Нападениям подверглись Барневская, Мехонская слободы и Царёво Городище (8). Попытка спасти положение Южного Зауралья вводом регулярных сил из ближайшего центра русской Сибири - Тюмени летом 1662 года успехом не увенчались. Отряд сына воеводы М.Д. Павлова - Ивана Павлова, казачьего и стрелецкого головы Самойла Блудова и "новоприбраных" рейтар майора Ульриха Сниттера, присланных на ученье из Тобольска, дошёл до Далматова монастыря и Катайского острога, затем до озера Маян в район реки Течи, но "воров не нашёл" (9). Восставшие применили самый эффективных способ борьбы с крупными воинскими соединениями русских - ушли за пределы досягаемости его действий, разойдясь в степь и за Уральские горы - "за Камень". Отряд не имея опоры в разрушенных пунктах Среднего Приисетья ушел назад - на реках Пышме и Ирбита и в сентябре шли ожесточённые бои. Только осенью 1662 года русским удалось добиться определенного перелома военной ситуации в Зауралье вводом в район башкирских кочевий основной массы Тобольских и Тюменских служилых людей, включая два регулярных полка Дмитрия Полуехтова. На озере Иртыш башкиры были разбиты, однако, успех был не полным - "в степи укинули снеги большие" и кочевники ушли от разгрома (10). Переговоры зимой 1662-1663 годов о примирении сторон не завершились успехом. Несмотря на желание башкиро-татарского населения Зауралья "бить челом великому государю", группа "выходцев", договорившись со своим старым сюзереном царевичем Кучуком, все ещё мечтавшим о реставрации Кучумовичей в Сибири решила продолжить борьбу.

В июне 1663 года башкиры с Кучуком "человек с 1000 и больше разгромили деревни по реке Режу, осадили Арамашеву слободу и Невьянский острог (11). Большие потери, особенно в конном составе, понесённые отрядом Д. Полуехтова в 1662 году вынудили придерживаться его оборонительной пассивной тактике, заключавшейся в рассредоточении сил по разбросанным слободам Зауралья, что привело к поражению отряда самого Д. Полуехтова на речке Березовке 9 октября 1663 года, где он сам получил 3 ранения. Эта тактика мешала восстановлению русских поселений Среднего Приисетья, как наиболее угрожаемого района в степь. Только решительный рейд Д. Полуехтова весной 1664 года в Зауралье, закончившихся разгромом восставших башкир "по сю сторону Камени" на верховьях реки Миасса у озера Чарги, где был убит глава башкир Зауралья Урасланбек изменил обстановку. Уцелевшие восставшие бежали "за Камень" и русские получили, наконец, возможность восстановить разрушенные поселения в Южном Зауралье. Так, по данным Летописи Далматова монастыря, именно в 1664 году старец Далмат и его сын Исаак "возобновили" пустынь (12). Только в 1664 году, видимо, возникла и Шадринская слобода (см. Дмитриева, что грамота на слободу не могла быть выдана в 1662 году, а лишь 2-мя годами позже - 15 сентября 1664 года).(13)

В слободах Зауралья служилые люди Д. Полуехтова сорвали попытку лета 1664 года царевича Асана разорить русские поселения летом 1664 года. В сентябре 1665 года царевич Кучук организовал набеги на Беляковскую, Киргинскую слободы и Мехонский острог. Он разорил округи этих пунктов, но взять их не смог - в них и недалеко от них помимо вооружённых жителей слобод рассредоточилась около 700 служилых людей. (14) Н.В. Устюгов считает 1664 год - годом окончания восстания, когда от него отошли основные массы башкир. Принимая эту точку зрения, необходимо учитывать и то, что вплоть до 1668 - традиционной датой окончания и далее восстания (Дмитриев и т.д.) продолжались серьезные набеги на русское Зауралье царевича Кучука, в которых участвовали отряды башкир, вызвавшие организацию первой Исетской линии воеводой П.И. Годуновым. Так, в июне 1667 года слободы Зауралья были извещены из Тобольска воеводой П.И. Годуновым, что Кучук с поддерживающими его калмыками силой около 20 тыс. человек стоит "за Тоболом в Еитцких вершинах, оттуда в 15 днищах". С целью предотвратить внезапный набег на города и слободы Зауралья из Катайского острога в степь были посланы несколько проезжих станиц на разведку, проведён сбор информации среди местного населения. 15 июля "прежний изменник башкирятин Севергунко Горлаков" сообщил в Катайском остроге, что царевич собирается этим летом войной на слободы Зауралья. 22 сентября 1667 года в Катайский острог пришли 6 башкир "Аллагулко с товарищи" сообщившие о новом бегстве из стана Кучука 2 башкирских семей к озеру Маян. Они рассказали о передвижении царевича к слободам Зауралья - на верховье Ишима и его желании организовать новый набег, по калмыкам теперь отказали Кучуку в помощи и даже взяли у него аманатов "чтоб он не ходил безвестно на государевы города и слободы воевать" (16). Своих же людей изменников башкир у Кучука было "человек ста с 4, худых и добрых". В. Шишонко изучая Верхотурские грамоты 1667 года считает, что башкиры Кучука пытались нащупать пути для возврата в Южное Зауралье (17). Тем не менее все это вместе взятое привело к тому, что Кучук, представлявший наибольшую опасность для слобод Зауралья в 1667 году "никуда войной не бывал". Только глубокой осенью 1668 года Кучук вышел в район Среднего Притоболья. 18 ноября 1667 года Пётр Годунов писал, что по данным "зверовавшего" на Тоболе башкира Аймагулко Ербетова "Кучумов внук со многими воинскими людьми идёт вниз по Тоболу и Чёрной речке, а оттоль де он не ведает на которые места он пойдёт" (18). 21 ноября пришедшие в Катайский острог башкиры "Ямагузей с товарищи" сообщили, что Кучук остановился на речке Юрмыш (Юргамыш) с отрядами калмыков. П.И. Годунов приказал слободам Зауралья усилить меры безопасности.

Башкирское восстание конца 70 - начала 80 годов XVII века (хронологические рамки - Дмитриев 1676 - 1681), главной причиной которого стала попытка царской администрации усилить проникновение русской культуры среди народов Поволжья, распространилось поэтому прежде всего в Западной Башкирии. В слободах Зауралья были опасения о начале распространения войны по "сю сторону" Урала в 1677 году (19), весной 1678 года (20). В декабре 1678 года башкиры сами предупредили приказчика Аятской слободы Фрола Арапова о подготовке широкого наступления на слободы Зауралья "чтоб он из Аятской слободы выехал, потому что де он Фролка, им свой и татарской и башкирской язык знает" (21), что вызвало укрепление слобод. (22) В июле 1681 года отряды калмыков появились в Южном Зауралье по правому берегу реки Тобола, а все башкирские улусы Зауралья выехали "изо всех улусов с воинским же ружьём, только остались которые ездить на конях не могут". (23) Летом 1682 года в степи Зауралья продолжались подозрительные передвижения башкир. Здесь среди Сибирских башкир агитировали мещеряки Осинской дороги, призывая их к восстанию, в августе они вновь оставили свои поселения, съезжались на собрания между озёрами Иртяшом и Кызылтяшем в полном воинском вооружении (24). В августе 1683 года станичники Катайского острога, посланные на разведку в башкирские улусы Зауралья "не наехали ни одного человека" - бегство происходило в такой спешке, что на кочевьях остались сёдла и другие предметы (25). В слободах Зауралья велись усиленные оборонительные работы (26).