрированных.

Динамичному развитию малого бизнеса способствуют инструменты налогового механизма РК. Необходимо отметить, что основными налогами и платежами в местный бюджет, уплачиваемыми субъектами малого и среднего предпринимательства являются следующие: индивидуальный подоходный налог; акцизы; социальный налог; земельный налог; единый земельный налог; налог на транспортные средства; налог на имущество; сбор за регистрацию юридических лиц; сбор за регистрацию индивидуальных предпринимателей; лицензионный сбор за право занятия отдельными видами деятельности.

В течение 2002-2006 годов в Налоговый кодекс Республики Казахстан были внесены изменения и дополнения, связанные с дальнейшим снижением налогового бремени для субъектов малого бизнеса.

Анализ функционирования налогового механизма на современном этапе подтвердил тот факт, что безусловным приоритетом современного развития должен стать переход к формированию конкурентных преимуществ на основе ускоренного инновационного обновления производства.

К числу наиболее острых проблем следует отнести не урегулированные в действующем налоговом механизме проблемы:

- восстановления основных средств за счет не облагаемых подоходным налогом затрат;

- общедоступное налоговое стимулирование инвестиций в инновационное развитие производства;

- финансирование затрат на профессиональное образование за счет не облагаемых подоходным налогом затрат;

Начиная с 1999 года налоговое законодательство было подвергнуто ряду кардинальных изменений, исключавшим налоговое стимулирование обновления основных фондов. В настоящее время налогоплательщик по фиксированным активам (основные средства и нематериальные активы), впервые введенным в эксплуатацию в первый налоговый период имеет право исчислять амортизационные отчисления по двойным нормам амортизации. Ранее предпринимателям предоставлялось право единовременного отнесения на вычеты затрат на приобретение технологического оборудования и капитальное строительство.

Таким образом, с момента принятия Налогового кодекса обновление основных средств осуществляется исключительно за счет чистого дохода.

Необходимо пересмотреть концептуальные подходы в отношении налогового обновления основных средств, особенно в реальном секторе, разработав простые и общедоступные механизмы на основе общепринятых форм налоговой и финансовой отчетности.

Согласно Налоговому Кодексу (по состоянию на 1.01.2007г.) амортизационные отчисления производятся путем применения норм амортизации к остаточной стоимости основных фондов, входящим в соответствующие подгруппы. Необходимо экстренное реформирование амортизационной налоговой политики в Республике Казахстан, поскольку современное законодательство не обеспечивает даже простого воспроизводства основных средств. Их обновление, начиная с 2000г., товаропроизводители вынуждены производить за счет чистого дохода или отвлечения оборотных средств.

Не в полной мере отражен механизм предоставления льгот по налогу на землю. Не отработаны вопросы предоставления земельных участков в длительное или краткосрочное арендное пользование, условия последующего выкупа.

Нуждается в совершенствовании практика обложения налогом на имущество. Так, объекты незавершенного строительства можно освободить от этого налога, ведь они не используются в предпринимательской деятельности, не приносят дохода и не амортизируются.

Следует отметить, что в последние годы достаточно много уделяется внимания совершенствованию налоговой системы и меньше проблемам налоговой администрации. Между тем сложная обстановка со сборам налогов ставит перед необходимостью совершенствовать уровень организационной и контрольной работы налоговых инспекций, от эффективного функционирования которых во многом зависит благополучие бюджета. Формирование действенной государственной налоговой службы определенно как задача создания одного из ключевых институтов эффективной рыночной экономики. Поэтому ход экономической реформы обусловил адекватные изменения не только налогового законодательства и системы налогов, но и организации деятельности государственной налоговой службы Республики Казахстан.

По мере улучшения экономического климата в республике, в ходе которого сокращается число налогов, снижается налоговая нагрузка, изменяются в лучшую сторону правила налогообложения - вопросы налогового администрирования и контроля выходят на первый план. Снижая налоги, государство вправе требовать их уплаты, однако одно только снижение налогов само по себе недостаточно для того, чтобы побудить недобросовестных налогоплательщиков исполнять свои налоговые обязательства в полном объеме. А без этого на рынке не будет равных условий, поскольку тот, кто не платит налогов, будет иметь очевидное конкурентное преимущество перед честным налогоплательщиком. Иными словами, снижение налоговой нагрузки должно сопровождаться адекватным усилением контроля.

Таким образом, на сегодняшний день особую актуальность в нашем государстве приобретает борьба с налоговыми правонарушениями и ужесточение ответственности за их совершение. Наведение порядка в этой сфере является не столько фискальной задачей государства, сколько важным элементом создания здоровой экономической среды и привлекательного инвестиционного климата.

За период независимости Казахстана под влиянием активных экономических реформ существенно изменилась структура налоговых правонарушений. Обозначился ряд основных способов уклонения от уплаты налогов, таких как, сокрытие объектов налогообложения, в т.ч. путем ведения двойной бухгалтерии; непредставление документов налоговой отчетности в налоговые органы или включение в документы налоговой отчетности заведомо искаженных данных об объектах налогообложения, суммах налогов и других обязательных платежей в бюджет; уклонение от постановки на учет предприятия в налоговом органе в целом или по отдельным видам налогов; открытие нескольких банковских счетов без уведомления налогового органа; умышленное уменьшение активов организации с целью уклонения от применения по отношению к организации мер принудительного взыскания налоговой задолженности; проведение расчетов по хозяйственным операциям, минуя банковские счета организации, в т.ч. через банковские счета третьих лиц, либо проведение расчетов наличными деньгами; уклонение от оформления счетов - фактур или оформление фиктивных счетов - фактур.

Вся система местного налогообложения должна быть оптимизирована таким образом, чтобы отдельные налоги не теряли сути экономического регулятора и были направлены на достижение равновесия между фискальной и регулирующей функциями.