Другим примером российско-иранского партнерства являлась Чечня. Для России было чрезвычайно важным, чтобы Иран воздержался от кампании критики Москвы за политику в чеченском вопросе и отказался от поддержки чеченских боевиков. В противном случае Россия могла бы столкнуться с единой исламской политикой против нее. Позиция ИРИ в отношении первой и второй чеченской кампаний 90-х годов продемонстрировала деидеологизированность иранской политики в отношении Кавказа и значение, которое Иран придавал отношениям с Россией. Тегеран сыграл важную роль в предотвращении мусульманской критики в отношении России. Официальная иранская позиция придерживалась принципа того, что чеченский конфликт – это внутреннее российское дело. По результатам встречи президента В.В.Путина и министра иностранных дел ИРИ К.Харрази в ноябре 1999 г. по обсуждению чеченского конфликта иранское радио "Голос ИРИ" заявило, что Тегеран придает большое значение сохранению стабильности и безопасности, а также территориальной целостности России. В то же время иранские клерикалы выступили с рядом статей, где резко критиковали политику России по чеченскому вопросу. Критика Ирана в отношении России в целом носила формальный характер и не затрагивала существа двустороннего сотрудничества. Так, в сентябре 1999 г. в разгар чеченских событий Россия подписала с ИРИ контракт на поставку турбин для реактора в Бушире стоимостью 38 млн. долл. И это не помешало К.Харрази охарактеризовать российско-иранские отношения как "стратегические" и призвать к расширению этих связей. В целом мягкая позиция Ирана по Чечне объяснялась также еще и тем, что чеченские боевики предпринимали попытку получить поддержку и признание талибов, движение которых Иран рассматривал как чрезвычайно опасное для своей безопасности. К тому же Тегеран предполагал, что чеченские боевики имеют прочные связи с Западом. В ряде иранских газет чеченский конфликт рассматривался с точки зрения попыток США ослабить Россию. Когда же в разгар боевых действий в Чечне чеченское "правительство" обратилось к США и Израилю с просьбой о поддержке, то это стало явным доказательством наличия связей между политикой США и чеченским конфликтом. Отсюда понятно появление в иранской газете статьи, в которой подчеркивалось, что тот, кто призывает Иран поддерживать чеченских сепаратистов, должен хорошенько подумать о последствиях для ИРИ распада РФ, нестабильности на Кавказе и американо-израильского проникновения в регион.

Тесные контакты имеет Иран со странами Каспийского региона. Иран заинтересован в обеспечении безопасности своих северных границ. Интересы России и Ирана в Каспийском регионе во многом совпадают. Особое развитие российско-иранские связи по каспийской проблеме получили в 1994 г., когда США стали проводить более активную политику на Каспии и все больше вовлекаться в нефтяные дела региона. ИРИ и РФ стремились предотвратить рост американского и турецкого присутствия и влияния в Каспийском регионе и воспрепятствовать планам США поставить под контроль эксплуатацию и добычу энергоресурсов Каспия.

Иран и Россия выступили против ряда планов транспортировки каспийской нефти по нефтепроводам, проходившим не по их территории. Такая позиция объяснялась не просто желанием получить выгоду от прокачки нефти через их территорию, а стремлением установить контроль за потоками каспийских энергоресурсов. Обе страны – важные экспортеры энергоресурсов, и развитие их экономики во многом зависит от доходов от нефти. В Каспийском регионе Россию и Иран объединял ряд общих интересов. Значительная часть разведанных запасов нефти и газа находилась в секторах Азербайджана, Казахстана и Туркмении. Поэтому Россия и Иран весьма сдержанно относились к различным проектам экономического развития каспийских энергоресурсов. Они были заинтересованы в том, чтобы воспрепятствовать США в осуществлении проектов нефтепроводов прикаспийских государств, что способствовало их большей политической и экономической независимости. Несмотря на то, что в отношениях России и Ирана по вопросу о разделе Каспия нередко возникали разногласия, вплоть до конца 90-х годов они выступали за общий контроль над Каспием и его природными ресурсами на основании советско-иранских договоров 1921 и 1940 гг. Иран продолжал настаивать на позиции совместного контроля над Каспием, выступая за раздел морского шельфа на равные части между пограничными государствами. Официальная позиция России по вопросу о Каспии неоднократно менялась после распада СССР. В свою очередь Иран также проявлял гибкость в отношении проблем раздела Каспия, когда речь касалась его участия в крупных экономических проектах. Например, когда в ноябре 1994 г. Азербайджан выразил готовность допустить участие Ирана (5%) в международном консорциуме по развитию Каспия, Иран заявил о возможности пересмотра своих позиций по разделу Каспия.

После избрания президентом РФ В.В.Путина Россия выступила с целым рядом инициатив, направленных на повышение своего влияния на Каспии. Вновь назначенный представитель президента по проблемам Каспия В. Калюжный выступил с новыми предложениями, нацеленными на расширение влияния и участия России в каспийских экономических проектах. Он выразил готовность обсуждать предложения о пересмотре Россией своей прежней позиции о совместном с Ираном контроле над Каспием. Россия заключила ряд двусторонних соглашений с некоторыми прикаспийскими государствами, против чего выступает ИРИ. Особые разногласия по каспийской проблеме существуют между Ираном, Азербайджаном и Туркменистаном. Они в основном касаются вопросов определения национальных секторов и принадлежности тех или иных месторождений. Неоднократно возникали инциденты на Каспии между Ираном и Азербайджаном. Разногласия между Баку и Тегераном связаны с тем, что страны никак не могут договориться, где провести разделительную линию между их оффшорными секторами. Азербайджан хочет, чтобы линия проходила "посередине" моря, и тогда Ирану достанется около 14%. Иран же требует, чтобы все пять стран региона получили по 20%. Хотя Россия и Иран в течение 90-х годов и сотрудничали по проблеме Каспия, объединенные общей целью – предотвратить расширение влияния США в регионе, они также являлись потенциальными соперниками в вопросах участия в крупных нефтяных проектах. Вызвать российско-иранские разногласия мог целый ряд проблем, например, ценовая политика. В случае взаимопонимания между США и Ираном последний мог служить транзитным путем для каспийской нефти и газа, что значительно задевало российские интересы.

Обе стороны активно соперничали по проблемам поставок газа в Турцию и другим проектам. Иран чрезвычайно болезненно относится к вопросам, касающимся Каспийского моря. По заявлению секретаря Высшего национального совета безопасности ИРИ Х.Роухани, Иран "считает Южный Кавказ зоной своей национальной безопасности и не может быть безразличным к происходящим в этом важном регионе изменениям". На Ашхабадской встрече глав пяти прикаспийских государств, состоявшейся в апреле 2002 г., президент ИРИ М.Хатами призвал закрыть регион для всех других стран, подчеркнув, что Каспийское море принадлежит пяти прибрежным государствам и никому не следует вмешиваться в его дела. Министр иностранных дел ИРИ К.Харрази, выступая в иранском меджлисе в начале января 2003 года, отметил, что до распада Советского Союза Иран фактически не присутствовал на Каспии, за исключением ряда небольших проектов, но в настоящее время Иран стремится активизировать свое присутствие на море. Иранское правительство считает неприемлемыми односторонние соглашения, связанные с эксплуатацией морских ресурсов до определения правового статуса Каспия и возражает против раздела моря по так называемой "серединной линии", поскольку это не будет гарантировать справедливое для Ирана распределение богатств Каспийского моря. В начале 2003 года в Тегеране состоялась 10-я научно-практическая конференция "Перспективы и безопасность Центральной Азии и Кавказа". На конференции спецпредставитель Ирана по Каспию Мехди Сафари напомнил предложение Ирана прикаспийским государствам, в соответствии с которым 20% территории Каспийского моря должны принадлежать его стране. Он подтвердил, что правительство Ирана считает соглашения от 1921 и 1940 гг. с бывшим Советским Союзом основой для любого урегулирования по правовому статусу Каспия. Такая позиция, занятая Ираном по Каспийскому морю, задерживает урегулирование каспийской проблемы и служит одной из причин, почему до сих пор прикаспийские государства не смогли найти общую основу по этому вопросу.