Инициативу с отзывом проявил городской клуб избирателей, оскорбленный резкой переменой "политического курса" Бабурина. Митинги в лучших традициях уличной демократии обличают "ортодокса и мракобеса", "ученого попа, отрабатывающего свои ученые степени, полученные из рук партийной буржуазии". Профессор Омского университета Александр Гуц публично отказался от "чести" быть и впредь доверенным лицом Бабурина. В ответ на просьбу одного из депутатов прояснить суть этого конфликта ("не есть ли это расхождение ваших предвыборных обещаний и вашей нынешней позиции?") Бабурин ответил: "Расхождение наше заключается во многом, и не только с уважаемым мною профессором . Оно сводится к расхождению между группой "Россия" и группой "Демократическая Россия", прежде всего в вопросе о сохранении Советского Союза как федеративного государства".

Политический отец Бабурина Казанник также отказался от выдвиженца, за что и поплатился: народные депутаты его убедительно прокатили при выборах конституционных судей в ноябре 1991 г. [22].

Кампания же по отзыву тихо закончилась, не дав результатов.

Сергей Ковалев, председатель комитета Верховного Совета РСФСР по правам человека, в статье "Новгородское вече в Москве - Почему я голосовал и против Хасбулатова, и против Бабурина?" так характеризует Сергея Бабурина: " .Это грамотный юрист, человек находчивый и быстро думающий. Большинство демократов не устраивает его политическая ориентация. Мне в кандидатуре Бабурина гораздо больше, чем его политическая направленность, не нравится иное - он заведомо ангажирован . Он видит политическую цель - и не стесняется логических противоречий, когда их невозможно избежать. Начинает искать крючки и зацепки . Это политик, который существенно зависим от внешних по отношению к российскому парламенту сил, что опасно и неприемлемо. Во всяком случае парламенту нужны независимые фигуры ."

По итогам голосавания (среди 14 претендентов) Бабурин опередил всех, набрав 412 голосов (Хасбулатов - 409). Для победы ему не хватило лишь 46. Пик парламентской карьеры Сергей Николаевича обернулся патовой ситуацией для народных депутатов. Выручить мог лишь верховный вождь - рассудить взялся Борис Николаевич - первый российский президент, предложивший альтернативу: либо перенести съезд на осень, т.е. "перебеситься", или "помириться" и выбрать сразу двоих: Хасбулатова - председателем, а Бабурина - первым заместителем. На сговор Бабурин не пошел и не отказался от выдвижения на пост председателя. Съезд предложили продолжить осенью. Известный парламентский обозреватель газеты "Коммерсантъ" Максим Соколов, точно предсказав ход осенних дебатов: "Поскучневший Съезд мирно изберет председателем ВС России авторитарного и многострадального Руслана Хасбулатова", ошибся в оценке будущего нашего героя: "Сергей Бабурин,- по его словам,- сделавшийся звездой этого Съезда, за предстоящие два месяца, скорее всего, сойдет с политической авансцены, на которой он существует больше по инерции - самостоятельного политического лица он не имеет, а карьеру сделал на, кажется, уходящей в прошлое войне России с центром".

Однако между летним и вторым осенним туром выборов Председателя ВС произошли известные августовские события, и когда съезд собрался вновь, в октябре фракция "Коммунисты России", до этого голосовавшая за Бабурина, заявила, что теперь поддерживает Хасбулатова. За Бабурина проголосовало 274 депутатов. Хасбулатов собрал 559 голосов из 943 присутствующих. Это определит позицию Сергея Николаевича в парламенте: его фракция "Россия" будет единственной всегда выступающей против "проельцинской марионетки Хасбулатова".

В августе С.Бабурин приостанавливает свое членство в КПСС, "посчитал позиию ее руководства в те дни предательской". Оценивая введение ГКЧП, он пишет: "Это был драматический акт, который я бы назвал заговором против Президента во имя Родины" и проводит аналогии с августом-сентябрем 1917 г. (Корниловский мятеж и пр.). Он считает, что "это был никакой не путч , а левый коммунистический заговор всего союзного руководства . Поражение заговора стало началом настоящего переворота и ликвидации Советского Союза как государства". Он считает, что "КПСС как всесоюзная государственная партия, как стержень прежней государственной системы умерла. На ее обломках сумеют, но только снизу, сложиться несколько новых политических партий или движений. Я буду участвовать в воссоздании той, на знамени которой и в ее программе будут присутствовать три принципа: СПРАВЕДЛИВОСТЬ. НАРОДОВЛАСТИЕ. ПАТРИОТИЗМ".

После путча он одобряет действия Ельцина, высказавшего возможность предъявления территориальных претензий Казахстану (для Бабурина это существенно, он сам родился в этой республике).

Вместе с этим, как пишут в "патриотической" газете "Московский литератор", " . когда по доносу Евгения Евтушенко Гавриил Попов прислал революционных гвардейцев арестовать Союз писателей России, он (Бабурин - прим. авт.) вместе со своим другом и единомышленником Николаем Павловым был в забаррикадированном писательском доме, чтобы защитники этого последнего бастиона краткой перестроечной свободы не чувствовали себя одинокими, чтобы воодушевить их своей готовностью разделить с ними судьбу."

Осенью Бабурин оказался среди 50 народных депутатов, выступивших на Съезде против нового экономического курса Бориса Ельцина. Сергей Николаевич вспоминает, что "Борис Николаевич говорил, что знает, как осуществить экономическую реформу без повышения цен и падения жизненного уровня начеления". В результате же, по словам Бабурина, "через полгода уже разграбят все . Не зря говорится, что благими намерениями выстлана дорога в ад".

В октябре 1991 Бабурин отправляется в первый из своих вояжей по "горячим точкам" страны, которые становятся для него обычными - вместе с Николаем Павловым он посещает Курилы, которые оказались в этот период в центре общественного внимания из-за обсуждавшегося вопроса о возможной передачи части этих островов Японии. Результаты поездки были обнародованы на прессконференции в Белом доме 15 октября. Двумя днями позже "Советская Россия" опубликовала большую статью под названием "Родиной не торгуют", в которой Бабурин и Павлов представили свой пакет предложений по курильской проблеме: - о необходимости принятия Верховным Советом РСФСР или Президентом законодательного акта по проблеме Курил (их экономическом и культурном возрождении, аналогично принятому решению по Тюменской области); о поддержке инициативы сахалинского руководства (Федорова-Аксенова) по созданию на базе Курильских островов особой экономической зоны ("не свободной экономической зоны, каковой является вся Сахалинская область, а особой . при японском участии, в которую вошла бы и часть о.Хоккайдо" и т.п.); о пагубности "гонки" за иностранными кредитами - "эти самые кредиты, будут способствовать консервированию сегодняшних экономических отношений, удержат у власти отжившие структуры и станут помехой развития новой экономики".