Вскоре после воссоздания национальная государственность репрессированных народов удостоилась государственных наград. В ознаменование 400-летия добровольного присоединения к России ордена Ленина были удостоены Кабардино-Балкария (июль 1957 г.), Карачаево-Черкесия (сентябрь 1957 г.). В связи с 350-летием добровольного вхождения в Россию орденом Ленина была награждена Калмыкия (август 1957 г.). 29 июня 1958 года последняя была преобразована в Калмыцкую АССР. Чечено-Ингушетия была удостоена ордена Ленина в 1965 году. Награды означали стремление власти подвести черту под прошлыми невзгодами репрессированных народов. Однако это мало способствовало налаживанию добрососедства и «расцвету дружбы» национальностей в этом регионе.

Продолжавшиеся мелкие националистические эксцессы при попустительстве властей привели к настоящему межэтническому столкновению в августе 1958 года между русским населением Грозного и чеченцами и ингушами. Поводом к нему послужило убийство ингушом русского. Похороны убитого превратились в погром чеченцев и ингушей со стороны русских. В течение трех дней обыденная жизнь в городе была парализована. Митингующие требовали выселения всех чеченцев и ингушей из республики, местные власти бежали из города. Срочно стали прибывать войска. Из Москвы в Грозный прибыли Председатель Президиума Верховного Совета РСФСР М. А. Яснов и секретарь ЦК КПСС Н. Г. Игнатов. Волнения удалось прекратить, однако противостояние коренного и «пришлого» (русского) населения в республике преодолеть не удалось. Тем не менее в последующие годы возвращение чеченцев и ингушей на Северный Кавказ происходило более организованно и сопровождалось меньшими эксцессами. К 1963 году возвращение было в основном завершено. Из 418 тыс. чеченцев, проживавших в Казахской и Киргизской ССР, в Чечено-Ингушетию прибыли 384 тысяч (91,7 %), из 106 тысяч ингушей — 84 тысяч (79,2 %). Еще 8 тысяч ингушей (7,5 %) направились в Дагестан и Северную Осетию.

Камнем преткновения в отношениях между ингушами и осетинами стала правобережная часть Пригородного района до 1944 года принадлежавшая ингушам и оставшаяся в составе Северо-Осетинской ССР после воссоздания Чечено-Ингушской АССР. Ингуши не переставая посылали заявления в ЦК КПСС и правительство с требованием о передаче района Чечено-Ингушетии, организовывали поездки делегаций своих представителей в Москву.

Национальное движение советских немцев долгое время ограничивалось борьбой за восстановление своей автономии в Поволжье. Движение включало только легальные методы борьбы: письма, обращения, петиции, делегации, демонстрации. Декабрьский указ Президиума Верховного Совета СССР 1955 года снял с немцев ограничения в правовом положении. Реабилитационное движение имело своим результатом Указ Президиума Верховного Совета СССР от 29 августа 1964 года «О внесении изменений в Указ Президиума Верховного Совета СССР от 28 августа 1941 года “О переселении немцев, проживающих в районах Поволжья”», снимавший клеймо предателей и изменников со всего народа. До этого времени советские немцы испытывали скрытую дискриминацию. Ущемление касалось развития культуры, языка, поступления в высшие учебные заведения, при приеме в партию и на руководящие партийные и хозяйственные посты. При призывах на службу в Советскую Армию немецкую молодежь не брали в элитные подразделения (воздушно-десантные, пограничные и другие войска). Нежелание властей восстанавливать автономию немцев в Поволжье вызвала эмигрантские настроения. Этому в немалой степени содействовала пропагандистская деятельность радиостанции «Немецкая волна», религиозных, культурных и других организаций ФРГ, а также религиозные общины, значительно укрепившие свое влияние среди немецких «спецпереселенцев» за годы ссылки. Особой активностью в этом отличалась секта меннонитов.

В сложных условиях проходила борьба крымских татар за восстановление автономии и право жить на своей земле. Отмена спецпоселенческого статуса с огульно обвиненного в годы войны в измене родине народа не могла его удовлетворить. Подозрительное отношение властей ко всем лицам крымско-татарской национальности подогревалось воспоминаниями бывших командиров партизанских отрядов в Крыму. Клеймо предателей и изменников, лежавшее на всем народе со времен войны, было снято постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 5 сентября 1967 года «О порядке применения статьи 2 Указа Президиума Верховного Совета СССР от 28 апреля 1956 года». Беспрестанные обращения в высшие партийные и государственные инстанции с просьбами о восстановлении в Крыму автономии крымских татар не имели положительных последствий. Нелегально переехавших в Крым татар, как правило, сразу же выдворяли.

Запрещение властей Украины, которой в 1954 году была передана Крымская область, на переезд татар в Крым стало причиной национального движения, возглавлявшегося «инициативными группами» из представителей крымско-татарской интеллигенции, бывших руководящих партийных и советских работников Крыма. Первая из таких групп была создана в Узбекистане в 1956 году. Активисты движения с самого начала избрали конституционные методы борьбы. Так, в 1958 года в адрес ЦК КПСС от крымских татар поступило два письма с просьбой о возвращении всего народа на родину с 16 и 12-ю тысячами подписей. В 1959 года аналогичное письмо подписали 10 тысяч человек, в 1961 года — 18 тысяч. Помимо петиций устраивались митинги и демонстрации, которые приурочивались к знаменательным датам — годовщине образования Крымской АССР, ко дню рождения В. И. Ленина, считавшегося основателем Крымской республики. Эти акции нередко заканчивались разгоном участников.

Чтобы вообще как-то снять эту проблему, власти предпринимали попытки представить крымских татар частью татарской нации. Желающим уехать из Средней Азии крымским татарам разрешалось поселиться на территории Татарской АССР. Все это никак не устраивало крымских татар, которые требовали создания условий для развития своего языка и культуры. В начале 60-х годов крымско-татарское движение приняло более организованные формы. Это проявилось в попытке создания массовой организации «Союз крымских татар» со своей программой и уставом. В 1962 году в Узбекистане два главных ее участника М. Х. Омеров и С. А. Умеров (7 апреля они создали «Союз крымско-татарской молодежи» и к августу провели пять заседаний «руководящего ядра организации») были арестованы и осуждены. Репрессии в отношении активистов крымско-татарского движения вынуждало его лидеров искать иные пути и методы борьбы.

За возвращение выступали и представители других выселенных из Крыма национальных групп — греков, болгар, армян. Без внимания со стороны властей оставались настойчивые требования греков вернуть изъятые у них дома и земли. Неудовлетворенность половинчатой реабилитацией усилила среди них эмиграционные настроения. Власти препятствовали выезду. В 1959 году 58 советских греков, визировавших в Ташкенте свои паспорта для выезда в Грецию, были попросту арестованы. Попытка греческого посольства в Москве организовать репатриацию греков из СССР успеха не имела. За создание своих автономий в 50—60-х годах выступали представители месхетинских турков (огрузиненные турки, или отуреченные грузины), курдов и хемшилов (исламизированные армяне), депортированных в свое время из республик Закавказья. Однако власти в Москве и в закавказских союзных республиках игнорировали такие требования малых народов, считая для данных случаев национальный вопрос в стране успешно и окончательно решенным.