Проблема измерения. Проблема измерения относится к количественным сравнительным исследованиям. Она не является специфической только для сравнительной политологии, а возникает в любом исследовании. Во-первых, измерение качественных объектов ставит вопрос относительно возможности использования метрических шкал, которые позволяют в дальнейшем осуществлять статистический анализ материала. В сравнительной политологии часто метрические шкалы соседствуют с неметрическими, что ставит препятствие для обработки данных. Во-вторых, при выборе индикаторов и индексов отмечается влияние ценностных ориентации исследователя, что приводит к искажению полученных эмпирических данных, а следовательно и к неточности в выводах. Об этом свидетельствует специальная проверка ряда индексов демократии. Даже экономические показатели, которые часто используются для характеристики условий демократии, могут значительно изменять выводы в зависимости от выбранных исследователем ориентиров. В-третьих, при глобальных сравнительных исследованиях возникает трудность, связанная с отсутствием экономической и особенно социально-политической сравнимой статистики по странам. Упрощение в данном случае измерителей ведет к значительной потере информации и обеднению выводов.

Проблема интерпретации. В последние годы в связи с некоторым ослаблением интереса к количественным методам анализа на первый план выдвигается проблема интерпретации, суть которой состоит в том, что существует множество смыслов одного и того же политического феномена. Уже при выборе исходных концептов и переменных в количественных исследованиях она появляется в виде ценностной склонности исследователя. В качественных исследованиях она становится центральной. «Позитивистская позиция в социальных науках все больше и больше проблематизируется исследователями, кто действует исходя из релятивистских позиций и доказывает, что мир социально конструируется, что политические феномены и соответственно взаимоотношения между ними не существуют независимо от способа их социального конструирования, — пишут Мэки и Марш. — Так, например, релятивист будет доказывать, что такое понятие, как демократия не является данным; оно не существует независимо от способа, которым демократия осуществляется, или от значения, которое индивиды и группы придают ему. Подобно этому, экономический рост является социальным конструктом, имея различный смысл в различных обществах. Как таковые макро-количественные исследования, которые анализируют отношения между демократией и ростом имеют очень ограниченную пользу, так как они навязывают объективную "реальность" разнообразному, социально сконструированному миру». Интерпретативная сравнительная политология находит выражение в исследованиях, ограниченных немногими странами, контекстуально зависимых с использованием сравнительно-исторической качественной методологии. Кризис универсализма выводов прежней сравнительной политологии, поиск новых способов объяснения политической реальности, возрождение интереса к культурологической проблематике в сравнительных исследованиях и др. связаны с проблемой интерпретации. Ее решение видится либо на пути изменения отношения к истории и историческому методу, либо на пути внедрения и политические исследования новой методологической ориентации — научного реализма.