Национально-государственное устройство СССР за послевоенные годы принципиально не изменилось. В начале 60-х годов в стране имелось 15 союзных и 19 автономных республик (из них 15 в РСФСР, две в Грузии, по одной в Азербайджане и Узбекистане). Число последних по сравнению с довоенными годами увеличилось за счет преобразования в июле 1956 года Карело-Финской союзной республики в Карельскую автономную республику, включенную в РСФСР, и преобразования в октябре 1961 года Тувинской автономной области РСФСР в автономную республику. В стране насчитывалось также 8 автономных областей. Пять из них входили в состав российских краев: Адыгейская — в Краснодарский, Карачаево-Черкесская — в Ставропольский, Горно-Алтайская — в Алтайский, Хакасская — в Красноярский; Еврейская — в Хабаровский. Три автономные области были составными частями других союзных республик: Юго-Осетинская — в Грузии, Нагорно-Карабахская — в Азербайджане, Горно-Бадахшанская — в Таджикистане. Неизменным с довоенных времен оставался перечень национальных округов. Все они входили в состав областей и краев РСФСР. На ее европейской территории располагаются Ненецкий автономный округ (Архангельская область) и Коми-Пермяцкий (Пермская область); на северо-западе Сибири — Ханты-Мансийский м Ямало-Ненецкий (Тюменская область), Эвенкийский и Таймырский (Долгано-Ненецкий) (Красноярский Край); на северо-востоке Сибири — Корякский (Камчатская область) и Чукотский (Магаданская область). Кроме того, в Сибири находятся Агинский (Бурятский) (Читинская область) и Усть-Ордынский (Бурятский) национальный округ (Иркутская область).

Национальные движения в союзных республиках. Одной из проблем в национальных отношениях 50—60-х годов оставался «прибалтийский вопрос». Недавнее буржуазное прошлое Литвы, Латвии и Эстонии, традиции либерально-демократического управления, большое влияние в обществе служителей церкви, наличие многочисленных диаспор за рубежом, поддерживающих тесные связи с родиной; позиция США и стран Западной Европы, не признававших легитимности вхождения республик в СССР в 1940 году — все эти факторы действовали против ускоренной социалистической модернизации прибалтийских советских республик, способствовали росту национал-сепаратистских общественных настроений, поддерживали националистическое подполье в республиках. Этому же способствовали бериевская коренизация высшего и среднего звена партийно-хозяйственного аппарата и возвращавшиеся из ссылок бывшие участники вооруженного националистического подполья, которые выдвигались на ответственные посты в сфере образования и культуры.

Осуждение Сталина XX съездом партии многими руководителями в республиках Прибалтики было воспринято как карт-бланш на дальнейшую коренизацию руководящих кадров, устранение русификаторских издержек сталинской эпохи. Съезд породил большие надежды на коренное изменение всей проводимой до середины 50-х годов политики центра в отношении прибалтийских республик.

Прибалтика живо откликнулась на события осени 1956 года в Польше и Венгрии. Особенно сильным всплеск национального движения был в Литве и Эстонии. В конце октября в Вильнюсском университете появились лозунги и листовки с заголовками: «Да здравствует революция в Венгрии, последуем ее примеру!», «Литва — литовцам, русские оккупанты, убирайтесь вон!» В начале ноября 1956 года в Каунасе и Вильнюсе состоялись многотысячные шествия католиков, требующих свободы отправления религиозных обрядов. Демонстранты пели гимн буржуазной Литвы, националистические песни, выкрикивали лозунги «Последуем примеру Венгрии!», «Русские, убирайтесь вон из Литвы!». В Каунасе участники молодежной демонстрации (до 4000 человек) с лозунгами «Долой Москву!», «Долой коммунистов!» пытались прорваться к центру города. После столкновения с милицией группе в 100—150 человек удалось пробиться к зданиям комитета госбезопасности и горкома партии, однако она была рассеяна силами правопорядка. На улицах эстонской столицы тоже слышались националистические песни. В Тарту появились листовки с лозунгами: «Долой русских правителей!», «Смерть русским оккупантам!», «Вон русские из Эстонии!»

Особую тревогу коренного населения вызывал значительный наплыв русскоязычной рабочей силы на промышленные стройки в Прибалтике. По данным переписи населения 1959 года, доля коренной национальности в Литве составляла 79,3 %, в Эстонии — 74,6 %, в Латвии — 62 %. Особенно велика была доля инонационального населения в крупных городах. Лиц коренной национальности в Риге насчитывалось около 44,7 %, в Вильнюсе — 33,6 %. Возникшую острую жилищную проблему местным националистам представлялось «легко решить, если выгнать всех русских». Чтобы избежать потери Ригой своего национального облика, Рижский горком партии принял решение, согласно которому всем нелатышам предписывалось изучить в течение двух лет латышский язык, не усвоивших за это время язык освобождать от работы с предложением покинуть республику. Решение вводило ограничение прописки нелатышей в городе. В апреле 1959 года ЦК КП Латвии принял аналогичное решение, распространяющееся на республику в целом. Подобные решения вынашивались в Таллинском райисполкоме. В письмах, поступающих в ЦК КПСС из республик Прибалтики, сообщалось о проявлениях неприязненного отношения со стороны коренного населения к русским в автобусах, в магазинах и других общественных местах. Решением, принятым ЦК КП Азербайджана в июне 1959 года, предписывалось, что все граждане республики — неазербайджанцы — обязаны в течение полугода выучить и сдать письменный и устный экзамен по азербайджанскому языку, не выдержавшие экзамен подлежали освобождению от работы, т.е. увольнению. Вскоре, однако, решения эти были отменены, первые секретари компартий республик Я. Э. Калнберзиньш и И. Д. Мустафаев сняты со своих постов.

Негативное отношение к русскоязычному населению в Прибалтике формировалось еще и тем, что большинство работников милиции состояло из лиц некоренной национальности. Это создавало зримый образ «оккупанта» в лице русскоязычного населения. Действенность советской пропаганды в Прибалтике была невелика. Куда как действеннее были западные радиостанции и обширная переписка с зарубежными соотечественниками из капиталистических стран. Ими питались антисоветские слухи и разговоры. Наиболее распространенным был слух о скорой войне с последующим освобождением Прибалтики американцами от «русских колонизаторов».

Союзное и республиканское партийное руководство стремилось не допустить разрастания националистических настроений усилением идеологической работы и организационными мерами. Июньский пленум ЦК КП Латвии (1959) определил проявлением национализма предложения руководящих работников Латвии увеличить капиталовложения в легкую промышленность вместо строительства в республике крупных промышленных объектов, намеченных семилетним планом. В октябре 1959 года очередной партийный пленум осудил за националистическую кадровую и языковую политику ряд партийных руководителей республики. Заместитель председателя Совета Министров В. Берклавс, министр сельского хозяйства А. А. Никонов, директор академического института экономики П. П. Дзерве, министр просвещения В. К. Круминьш, выступавшие с предложениями не развивать в Латвии тяжелую индустрию, требовавшую импорта рабочей силы, были сняты с занимаемых постов и переведены на другую работу. Принятые под нажимом Москвы меры устранили наиболее яркие проявления национализма, однако не смогли полностью ликвидировать их. Учитывая настроения большинства коренного населения, руководители прибалтийских республик стремились и в последующем проводить политику «мягкой» дерусификации, всячески демонстрируя при этом показной интернационализм и лояльность центральным властям.